A | B | C | D | E | F | G | H | I | J | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | X | Y | Z | |
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1 | Predicted Progenitor Collection Catalog | |||||||||||||||||||||||||

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3 | This spreadsheet lists the contents of an oversampled (≈40,000 member) transposon mutant collection (the progenitor collection) for Shewanella oneidensis that was cataloged with Knockout Sudoku. This collection was later condensed to produce a quality controlled collection. | |||||||||||||||||||||||||

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5 | Note: Many transposons fall in between protein coding regions. In these cases the feature disrupted is marked as ’None’, and the distance from the transposon start is marked as ‘NA’. Note: ‘\’ between feature names indicates that features are overlapping and that the transposon disrupts both. Note: This catalog was published as part of the March 2016 Shewanella Sudoku Collection article. | |||||||||||||||||||||||||

6 | ||||||||||||||||||||||||||

7 | Plate Row | Plate Col. | Plate | Well | Transposon Coordinate(s) | Location Method(s) | Feature(s) Disrupted | Distance(s) from Translation Start(s) (bp) | Fractional Distance(s) | Locus Tag(s) | ||||||||||||||||

8 | PR01 | PC01 | 1 | A01 | 2292305 | Direct | SO_2180 | 308 | 0.36 | SO_2180 | ||||||||||||||||

9 | PR01 | PC01 | 1 | A02 | 606053 | Bayesian | SO_0579 | 1280 | 0.71 | SO_0579 | ||||||||||||||||

10 | PR01 | PC01 | 1 | A03 | 3896848, 4890984 | Direct, Direct | argE, None | 203, NA | 0.25, NA | SO_3749, None | ||||||||||||||||

11 | PR01 | PC01 | 1 | A04 | ||||||||||||||||||||||

12 | PR01 | PC01 | 1 | A05 | ||||||||||||||||||||||

13 | PR01 | PC01 | 1 | A06 | 4906393 | Direct | SO_4704 | 409 | 0.52 | SO_4704 | ||||||||||||||||

14 | PR01 | PC01 | 1 | A07 | 570533 | Direct | SO_0547 | 43 | 0.06 | SO_0547 | ||||||||||||||||

15 | PR01 | PC01 | 1 | A08 | 4243528 | Direct | SO_4089 | 704 | 0.72 | SO_4089 | ||||||||||||||||

16 | PR01 | PC01 | 1 | A09 | 1935911 | Direct | None | NA | NA | None | ||||||||||||||||

17 | PR01 | PC01 | 1 | A10 | 2433115 | Direct | SO_2323 | 275 | 0.14 | SO_2323 | ||||||||||||||||

18 | PR01 | PC01 | 1 | A11 | 1648171 | Direct | SO_1571 | 2622 | 0.84 | SO_1571 | ||||||||||||||||

19 | PR01 | PC01 | 1 | A12 | 1287619 | Direct | SO_1236 | 961 | 0.71 | SO_1236 | ||||||||||||||||

20 | PR01 | PC01 | 1 | B01 | 4493618 | Direct | hemY | 5 | 0 | SO_4316 | ||||||||||||||||

21 | PR01 | PC01 | 1 | B02 | ||||||||||||||||||||||

22 | PR01 | PC01 | 1 | B03 | 244010, 880052, 3608327, 3652174, 4349756, 4493618, 4706353 | Direct, Direct, Direct, Direct, Direct, Direct, Direct | None, attE, recN, None, mxdD, hemY, fdhA | NA, 509, 341, NA,60, 5,720 | NA, 0.76, 0.21, NA, 0.17, 0.00, 0.25 | None, SO_0857, SO_3462, None, SO_4177, SO_4316, SO_4513 | ||||||||||||||||

23 | PR01 | PC01 | 1 | B04 | 4091157 | Bayesian | None | NA | NA | None | ||||||||||||||||

24 | PR01 | PC01 | 1 | B05 | 3652174 | Direct | None | NA | NA | None | ||||||||||||||||

25 | PR01 | PC01 | 1 | B06 | ||||||||||||||||||||||

26 | PR01 | PC01 | 1 | B07 | 4349756 | Direct | mxdD | 60 | 0.17 | SO_4177 | ||||||||||||||||

27 | PR01 | PC01 | 1 | B08 | 880052 | Direct | attE | 509 | 0.76 | SO_0857 | ||||||||||||||||

28 | PR01 | PC01 | 1 | B09 | 1935911, 4706353 | Direct, Direct | None, fdhA | NA, 720 | NA, 0.25 | None, SO_4513 | ||||||||||||||||

29 | PR01 | PC01 | 1 | B10 | 2433115, 3608327 | Direct, Direct | SO_2323, recN | 275, 341 | 0.14, 0.21 | SO_2323, SO_3462 | ||||||||||||||||

