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2 | Date | Presentor 1 | Presenter 2 | Topic | Paper | Slides | Paper link | |||||||||||||||||||
3 | 01/09 | Organizational Meeting | ||||||||||||||||||||||||
4 | 1/16 | Addie Woicik | Ethan Shen | Unsupervised Medical Image Translation With Adversarial Diffusion Models (IEEE Transactions on Medical Imaging) | ||||||||||||||||||||||
5 | 01/23 | Mahtab Bigverdi | Ethan Weinberger | Predicting cell morphological responses to perturbations using generative modeling (bioRxiv 2023) | ||||||||||||||||||||||
6 | 01/30 | Xinming Tu | Yilun Sheng; Shengqi Hang | Cell type directed design of synthetic enhancers (Nature, 2023) | ||||||||||||||||||||||
7 | 02/06 | Hanwen Xu | Soham Gadgil | Ambiguous Medical Image Segmentation Using Diffusion Models (CVPR 2023) | ||||||||||||||||||||||
8 | 2/13 | Saba Heravi | Ammar Tahir | TransformEHR: transformer-based encoder-decoder generative model to enhance prediction of disease outcomes using electronic health records (Nature communications, 2023) | ||||||||||||||||||||||
9 | 02/20 | Patrick Yu | Wei QIu | Universal Cell Embeddings: A Foundation Model for Cell Biology (bioRxiv '23) | ||||||||||||||||||||||
10 | 2/27 | Radhika Sethi, Pavan Anand | Divyam Agrawal | Generative models improve fairness of medical classifiers under distribution shifts | ||||||||||||||||||||||
11 | 03/05 | James Johnson | Shreemit Garimella | Integrating spatial and single-cell transcriptomics data using deep generative models with SpatialScope (Nature communications, 2023) | ||||||||||||||||||||||
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13 | Paper suggestions (theme - generative AI in biomedicine) | |||||||||||||||||||||||||
14 | Your names | Are you interested in presenting? | Prefered dates (optional) | Paper title & link | ||||||||||||||||||||||
15 | 1 | Ethan Weinberger | Modeling Cellular Perturbations with Sparse Additive Mechanism Shift Variational Autoencoder (NeurIPS 2023) | |||||||||||||||||||||||
16 | 2 | Ethan Weinberger | Predicting cell morphological responses to perturbations using generative modeling (bioRxiv 2023) | |||||||||||||||||||||||
17 | 3 | Ethan Weinberger | Deep generative modeling of transcriptional dynamics for RNA velocity analysis in single cells (Nature Methods 2023) | |||||||||||||||||||||||
18 | 4 | Chanwoo Kim | Integrating spatial and single-cell transcriptomics data using deep generative models with SpatialScope (Nature communications, 2023) | |||||||||||||||||||||||
19 | 5 | Chanwoo Kim | TransformEHR: transformer-based encoder-decoder generative model to enhance prediction of disease outcomes using electronic health records (Nature communications, 2023) | |||||||||||||||||||||||
20 | 6 | Chanwoo Kim | Illuminating protein space with a programmable generative model (Nature, 2023) | |||||||||||||||||||||||
21 | 7 | Soham Gadgil | Generative models improve fairness of medical classifiers under distribution shifts | |||||||||||||||||||||||
22 | 8 | Soham Gadgil | EHR-Safe: generating high-fidelity and privacy-preserving synthetic electronic health records (npj Digital Medicine 2023) | |||||||||||||||||||||||
23 | 9 | Soham Gadgil | Generating synthetic mixed-type longitudinal electronic health records for artificial intelligent applications (npj Digital Medicine 2023) | |||||||||||||||||||||||
24 | 10 | Patrick Yu | Generative modeling of single-cell gene expression for dose-dependent chemical perturbations (Cell Patterns 2023) | |||||||||||||||||||||||
25 | 11 | Patrick Yu | CellPLM: Pre-training of Cell Language Model Beyond Single Cells (under review, ICLR'24) | |||||||||||||||||||||||
26 | 12 | Patrick Yu | Universal Cell Embeddings: A Foundation Model for Cell Biology (bioRxiv '23) | |||||||||||||||||||||||
27 | 13 | Mingyu Lu | Aligning Synthetic Medical Images with Clinical Knowledge using Human Feedback (Neurips spotlight 2023) | |||||||||||||||||||||||
28 | 14 | Mingyu Lu | Health system-scale language models are all-purpose prediction engines (Nature 2023) | |||||||||||||||||||||||
29 | 15 | Wei Qiu | Unsupervised Medical Image Translation With Adversarial Diffusion Models (IEEE Transactions on Medical Imaging) | |||||||||||||||||||||||
30 | 16 | Wei Qiu | Ambiguous Medical Image Segmentation Using Diffusion Models (CVPR 2023) | |||||||||||||||||||||||
31 | 17 | Xinming Tu | Cell type directed design of synthetic enhancers(Nature, 2023) | |||||||||||||||||||||||
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