A | B | C | D | E | F | G | H | I | J | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | X | Y | Z | AA | AB | AC | AD | AE | AF | AG | AH | AI | AJ | AK | AL | AM | |
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1 | ANISEED ID | Pubmed ID | Species | Authors | Year | Total nb of experiments | Experiment (wt) | Experiment (mutant) | Nb of regulatory regions | Nb of hours to curate the article | |||||||||||||||||||||||||||||
2 | 166 | 21600895 | Cirobu | D’Aniello, E., Pezzotti, M.R., Locascio, A., Branno | 2011 | 55 | 48 | 7 | 22 | 10 minutes ?? | |||||||||||||||||||||||||||||
3 | 350 | 22848672 | Cirobu | Kusakabe TG, Sakai T, Aoyama M, Kitajima Y, Miyamoto Y, Takigawa T, Daido Y, Fujiwara K, Terashima Y, Sugiuchi Y, Matassi G, Yagisawa H, Park MK, Satake H, Tsuda M. | 2012 | 11 | 11 | 0 | 5 | ? | |||||||||||||||||||||||||||||
4 | 352 | 23832845 | Cirobu | Kobayashi K, Yamada L, Satou Y, Satoh N. | 2013 | 144 | 0 | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||
5 | 175 | 21303852 | Cirobu | Stolfi A, Levine M | 2011 | 46 | 12 | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||
6 | 348 | 34000300 | Cirobu | Takafumi Kawai, Masaki Hashimoto, Natsuki Eguchi, Junko M Nishino, Yuka Jinno, Risa Mori-Kreiner, Måns Aspåker, Daijiro Chiba, Yukio Ohtsuka, Akira Kawanabe, Atsuo S Nishino, Yasushi Okamura | 2021 | 5 | 0 | 2h | |||||||||||||||||||||||||||||||
7 | 351 | 35408864 | Cirobu | Annamaria Locascio, Quirino Attilio Vassalli, Immacolata Castellano and Anna Palumbo | 2022 | 7 | 3 | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||
8 | 135 | 19406117 | Harore | Kumano G, Nishida H | 2009 | 43 | 0 | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||
9 | 134 | 21782435 | Harore | Kumano G, Takatori N, Negishi T, Takada T, Nishida H | 2011 | 53 | 0 | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||
10 | 13 | 21610035 | Harore | Hashimoto H, Enomoto T, Kumano G, Nishida H | 2011 | 16 | 0 | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||
11 | 353 | 22732083 | Harore | Maeng S, Lee JH, Choi SC, Kim MA, Shin YK, Sohn YC | 2012 | 13 | 0 | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||
12 | 96 | 22233491 | Cirobu | Yoshida R, Sasakura Y | 2012 | 12 | 0 | Marion | |||||||||||||||||||||||||||||||
13 | 355 | 29277977 | Cirobu | Rigon F, Gasparini F, Shimeld S, Candiani S, Manni L | 2018 | 7 | 0 | Marion | Waiting for author's check - I could not enter Fig3g-i (direct detection of AChE activity) and Fig3k-l (as GABA is not a gene). - the ontology seems to be incomplete at adult stage (oral syphon is missing for instance), juvenile ontology is missing | DD 4.2.23: ISH have no stained regions because of bad ontology at stage 39. Reste enhancer detection lines | |||||||||||||||||||||||||||||
14 | 335 | 28770040 | Cirobu | Palmquist K, Davidson B | 2017 | 11 | 1 | Marion | Entré attente mail auteur pour certaines questions précises (Mesp enhancer ID + stages for MolTools). Phenotype experiements not entered. | Y | |||||||||||||||||||||||||||||
15 | 359 | 16950241 | Harore | Kumano G, Yamaguchi S, Nishida H | 2006 | 71 | 0 | Marion | Bad gene model, FoxD split into Harore.CG.MTP2014.S128.g13119 and Harore.CG.MTP2014.S128.g04021 - pdf sent by Gaku Kumano - Fig3, control vegetal view, injected animal view, should I describe vegetal side of injected embryos ? - Fig3I : 6A-cell stage in the picture, not 110 ? - FigS3, expression profiles of FoxDb not sure at all. FigS1JKL, Fgf9/16/20 expression profiles not sure. - Some embryo only animal view, should we assume vegetal wt expression profile is maintained ? (eg Bra Fig 6-7) - Blastomere isolation experiments not entered (Fig5) - Commercial antigene immunostaining and AP staining not entered (no gene model). | Y | |||||||||||||||||||||||||||||
16 | 364 | 20478299 | Harore | Kumano G, Kawai N, Nishida H | 2010 | 19 | Marion | pdf sent by Gaku Kumano - many copies of m.actin, one was arbitrarly chosen for ISH (Genbank ID D10067.1) - Not entered : Fig1, Fig3, Fig6ABEF because morphological data is not suitable and Fig2, as alpha-tubulin Gene ID is unknown | Y waiting for author's check | ||||||||||||||||||||||||||||||
17 | 362 | 17216525 | Harore | Miyazaki Y, Nishida H, Kumano G | 2007 | 23 | pdf sent by Gaku Kumano | Y waiting for author's check, I arbitrarily selected one gene ID for m.actin, but I keep track of the existence of very similar orthologs (which are very likely to be recognized by the same probe) | |||||||||||||||||||||||||||||||
18 | 210 | 28289133 | Cirobu | Yoshida.. Sasakura | 2017 | 35 | 3 | Y waiting for author's check, pdf ok - Transgenic line of enhancer trap - cisREG>gene-TALEN. - juvenile swimming larva incomplete ontology | |||||||||||||||||||||||||||||||
