Feature/Qualifier Usage Matrix

	B	C	D	E	F	G	H	I	J	K	L	M	N	O	P	Q	R	S	T	U	V	W	X	Y	Z	AA	AB	AC	AD	AE	AF	AG	AH	AI	AJ	AK	AL	AM	AN	AO	AP	AQ	AR	AS	AT	AU	AV	AW	AX
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2				Qualifier keys for source feature
3				altitude	bio_material	cell_line	cell_type	chromosome	clone	collected_by	collection_date	cultivar	culture_collection	dev_stage	ecotype	environmental_sample	focus	germline	geo_loc_name	haplogroup	haplotype	host	isolate	isolation_source	lab_host	lat_lon	macronuclear	map	mating_type	metagenome_source	mol_type	note	organelle	organism	PCR_primers	plasmid	proviral	rearranged	segment	serotype	serovar	sex	specimen_voucher	strain	submitter_seqid	sub_species	tissue_type	transgenic	variety
4			source	○	○	○	○	○	○	○	◎	○	○	○	○	○	○	○	◎	○	○	○	○	○	○	○	○	○	○	4	◎	○	○	◎	○	○	○	○	○	○	○	○	○	○	○	○	○	○	○
5		Frequently used features are indicated in red boxes. In general, you can describe standard annotation with them.
6		"*" shows often used feature
7				Qualifier keys for general features
8				allele	anticodon	artificial_location		bound_moiety	codon_start	direction	EC_number	estimated_length	exception	experiment	frequency	function	gap_type	gene	gene_synonym	inference	linkage_evidence	locus_tag	mobile_element_type	mod_base	ncRNA_class	note	number	operon	PCR_conditions	product	pseudo	pseudogene	regulatory_class	replace	ribosomal_slippage	rpt_family	rpt_type	rpt_unit_seq	satellite	tag_peptide	translation	transl_except	transl_table	trans_splicing
9	Feature keys	*	assembly_gap									◎					◎				3																									◎		mandatory
10			C_region	○										○				○	1	○		○				○					○	○														○		available
11		*	CDS	○		○		○	○		○		2	○		○		○	1	○		○				○		○		○	2	2			○						2	○	○	○				not available
12			centromere											○						○						○																				1		foot note 1)
13			D-loop											○				○	1	○						○																				2		foot note 2)
14			D_segment	○										○				○	1	○		○				○					○	○														3		foot note 3)
15		*	exon											○				○	1	○		○				○	○				○	○												○		4		foot note 4)
16			gap									◎		○												○
17		*	intron											○				○	1	○		○				○	○				○	○												○
18			J_segment	○										○				○	1	○		○				○					○	○
19		*	mat_peptide	○							○			○		○		○	1	○		○				○				○	○	○
20			misc_binding				◎							○		○		○	1	○						○
21			misc_difference											○				○	1	○		○				○								○
22		*	misc_feature	○										○		○		○	1	○		○				○				○	○	○
23		*	misc_RNA											○		○		○	1	○		○				○		○			○	○												○
24			misc_structure											○		○		○	1	○						○
25		*	mobile_element											○				○	1	○			◎			○										○	○
26			modified_base											○	○			○	1	○		○		◎		○
27			mRNA	○		○		○						○				○	1	○		○				○		○			○	○												○
28		*	ncRNA											○		○		○	1	○		○			◎	○		○		○	○	○												○
29			operon	○										○		○				○						○		◎			○	○
30			oriT				○			○				○						○						○										○	○	○
31			precursor_RNA											○				○	1	○		○				○		○																○
32			primer_bind											○				○	1	○						○			○
33		*	propeptide	○										○		○		○	1	○		○				○				○	○	○
34			protein_bind				◎							○				○	1	○						○		○
35		*	regulatory	○		○	○							○				○	1	○		○				○		○			○	○	◎
36		*	repeat_region											○				○	1	○						○										○	○	○	○
37			rep_origin							○				○		○		○	1	○						○
38		*	rRNA											○				○	1	○		○				○		○		○	○	○
39		*	sig_peptide	○										○		○		○	1	○		○				○					○	○
40		*	stem_loop											○		○		○	1	○						○		○
41			telomere											○						○						○											○	○
42		*	tmRNA											○				○	1	○		○				○				○	○	○								○
43			transit_peptide	○										○		○		○	1	○		○				○					○	○
44		*	tRNA		○			○						○				○	1	○		○				○				○	○	○												○
45			unsure											○				○	1			○				○								○
46			V_region	○										○				○	1	○		○				○					○	○
47			V_segment	○										○				○	1	○		○				○					○	○
48		*	variation	○										○	○			○	1	○		○				○								○
49		*	3'UTR	○										○		○		○	1	○		○				○																		○
50		*	5'UTR	○										○		○		○	1	○		○				○																		○
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52	1) To use gene_synonym, either gene or locus_tag is required for the same feature.
53	2) exception must be used with translation. translation must be used with exception.
54		exception, pseudo and pseudogene cannot be used at the same time.
55	3) linkage_evidence is mandatory, when value of gap_type is "within scaffold" or "repeat within scaffold".
56	4) To use metagenome_source, environmental_sample is required.
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