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3 | ALL BIOCOMMONS MEETINGS | |||||||||||||||||||||||||||
4 | Partners, Collaborators, Project Participants | |||||||||||||||||||||||||||
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6 | Date | Topic | Speaker | Background Information | Status | Proposed By | Slides/ Recording Link | |||||||||||||||||||||
7 | 07 March 2024 | Update on the Tree of Life RIIP | Nigel Ward | https://www.biocommons.org.au/news/new-funding-2023 | Confirmed | Jeff | https://drive.google.com/file/d/14jlwn7FisTOS7lrlIoKpGLKLJkzmYAup/view?usp=drive_link AToL vision and first steps | |||||||||||||||||||||
8 | 21 March 2024 | GUARDIANS: Advancing human genomics data sharing and analysis in Australia | Bernie Pope and Jess Holliday | https://www.biocommons.org.au/news/new-funding-2023 | Confirmed | Jeff | Recording not possible :-( Slides: GUARDIANS - All of BioCommons March 21 2024 | |||||||||||||||||||||
9 | 04 April 2024 | Update on the BioCloud RIIP | Steven Manos | https://www.biocommons.org.au/news/new-funding-2023 | Confirmed | Jeff | https://drive.google.com/file/d/1PNt-nkjkO1dWZQoaGnaLLSEDMdFo0Nv9/view?usp=drive_link Slides: BioCloud - BioCommons All Hands - 4 April 2024 | |||||||||||||||||||||
10 | 18 April 2024 | The BioCLI - Vision and Scope | Georgie Samaha, Matt Downton, Sarah Beecroft | Confirmed | Lisa | https://drive.google.com/file/d/1W7zdrUkX_G4FQ3RYc_0GThB40BLnRsIy/view?usp=drive_link Slides: BioCLI_AllBioCommons_180424 | ||||||||||||||||||||||
11 | 02 May 2024 | NO MEETING | NO MEETING | |||||||||||||||||||||||||
12 | 16 May 2024 | The Workflow Commons | Johan Gustafsson, Nigel Ward, Georgie Samaha, Matt Downton, Dom Gorse | https://www.biocommons.org.au/workflow-commons | Confirmed | Johan | Recording: https://drive.google.com/file/d/1BJ-tP9iIPx7n6W6pI4Jk2D4Up05SIHPN/view?usp=drive_link Slides: Workflow Commons Presentation for All BioCommons Meeting | |||||||||||||||||||||
13 | 30 May 2024 | Estimating Cloud Computing Costs for Bioinformatics Workloads | Nuwan Goonasekera | Confirmed | Gareth | Recording: https://drive.google.com/file/d/1M7uEy7HhHh-RHPsyr3xDT81hcuhnLefu/view?usp=drive_link | ||||||||||||||||||||||
14 | 13 June 2024 | The Galaxy NAR Paper | Gareth Price | https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkae410/7676834?utm_source=advanceaccess&utm_campaign=nar&utm_medium=email | Confirmed | Gareth | Recording: https://drive.google.com/drive/folders/1m9dmoAl5YKVXf1QylIbKbCwlGGrkMlcS Slides: https://docs.google.com/presentation/d/1-C41DR3zjUkmiXTyV0_JHEEWqvgufhXtcaS1MV0jppI/edit#slide=id.g27363759ecb_1_50 | |||||||||||||||||||||
15 | 27 June 2024 | NO MEETING | NA | NA | NA | NA | NA | |||||||||||||||||||||
16 | 11 July 2024 | The ELIXIR Tools Platform: Vision, Overview and Australia's role in it | Johan Gustafsson | https://elixir-europe.org/platforms/tools | Confirmed | Jeff | Recording: https://drive.google.com/drive/folders/1m9dmoAl5YKVXf1QylIbKbCwlGGrkMlcS Slides: https://docs.google.com/presentation/d/1jmadyKOWLs1xPTyp15E0C01vn5c2t40HHuD23mIprt8/edit#slide=id.ge5a43f684c_3_0 | |||||||||||||||||||||
