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2 | REPLACED BY V5 on AUGUST 31, 2022 | |||||||||||||||||||||||||
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4 | Analytical Validity, Clinical Validation summary worksheet, NGS in Inherited Cancer Testing (NGS-PF-006-v4) | |||||||||||||||||||||||||
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6 | Instructions: Please complete the following tables and answer the following questions as appropriate. Indicate "N/A" when not applicable. | |||||||||||||||||||||||||
7 | NOTE: There are 10 Sections in this form. | |||||||||||||||||||||||||
8 | ||||||||||||||||||||||||||
9 | 1 - DEX Z-CodeTM Identifier: | |||||||||||||||||||||||||
10 | ||||||||||||||||||||||||||
11 | 2 - List indications for use (list the cancer type(s) indicated for use of this test, add rows if necessary): | |||||||||||||||||||||||||
12 | A: | |||||||||||||||||||||||||
13 | ||||||||||||||||||||||||||
14 | 3a- Is this test utilizing an FDA-approved or cleared kit? | |||||||||||||||||||||||||
15 | A:Yes/No: | |||||||||||||||||||||||||
16 | If yes, please provide the vendor and kit name: | |||||||||||||||||||||||||
17 | ||||||||||||||||||||||||||
18 | 3b-Is this test utilizing a non FDA-approved commercial kit? | |||||||||||||||||||||||||
19 | A:Yes/No: | |||||||||||||||||||||||||
20 | If yes, please provide the vendor and kit name: | |||||||||||||||||||||||||
21 | ||||||||||||||||||||||||||
22 | 4 - Preanalytical Questions | |||||||||||||||||||||||||
23 | 1. What are the sample types accepted for testing? | A: | ||||||||||||||||||||||||
24 | 2. Is a trio or comparator required for analysis? | A: | ||||||||||||||||||||||||
25 | 3. Describe orthogonal methods used for confirmation of the clinical validation: | A: | ||||||||||||||||||||||||
26 | ||||||||||||||||||||||||||
27 | 5 - Analytical Questions | |||||||||||||||||||||||||
28 | 1. Describe the library quality criteria for reporting: | A: | ||||||||||||||||||||||||
29 | 2. Describe variant quality criteria for reporting: | A: | ||||||||||||||||||||||||
30 | 3. What is the mean depth of coverage across validation samples: | A: | ||||||||||||||||||||||||
31 | 4. What is your minimum accepted mean depth of coverage for a clinical sample: | |||||||||||||||||||||||||
32 | 5. Describe non-NGS methodologies used to cover complex regions: | A: | ||||||||||||||||||||||||
33 | ||||||||||||||||||||||||||
34 | 6 - Post-Analytical | |||||||||||||||||||||||||
35 | 1. Who reviews and signs out these test results? | A: | ||||||||||||||||||||||||
36 | 2. How are controls utilized in this test? | A: | ||||||||||||||||||||||||
37 | 3. How do you ensure specimen integrity/ minimize contamination? | A: | ||||||||||||||||||||||||
38 | 4. How do you handle negative or QNS reports? | A: | ||||||||||||||||||||||||
39 | 5. How do you handle amended and corrected reports? | A: | ||||||||||||||||||||||||
40 | ||||||||||||||||||||||||||
41 | 7 - Sample Types Tested in Clinical Validation | |||||||||||||||||||||||||
42 | List the samples (or controls) used for the validation and number used. Add rows to describe "Other" sample types, if necessary. | |||||||||||||||||||||||||
43 | Sample Type | Number of Samples Tested | ||||||||||||||||||||||||
44 | Whole Blood | |||||||||||||||||||||||||
45 | Saliva | |||||||||||||||||||||||||
46 | Saliva Swab | |||||||||||||||||||||||||
47 | Buccal Swab | |||||||||||||||||||||||||
48 | Cultured Cells | |||||||||||||||||||||||||
49 | Tissue | |||||||||||||||||||||||||
50 | Extracted DNA | |||||||||||||||||||||||||
51 | Other | |||||||||||||||||||||||||
52 | *Reference Material | |||||||||||||||||||||||||