30 | PR01 | PC01 | 1 | B11 | 244010 | Direct | None | NA | NA | None | ||||||||||||||||

31 | PR01 | PC01 | 1 | B12 | 1340157 | Direct | None | NA | NA | None | ||||||||||||||||

32 | PR01 | PC01 | 1 | C01 | ||||||||||||||||||||||

33 | PR01 | PC01 | 1 | C02 | 2407780 | Direct | norM | 1001 | 0.73 | SO_2295 | ||||||||||||||||

34 | PR01 | PC01 | 1 | C03 | 996367, 3642880 | Direct, Bayesian | None, mexF | NA, 232 | NA, 0.07 | None, SO_3492 | ||||||||||||||||

35 | PR01 | PC01 | 1 | C04 | 2362656, 4091157 | Direct, Bayesian | sdaA, None | 1197, NA | 0.87, NA | SO_2248, None | ||||||||||||||||

36 | PR01 | PC01 | 1 | C05 | 1279170 | Direct | torS | 1095 | 0.36 | SO_1230 | ||||||||||||||||

37 | PR01 | PC01 | 1 | C06 | ||||||||||||||||||||||

38 | PR01 | PC01 | 1 | C07 | ||||||||||||||||||||||

39 | PR01 | PC01 | 1 | C08 | 1978825 | Direct | SO_1882 | 502 | 0.16 | SO_1882 | ||||||||||||||||

40 | PR01 | PC01 | 1 | C09 | ||||||||||||||||||||||

41 | PR01 | PC01 | 1 | C10 | 791715, 3606585 | Direct, Bayesian | None, lldR | NA, 37 | NA, 0.04 | None, SO_3460 | ||||||||||||||||

42 | PR01 | PC01 | 1 | C11 | 383838 | Bayesian | None | NA | NA | None | ||||||||||||||||

43 | PR01 | PC01 | 1 | C12 | 41463 | Direct | None | NA | NA | None | ||||||||||||||||

44 | PR01 | PC01 | 1 | D01 | ||||||||||||||||||||||

45 | PR01 | PC01 | 1 | D02 | 3828101 | Direct | hmuD | 51 | 0.06 | SO_3675 | ||||||||||||||||

46 | PR01 | PC01 | 1 | D03 | ||||||||||||||||||||||

47 | PR01 | PC01 | 1 | D04 | 4936272 | Bayesian | add | 307 | 0.31 | SO_4731 | ||||||||||||||||

48 | PR01 | PC01 | 1 | D05 | 84462 | Bayesian | SO_0072 | 109 | 0.29 | SO_0072 | ||||||||||||||||

49 | PR01 | PC01 | 1 | D06 | ||||||||||||||||||||||

50 | PR01 | PC01 | 1 | D07 | 2349382 | Direct | hrpA | 3731 | 0.96 | SO_2229 | ||||||||||||||||

51 | PR01 | PC01 | 1 | D08 | 212631 | Direct | SO_0204 | 406 | 0.62 | SO_0204 | ||||||||||||||||

52 | PR01 | PC01 | 1 | D09 | 3027725 | Direct | SO_2900 | 2136 | 0.9 | SO_2900 | ||||||||||||||||

53 | PR01 | PC01 | 1 | D10 | 3512941 | Direct | yceJ | 320 | 0.58 | SO_3371 | ||||||||||||||||

54 | PR01 | PC01 | 1 | D11 | ||||||||||||||||||||||

55 | PR01 | PC01 | 1 | D12 | 2587941 | Direct | None | NA | NA | None | ||||||||||||||||

56 | PR01 | PC01 | 1 | E01 | 5018290 | Direct | None | NA | NA | None | ||||||||||||||||

57 | PR01 | PC01 | 1 | E02 | 2661213 | Direct | adaA | 275 | 0.77 | SO_2532 | ||||||||||||||||

58 | PR01 | PC01 | 1 | E03 | ||||||||||||||||||||||

59 | PR01 | PC01 | 1 | E04 | 3851471 | Direct | SO_3700 | 1039 | 0.75 | SO_3700 | ||||||||||||||||

60 | PR01 | PC01 | 1 | E05 | 4605461 | Bayesian | None | NA | NA | None | ||||||||||||||||

61 | PR01 | PC01 | 1 | E06 | ||||||||||||||||||||||

62 | PR01 | PC01 | 1 | E07 | 4288091 | Bayesian | SO_4130 | 374 | 0.81 | SO_4130 | ||||||||||||||||

63 | PR01 | PC01 | 1 | E08 | 4606388 | Direct | SO_4412 | 238 | 0.74 | SO_4412 | ||||||||||||||||