17 | 25 July 2024 | NO MEETING | Tiff | |||||||||||||||||||||||||
18 | 08 August 2024 | Phylogenetics Training Journey | Mike Charleston, Melissa, Christina et al | https://www.biocommons.org.au/news/phylo-gtn Presentation: https://docs.google.com/presentation/d/1GdsCwmnI9s6e3LcgE7wyGOJiPR2gmcyC1WenT3to1kc/edit?usp=sharing | Confirmed | Jeff | Slides: https://docs.google.com/presentation/d/1GdsCwmnI9s6e3LcgE7wyGOJiPR2gmcyC1WenT3to1kc/edit?usp=sharing Recording: 20240808.mp4 | |||||||||||||||||||||
19 | 22 August 2024 | The AlphaFold Collaboration | Sarah Beecroft | Confirmed | Lisa | |||||||||||||||||||||||
20 | 05 September 2024 | Omics data publishing, access and re-use | Farah Zaib Khan | Confirmed | Farah | |||||||||||||||||||||||
21 | 19 September 2024 | 2023-28 Strategic Plan | Jeff Christiansen | Confirmed | Lisa | |||||||||||||||||||||||
22 | 03 October 2024 | GA4GH Plenary Retro | TBC | |||||||||||||||||||||||||
23 | 17 October 2024 | Update from Bioplatforms Australia | Sarah Richmond and Kelly Scarlett | TBC | ||||||||||||||||||||||||
24 | 31 October 2024 | Partner organisation retros | TBC | |||||||||||||||||||||||||
25 | 14 November 2024 | BioCLI Update | Georgie Samaha, Matt Downton, Sarah Beecroft | TBC | Lisa | |||||||||||||||||||||||
26 | 28 November 2024 | Workflow Commons Update | Johan Gustafsson, Nigel Ward, Georgie Samaha, Matt Downton, Dom Gorse | TBC | Lisa | |||||||||||||||||||||||
27 | 12 December 2024 | |||||||||||||||||||||||||||
28 | 26 December 2024 | NO MEETING | NO MEETING | |||||||||||||||||||||||||
29 | 09 January 2025 | NO MEETING | NO MEETING | |||||||||||||||||||||||||
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31 | Potential Future Talks | |||||||||||||||||||||||||||
32 | High throughput proteomics on HPC | Cali Wilett | TBC | Tiff | ||||||||||||||||||||||||
33 | GSA activities | Camilla Whittington | ||||||||||||||||||||||||||
34 | DReSA | Kathryn Unswoth | Melissa (inspired by) | |||||||||||||||||||||||||
35 | Green Computing | TBC | ||||||||||||||||||||||||||
36 | MG-RAST and microbiome infrastructure initiatives - Rob Edwards | Rob Edwards | ||||||||||||||||||||||||||
37 | NCI's relationship with RIKEN - porting code to different platforms - see https://bit.ly/NCIRIKENMoU? | Melissa | ||||||||||||||||||||||||||
38 | Scribehow AI tool for developing documentation. Intersect has been trialling it. | Someone from Intersect (Anastasios Papaioannou?) | This tool was mentioned in this presentation: https://doi.org/10.5281/zenodo.10211603 | |||||||||||||||||||||||||
39 | Galaxy Upgrade to new version | Gareth Price | Lisa | |||||||||||||||||||||||||
40 | BioCommons Strategy | Directors | Lisa | |||||||||||||||||||||||||
41 | Establishing the Australian Seqera Platform Service | Ziad | Jeff | |||||||||||||||||||||||||
42 | Bioinformatics infrastructure to support AI | Andrew | ||||||||||||||||||||||||||
43 | ACDC project updates | Jess | ||||||||||||||||||||||||||
44 | OMIX3 project updates | Jess | ||||||||||||||||||||||||||
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