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1 | Suggested action (by annotation review requester) | COMMENT (FIXED /OK) - by Contributor | Git handle of respondent | assigned_by | bioentity | bioentity_label | reference | qualifier | annotation_class | annotation_class_label | evidence_type | evidence_with | bioentity_isoform | panther_family | date | annotation_extension_class | taxon | ||||||||||
2 | Replace by GO:0033209 tumor necrosis factor-mediated signaling pathway | Changed | rlovering | BHF-UCL | UniProtKB:Q9Y6Q6 | TNFRSF11A | PMID:18606301 | GO:0071847 | TNFSF11-mediated signaling pathway | IMP | PANTHER:PTHR47134 | 20101213 | NCBITaxon:9606 | ||||||||||||||
3 | Replace by GO:0033209 tumor necrosis factor-mediated signaling pathway | Changed | rlovering | BHF-UCL | UniProtKB:O14788 | TNFSF11 | PMID:18606301 | GO:0071847 | TNFSF11-mediated signaling pathway | IDA | PANTHER:PTHR11471 | 20110110 | NCBITaxon:9606 | ||||||||||||||
4 | Replace by positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade part of GO:0033209 tumor necrosis factor-mediated signaling pathway | Changed | rlovering | BHF-UCL | UniProtKB:Q9Y6Q6 | TNFRSF11A | PMID:18606301 | GO:0071848 | positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade via TNFSF11-mediated signaling | IMP | PANTHER:PTHR47134 | 20101213 | NCBITaxon:9606 | ||||||||||||||
5 | Replace by positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade part of GO:0033209 tumor necrosis factor-mediated signaling pathway | Changed | rlovering | BHF-UCL | UniProtKB:O14788 | TNFSF11 | PMID:18606301 | GO:0071848 | positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade via TNFSF11-mediated signaling | IDA | PANTHER:PTHR11471 | 20110110 | NCBITaxon:9606 | ||||||||||||||
6 | Replace by intracellular signal transduction | Changed | rlovering | BHF-UCL | MGI:MGI:1932386 | Ift122 | PMID:21209331|MGI:MGI:4888042 | GO:0007227 | signal transduction downstream of smoothened | IMP | PANTHER:PTHR12764 | 20140317 | NCBITaxon:10090 | ||||||||||||||
7 | Remove; this is not shown in the paper | Removed | linimgi | MGI | MGI:MGI:98496 | Tbxa2r | PMID:1375456 | GO:0019932 | second-messenger-mediated signaling | IDA | PANTHER:PTHR11866 | 20070126 | NCBITaxon:10090 | ||||||||||||||
8 | Changed | linimgi | MGI | MGI:MGI:1913126 | Pias3 | PMID:17442941 | GO:0071847 | TNFSF11-mediated signaling pathway | IDA | PANTHER:PTHR10782 | 20180222 | NCBITaxon:10090 | |||||||||||||||
9 | Replace by GO:0033209 tumor necrosis factor-mediated signaling pathway | Changed | linimgi | MGI | MGI:MGI:1100089 | Tnfsf11 | PMID:17442941 | GO:0071847 | TNFSF11-mediated signaling pathway | IDA | PANTHER:PTHR11471 | 20180222 | NCBITaxon:10090 | ||||||||||||||
10 | Replace by GO:0033209 tumor necrosis factor-mediated signaling pathway | Changed | linimgi | MGI | MGI:MGI:1100089 | Tnfsf11 | PMID:18269914 | GO:0071847 | TNFSF11-mediated signaling pathway | IDA | PANTHER:PTHR11471 | 20151028 | NCBITaxon:10090 | ||||||||||||||
11 | Replace by GO:0010804 negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway ? | Changed | linimgi | MGI | MGI:MGI:1929209 | Cldn18 | PMID:22437732 | GO:0071847 | TNFSF11-mediated signaling pathway | IMP | MGI:MGI:5007067 | PANTHER:PTHR12002 | 20151021 | NCBITaxon:10090 | |||||||||||||
12 | Replace by GO:0010804 negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway ? | Changed | linimgi | MGI | MGI:MGI:1341872 | Tjp2 | PMID:22437732 | GO:0071847 | TNFSF11-mediated signaling pathway | IMP | PANTHER:PTHR13865 | 20151021 | NCBITaxon:10090 | ||||||||||||||
13 | Replace by GO:0033209 tumor necrosis factor-mediated signaling pathway | Changed | linimgi | MGI | MGI:MGI:1100089 | Tnfsf11 | PMID:22437732 | GO:0071847 | TNFSF11-mediated signaling pathway | IDA | PANTHER:PTHR11471 | 20151021 | NCBITaxon:10090 | ||||||||||||||
14 | Remove, already annotated to lipopolysaccharide-mediated signaling pathway | Changed | linimgi | MGI | MGI:MGI:2385852 | Tifab | PMID:26458771 | GO:0038008 | TRAF-mediated signal transduction | IMP | MGI:MGI:5911664 | PANTHER:PTHR31266 | 20221025 | MGI:MGI:108072 | NCBITaxon:10090 | ||||||||||||
15 | Replace by regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway | Changed | linimgi | MGI | MGI:MGI:894663 | Ext1 | PMID:29415886 | GO:0071847 | TNFSF11-mediated signaling pathway | IMP | PANTHER:PTHR11062 | 20200506 | NCBITaxon:10090 | ||||||||||||||
16 | Remove, this is a *target* of the signaling pathway (" cAMP has a stimulatory effect on pancreatic glucokinase gene expression ") | Removed | slaulederkind | RGD | RGD:2670 | Gck | PMID:11250924|RGD:628440 | GO:0019932 | second-messenger-mediated signaling | IDA | PANTHER:PTHR19443 | 20050217 | NCBITaxon:10116 | ||||||||||||||
17 | Changed to positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction | Changed | pgaudet | UniProt | MGI:MGI:2140219 | Lrrc19 | PMID:26776522|MGI:MGI:6204559 | GO:0038008 | TRAF-mediated signal transduction | IMP | PANTHER:PTHR31450 | 20200107 | NCBITaxon:10090 | ||||||||||||||
18 | Change to ' GO:0043950 positive regulation of cAMP-mediated signaling' | Removed | vanaukenk | WB | WB:WBGene00001450 | flp-7 | PMID:11087928|WB_REF:WBPaper00004457 | GO:0019932 | second-messenger-mediated signaling | IDA | PANTHER:PTHR20986 | 20041019 | NCBITaxon:6239 | ||||||||||||||
19 | Remove, already annotated to 'positive regulation of smoothened signaling pathway' | Removed | sramachand | ZFIN | ZFIN:ZDB-GENE-030131-760 | ip6k2a | PMID:20980661 | GO:0007227 | signal transduction downstream of smoothened | IMP | ZFIN:ZDB-MRPHLNO-101201-2|ZFIN:ZDB-MRPHLNO-101201-3 | PANTHER:PTHR12400 | 20110805 | NCBITaxon:7955 | |||||||||||||
20 | Remove, already annotated to 'positive regulation of smoothened signaling pathway' | Removed | sramachand | ZFIN | ZFIN:ZDB-GENE-030131-760 | ip6k2a | PMID:20980661 | GO:0007227 | signal transduction downstream of smoothened | IMP | ZFIN:ZDB-MRPHLNO-101201-4 | PANTHER:PTHR12400 | 20110805 | NCBITaxon:7955 | |||||||||||||
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