19 | 94 | 22573621 | Cirobu | Sasakura.. Fujiwara | 2012 | Ongoing/stuck | |||||||||||||||||||||||||||||||||
20 | 356 | 22595514 | Cirobu | Woznica.. Davidson | 2012 | Ongoing/stuck | |||||||||||||||||||||||||||||||||
21 | 354 | 23391688 | Cirobu | Izzi.. Meedel | 2013 | 22 | 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
22 | 357 | 27707797 | Cirobu | Imai...Satou | 2016 | 12 | 8 | Marion | Entered, TFBS entered. Constructs CONS00001638 to 1645 not linked to article card. | ||||||||||||||||||||||||||||||
23 | 371 | 28348228 | Cirobu | Hirai.. Okado | 2017 | 4 | 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
24 | 361 | 22889275 | Harore | Yoshida.. Saiga | 2012 | 18 | 8 | Léa/Delpine | |||||||||||||||||||||||||||||||
25 | 189 | 20671188 | Cirobu | Stolfi.. Christiaen | 2010 | 45 | 10 | CONS00001646 to 1657 missing from article card, - Morphological modification cannot be annotated - Incomplete ontology for swimming larvae and juveniles | |||||||||||||||||||||||||||||||
26 | 368 | 33191918 | Cr, Hr, Pm, Ma | Coulcher.. Darras | 2020 | Ongoing | |||||||||||||||||||||||||||||||||
27 | 375 | 31552663 | Cirobu | Hudson | 2020 | Ongoing | Léa | ||||||||||||||||||||||||||||||||
28 | 369 | 24720515 | Harore | Kumano.. Nishida | 2014 | 39 | 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
29 | 131 | 23674602 | Cirobu | José-Edwards.. Di Gregorio | 2013 | 53 | Ongoing | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||
30 | 349 | 22923581 | Cirobu | Imai.. Satou | 2012 | 34 | 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
31 | 172 | 28520732 | Cirobu | Tokuhiro... Satou | 2017 | 27 | 7 | Léa | |||||||||||||||||||||||||||||||
32 | 377 | 29709000 | Harore | Miyaoku.. Kumano | 2018 | 19 | 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
33 | 378 | 31904374 | Harore | Zheng.. Kumano | 2020 | 54 | 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
34 | 379 | 37403333 | Moocul Cirobu | Popsuj.. Stolfi | 2023 | Ongoing | |||||||||||||||||||||||||||||||||
35 | 376 | 32665244 | Phmamm Cirobu | Fiuza.. Lemaire | 2020 | Ongoing | |||||||||||||||||||||||||||||||||
36 | 101 | 24204212 | Cirobu | Katilaka.. Di Gregorio | 2013 | 46 | 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
37 | 337 | 27351101 | Cirobu | Hudson.. Yasuo | 2016 | 100 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
38 | 35585239 | Cirobu | Papadogianis.. Shimeld | 2022 | Ongoing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
39 | 1044 | 59 | 7 | 95 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
40 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
41 | Marion | Entered, TFBS entered. Constructs CONS00001638 to 1645 not linked to article card. | Y | 357 | 27707797 | Antagonism between β-catenin and Gata.a sequentially segregates the germ layers of ascidian embryos. | Imai...Satou | 2016 | marginal cell lineage | (few experiments) | 11h | 17/01/2023 | yutaka@ascidian.zool.kyoto-u.ac.jp, | Y | |||||||||||||||||||||||||
42 | Marion | CONS00001646 to 1657 missing from article card, - Morphological modification cannot be annotated - Incomplete ontology for swimming larvae and juveniles | Y | 189 | 20671188 | Early chordate origins of the vertebrate second heart field | Stolfi | 2010 | Heart specification, larva, post-metamorphic | Mesp, Islet, FoxF reporter constructs, ISH COE, Tbx1/10, WT and perturbed | 16/03/2023 | alberto.stolfi@biosci.gatech.edu | |||||||||||||||||||||||||||
43 | Marion | pdf ok - Transgenic line of enhancer trap - cisREG>gene-TALEN. - juvenile swimming larva incomplete ontology | Y | 210 | 28289133 | Hox-mediated endodermal identity patterns pharyngeal muscle formation in the chordate pharynx | Yoshida...Sasakura | 2017 | 28/03/2023 | kyoshida@shimoda.tsukuba.ac.jp (not working ) sasakura@shimoda.tsukuba.ac.jp | |||||||||||||||||||||||||||||
44 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
45 | CURATED but annotated previously | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
46 | ANISEED ID | Pubmed ID | Species | Authors | Year | Total nb of experiments | Experiment (wt) | Experiment (mutant) | Nb of regulatory regions | Nb of hours to curate the article | |||||||||||||||||||||||||||||
47 | 177 | 23049976 | Cirobu | Pasini.. Lemaire | 2012 | 76 | 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
48 | 184 | 30661644 | Phmamm Cirobu | Madgwick... Lemaire | 2019 | 135 | 83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
49 | 332 | 17015434 | Cirobu | Davidson.. Levine | 2006 | 41 | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
50 | 168 | 26684323 | Cirobu | José Edwards.. Di Gregorio | 2015 | 86 | 76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
51 | 338 | 0 | 0 | 166 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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