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1 | Provide the following information and feel free to add more columns with important metadata | contact | cbrungs1789@gmail.com | ||||||||||||||||||||||||||||||
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8 | Public datasets need to be uploaded to MassIVE, MetaboLights, MetabolomicsWorkbench or similar open repositories | ||||||||||||||||||||||||||||||||
9 | Preferred SMILES or InChI - if not available, we will search databases with other information given: inchikey, compound name | ||||||||||||||||||||||||||||||||
10 | NO NEED TO FILL ALL PROPERTIES! They will be calculated from SMILES / InChI structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||
11 | unique_sample_id can be extracted from multiple injections as the longest common subname: A1_positive.mzML and A1_negative.mzML would be A1_ Otherwise just provide the whole file name. Unique_sample_id should not start or end with a number as we will use a substring matching | Public datasets need to be uploaded to MassIVE, MetaboLights, MetabolomicsWorkbench or similar open repositories | Reactions in case samples underwent a reaction protocol from the next sheet | ||||||||||||||||||||||||||||||
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13 | unique_sample_id | dataset_id | repository | compound_name | smiles | isomeric_smiles | inchi | inchikey | applied_reaction_id | applied_reaction_name | |||||||||||||||||||||||
14 | example_library_P01_A1_id | MSV000092216 | MassIVE | Levodopa | C1=CC(=C(C=C1CC(C(=O)O)N)O)O | C1=CC(=C(C=C1C[C@@H](C(=O)O)N)O)O | InChI=1S/C9H11NO4/c10-6(9(13)14)3-5-1-2-7(11)8(12)4-5/h1-2,4,6,11-12H,3,10H2,(H,13,14)/t6-/m0/s1 | ||||||||||||||||||||||||||
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