A | B | C | D | E | F | G | H | I | J | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | X | Y | Z | |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | A Massively Parallel COVID-19 Diagnostic Assay for Simultaneous Testing of 19200 Patient Samples | |||||||||||||||||||||||||
2 | Ayaan Hossain1, Alexander C. Reis2, Sarthok Rahman5, and Howard M. Salis1-4 * | |||||||||||||||||||||||||
3 | 1Bioinformatics and Genomics, 2Department of Chemical Engineering, 3Department of Biological Engineering, 4Department of Biomedical Engineering, 5Department of Biology, Pennsylvania State University, University Park, PA 16802, USA. | |||||||||||||||||||||||||
4 | *Corresponding author: Howard M. Salis, salis@psu.edu | |||||||||||||||||||||||||
5 | ||||||||||||||||||||||||||
6 | TABLE OF CONTENTS | |||||||||||||||||||||||||
7 | SUMMARY | Shared primer sequences, spike-in control sequences, CV and extraction-control amplicon sequences, | ||||||||||||||||||||||||
8 | N1 RT Primers | 19200 Barcoded Reverse Transcriptase Primers for the N1 Amplicon in NC_045512.2 | ||||||||||||||||||||||||
9 | N2 RT Primers | 19200 Barcoded Reverse Transcriptase Primers for the N2 Amplicon in NC_045512.2 | ||||||||||||||||||||||||
10 | RNaseP RT Primers | 19200 Barcoded Reverse Transcriptase Primers for the RNAse P Amplicon in humans (RNA extraction control) | ||||||||||||||||||||||||
11 | ||||||||||||||||||||||||||
12 | 96-set N1 RT Primers | Best 96 Barcoded Reverse Transcriptase Primers for the N1 Amplicon in NC_045512.2 | ||||||||||||||||||||||||
13 | 96-set N2 RT Primers | Best 96 Barcoded Reverse Transcriptase Primers for the N2 Amplicon in NC_045512.2 | ||||||||||||||||||||||||
14 | 96-set RNAseP RT Primers | Best 96 Barcoded Reverse Transcriptase Primers for the RNAse P Amplicon in humans (RNA extraction control) | ||||||||||||||||||||||||
15 | ||||||||||||||||||||||||||
16 | 960-set N1 RT Primers | Best 960 Barcoded Reverse Transcriptase Primers for the N1 Amplicon in NC_045512.2 | ||||||||||||||||||||||||
17 | 960-set N2 RT Primers | Best 960 Barcoded Reverse Transcriptase Primers for the N2 Amplicon in NC_045512.2 | ||||||||||||||||||||||||
18 | 960-set RNAseP RT Primers | Best 960 Barcoded Reverse Transcriptase Primers for the RNAse P Amplicon in humans (RNA extraction control) | ||||||||||||||||||||||||
19 | ||||||||||||||||||||||||||
20 | ||||||||||||||||||||||||||
21 | Version 1.0 | |||||||||||||||||||||||||
22 | March 20th 2020 | |||||||||||||||||||||||||
23 | ||||||||||||||||||||||||||
24 | ||||||||||||||||||||||||||
25 | ||||||||||||||||||||||||||
26 | ||||||||||||||||||||||||||
27 | ||||||||||||||||||||||||||
28 | ||||||||||||||||||||||||||
29 | ||||||||||||||||||||||||||
30 | ||||||||||||||||||||||||||
31 | ||||||||||||||||||||||||||
32 | ||||||||||||||||||||||||||
33 | ||||||||||||||||||||||||||
34 | ||||||||||||||||||||||||||
35 | ||||||||||||||||||||||||||
36 | ||||||||||||||||||||||||||
37 | ||||||||||||||||||||||||||
38 | ||||||||||||||||||||||||||
39 | ||||||||||||||||||||||||||
40 | ||||||||||||||||||||||||||
41 | ||||||||||||||||||||||||||
42 | ||||||||||||||||||||||||||
43 | ||||||||||||||||||||||||||
44 | ||||||||||||||||||||||||||
45 | ||||||||||||||||||||||||||
46 | ||||||||||||||||||||||||||
47 | ||||||||||||||||||||||||||
48 | ||||||||||||||||||||||||||
49 | ||||||||||||||||||||||||||
50 | ||||||||||||||||||||||||||
51 | ||||||||||||||||||||||||||
52 | ||||||||||||||||||||||||||
53 | ||||||||||||||||||||||||||
54 | ||||||||||||||||||||||||||
55 | ||||||||||||||||||||||||||
56 | ||||||||||||||||||||||||||
57 | ||||||||||||||||||||||||||
58 | ||||||||||||||||||||||||||
59 | ||||||||||||||||||||||||||
60 | ||||||||||||||||||||||||||
61 | ||||||||||||||||||||||||||
62 | ||||||||||||||||||||||||||
63 | ||||||||||||||||||||||||||
64 | ||||||||||||||||||||||||||
65 | ||||||||||||||||||||||||||
66 | ||||||||||||||||||||||||||
67 | ||||||||||||||||||||||||||
68 | ||||||||||||||||||||||||||
69 | ||||||||||||||||||||||||||
70 | ||||||||||||||||||||||||||
71 | ||||||||||||||||||||||||||
72 | ||||||||||||||||||||||||||
73 | ||||||||||||||||||||||||||
74 | ||||||||||||||||||||||||||
75 | ||||||||||||||||||||||||||
76 | ||||||||||||||||||||||||||
77 | ||||||||||||||||||||||||||
78 | ||||||||||||||||||||||||||
79 | ||||||||||||||||||||||||||
80 | ||||||||||||||||||||||||||
81 | ||||||||||||||||||||||||||
82 | ||||||||||||||||||||||||||
83 | ||||||||||||||||||||||||||
84 | ||||||||||||||||||||||||||
85 | ||||||||||||||||||||||||||
86 | ||||||||||||||||||||||||||
87 | ||||||||||||||||||||||||||
88 | ||||||||||||||||||||||||||
89 | ||||||||||||||||||||||||||
90 | ||||||||||||||||||||||||||
91 | ||||||||||||||||||||||||||
92 | ||||||||||||||||||||||||||
93 | ||||||||||||||||||||||||||
94 | ||||||||||||||||||||||||||
95 | ||||||||||||||||||||||||||
96 | ||||||||||||||||||||||||||
97 | ||||||||||||||||||||||||||
98 | ||||||||||||||||||||||||||
99 | ||||||||||||||||||||||||||
100 |