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1 | Class | Name | Link | Description | ||||||||||||||||||||||
2 | CORD-19 | CORD-19 | https://pages.semanticscholar.org/coronavirus-research | Paper data | ||||||||||||||||||||||
3 | CORD-19 | CORD-19 Kaggle Competition | https://www.kaggle.com/allen-institute-for-ai/CORD-19-research-challenge | Kaggle contest | ||||||||||||||||||||||
4 | ||||||||||||||||||||||||||
5 | QA | PubmedQA | https://pubmedqa.github.io | |||||||||||||||||||||||
6 | QA | BioASQ | http://www.bioasq.org/ | |||||||||||||||||||||||
7 | QA | MedHop in QAngaroo | http://qangaroo.cs.ucl.ac.uk/ | multihop QA | ||||||||||||||||||||||
8 | ||||||||||||||||||||||||||
9 | IE | GENIA | http://www.geniaproject.org | Annotated biomedical articles | ||||||||||||||||||||||
10 | IE | Project Hanover | https://github.com/VioletPeng/GraphLSTM_release | From Microsoft project on machine reading for precision medicine: https://www.microsoft.com/en-us/research/project/project-hanover/ | ||||||||||||||||||||||
11 | IE | MedMentions | https://github.com/chanzuckerberg/MedMentions | Articles from PubMed annotated with entities from UMLS | ||||||||||||||||||||||
12 | IE | PubTator | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/CBBresearch/Lu/Demo/PubTator/curator_identifier.cgi?user=User889086802&pmid=32105989&searchtype=PubMed_Search&query=ESR1%20breast%20cancer&page=1&Species_display=1&Gene_display=1&Chemical_display=1&Disease_display=1&Mutation_display=1&tax= | PubMed abstracts annotated with entities | ||||||||||||||||||||||
13 | IE | CTD | http://ctdbase.org/ | KB of relations between genes, proteins, chemicals | ||||||||||||||||||||||
14 | ||||||||||||||||||||||||||
15 | Summ | PubMed/arXiv | https://github.com/armancohan/long-summarization | Academic paper summarization (stats: PubMed 133K + arXiv 215K) | ||||||||||||||||||||||
16 | Summ | WikiSum | https://github.com/nlpyang/hiersumm | Multi-document summarization (wikipedia, stats: 1,579,360/38,144/38,205) | ||||||||||||||||||||||
17 | Summ | MultiNews | https://github.com/Alex-Fabbri/Multi-News | Multi-document summarization (news, stats: 44,972/5,622/5,622) | ||||||||||||||||||||||
18 | ||||||||||||||||||||||||||
19 | Handbook | Handbook of COVID-19 Prevention and Treatment | https://video-intl.alicdn.com/Handbook%20of%20COVID-19%20Prevention%20and%20Treatment.pdf?spm=a3c0i.14138300.8102420620.download.167959faR9M6tg&file=Handbook%20of%20COVID-19%20Prevention%20and%20Treatment.pdf | There are two parts in total: 1) prevention and control management 2) Diagnosis and treatment | ||||||||||||||||||||||
20 | ||||||||||||||||||||||||||
21 | List of Resources | medical-data | https://github.com/Andy-jqa/medical-data | An curated list of publicly available medical datasets from Qiao Jin | ||||||||||||||||||||||
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