53 | Total clinical samples in validation | |||||||||||||||||||||||||
54 | Total samples in validation | |||||||||||||||||||||||||
55 | *Reference material are not considered "clinical" and do not contribute to the assessment of the clinical validation. | |||||||||||||||||||||||||
56 | ||||||||||||||||||||||||||
57 | 8 - Analytical validation summary table | |||||||||||||||||||||||||
58 | Column | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | |||||||||||||||||
59 | Variant Type1 | Variant allele frequency range | Unique Samples | Unique Variants Expected3 | Unique variants detected | Concordant Unique Variants | Sensitivity/ Variant-level PPA (95% CI) | Specificity/ Variant-level NPA (95% CI) | Variant-level Reproducibility | |||||||||||||||||
60 | SNVs | |||||||||||||||||||||||||
61 | Indels ≤40bp | |||||||||||||||||||||||||
62 | Indels >40bp | |||||||||||||||||||||||||
63 | CNVs (Gain/Loss) | |||||||||||||||||||||||||
64 | SVs | |||||||||||||||||||||||||
65 | SSVs2 | |||||||||||||||||||||||||
66 | Repeat Expansion | |||||||||||||||||||||||||
67 | Other (fill in variant type) | |||||||||||||||||||||||||
68 | 1Types = Single Nucleotide variant (SNV), Insertion/Deletion (INDELs), Copy Number Variant (CNV), Structural Variant (SV), Splice-Site Variant (SSV) | |||||||||||||||||||||||||
69 | 2 For the purposes of this table, a splice-site variant is defined as a variant that is detected by analyzing RNA transcripts. | |||||||||||||||||||||||||
70 | 3 For the purposes of this table, a “unique variant” may include the same variant [e.g., BRCA1 c.4327C>T (p.Arg1443Ter)] in different unique samples. | |||||||||||||||||||||||||
71 | ||||||||||||||||||||||||||
72 | ||||||||||||||||||||||||||
73 | 9 - Required Genes | |||||||||||||||||||||||||
74 | Complete the table below, add more lines if necessary | |||||||||||||||||||||||||
75 | NOTE: genes are ONLY required for tests where the cancer type listed is included in the intended use of the test. | |||||||||||||||||||||||||
76 | Gene | Transcript | Malignancy indication | Is the gene covered by this assay (Y/N)? | Are all exons covered by this assay? (Y/N) | Exons not covered | Exons covered by alternate methodology | Comment | ||||||||||||||||||
77 | APC | Colon | ||||||||||||||||||||||||
78 | ATM | Breast, Prostate | ||||||||||||||||||||||||
79 | BMPR1A | Colon | ||||||||||||||||||||||||
80 | BRCA1 | Breast, Ovarian, Pancreatic, Prostate | ||||||||||||||||||||||||
81 | BRCA2 | Breast, Ovarian, Pancreatic, Prostate | ||||||||||||||||||||||||
82 | BRIP1 | Ovarian | ||||||||||||||||||||||||
83 | CDH1 | Breast | ||||||||||||||||||||||||
84 | CDKN2A | Pancreatic | ||||||||||||||||||||||||
85 | CHEK2 | Breast, Prostate | ||||||||||||||||||||||||
86 | EPCAM | Ovarian, Colon, Endometrial, Gastric | ||||||||||||||||||||||||
87 | MLH1 | Colon, Pancreatic, Prostate, Endometrial, Gastric | ||||||||||||||||||||||||
88 | MSH2 | Colon, Prostate, Endometrial, Gastric | ||||||||||||||||||||||||
89 | MSH6 | Colon, Prostate, Endometrial, Gastric | ||||||||||||||||||||||||
90 | MUTYH | Colon | ||||||||||||||||||||||||
91 | NBN | Breast | ||||||||||||||||||||||||
92 | NF1 | Breast | ||||||||||||||||||||||||
93 | PALB2 | Breast, Pancreatic, Prostate | ||||||||||||||||||||||||
94 | PMS2 | Colon, Prostate | ||||||||||||||||||||||||
95 | PTEN | Breast, Colon | ||||||||||||||||||||||||
96 | RAD51C | Ovarian | ||||||||||||||||||||||||
97 | RAD51D | Ovarian | ||||||||||||||||||||||||
98 | SMAD4 | Colorectal | ||||||||||||||||||||||||
99 | STK11 | Breast, Pancreatic, Colorectal | ||||||||||||||||||||||||
100 | TP53 | Breast, Pancreatic, Colorectal | ||||||||||||||||||||||||