64 | PR01 | PC01 | 1 | E09 | 128247, 4290322, 4896865 | Direct, Direct, Bayesian | SO_0118, udp, torF | 140, 254, 330 | 0.16, 0.34, 0.44 | SO_0118, SO_4133, SO_4694 | ||||||||||||||||

65 | PR01 | PC01 | 1 | E10 | 588517 | Direct | plsC | 146 | 0.2 | SO_0567 | ||||||||||||||||

66 | PR01 | PC01 | 1 | E11 | ||||||||||||||||||||||

67 | PR01 | PC01 | 1 | E12 | ||||||||||||||||||||||

68 | PR01 | PC01 | 1 | F01 | 739744 | Direct | katG | 1250 | 0.56 | SO_0725 | ||||||||||||||||

69 | PR01 | PC01 | 1 | F02 | 367479 | Direct | SO_0357 | 3115 | 0.95 | SO_0357 | ||||||||||||||||

70 | PR01 | PC01 | 1 | F03 | ||||||||||||||||||||||

71 | PR01 | PC01 | 1 | F04 | ||||||||||||||||||||||

72 | PR01 | PC01 | 1 | F05 | 3383325 | Direct | flgH | 591 | 0.88 | SO_3243 | ||||||||||||||||

73 | PR01 | PC01 | 1 | F06 | 437509 | Direct | None | NA | NA | None | ||||||||||||||||

74 | PR01 | PC01 | 1 | F07 | 2670718 | Direct | SO_2539 | 688 | 0.35 | SO_2539 | ||||||||||||||||

75 | PR01 | PC01 | 1 | F08 | 3359821 | Direct | fliM | 644 | 0.62 | SO_3221 | ||||||||||||||||

76 | PR01 | PC01 | 1 | F09 | 4748518 | Direct | SO_4552 | 567 | 0.27 | SO_4552 | ||||||||||||||||

77 | PR01 | PC01 | 1 | F10 | ||||||||||||||||||||||

78 | PR01 | PC01 | 1 | F11 | ||||||||||||||||||||||

79 | PR01 | PC01 | 1 | F12 | 3050542 | Direct | None | NA | NA | None | ||||||||||||||||

80 | PR01 | PC01 | 1 | G01 | ||||||||||||||||||||||

81 | PR01 | PC01 | 1 | G02 | 1788225, 3086893 | Direct, Direct | SO_1699, L | 1617, 447 | 0.50, 0.62 | SO_1699, SO_2949 | ||||||||||||||||

82 | PR01 | PC01 | 1 | G03 | 4708265, 5036056 | Bayesian, Direct | fdhA, SO_A0085 | 2632, 206 | 0.92, 0.38 | SO_4513, SO_A0085 | ||||||||||||||||

83 | PR01 | PC01 | 1 | G04 | 3681823, 5092640 | Direct, Bayesian | pilX, SO_A0138 | 329, 357 | 0.71, 0.14 | SO_3526, SO_A0138 | ||||||||||||||||

84 | PR01 | PC01 | 1 | G05 | ||||||||||||||||||||||

85 | PR01 | PC01 | 1 | G06 | 1840505 | Direct | SO_1760 | 557 | 0.72 | SO_1760 | ||||||||||||||||

86 | PR01 | PC01 | 1 | G07 | 3776485 | Direct | SO_3614 | 858 | 0.56 | SO_3614 | ||||||||||||||||

87 | PR01 | PC01 | 1 | G08 | 483089, 5000356 | Direct, Bayesian | SO_0456, SO_A0039 | 308, 971 | 0.32, 0.89 | SO_0456, SO_A0039 | ||||||||||||||||

88 | PR01 | PC01 | 1 | G09 | 4311105, 4896865, 5000356 | Direct, Bayesian, Bayesian | SO_4149, torF, SO_A0039 | 1494, 330, 971 | 0.10, 0.44, 0.89 | SO_4149, SO_4694, SO_A0039 | ||||||||||||||||

89 | PR01 | PC01 | 1 | G10 | 755610 | Direct | SO_0739 | 191 | 0.23 | SO_0739 | ||||||||||||||||

90 | PR01 | PC01 | 1 | G11 | 5020231 | Direct | SO_A0061 | 675 | 0.98 | SO_A0061 | ||||||||||||||||

91 | PR01 | PC01 | 1 | G12 | ||||||||||||||||||||||

92 | PR01 | PC01 | 1 | H01 | ||||||||||||||||||||||

93 | PR01 | PC01 | 1 | H02 | 4050203 | Direct | cpdA | 49 | 0.06 | SO_3901 | ||||||||||||||||

94 | PR01 | PC01 | 1 | H03 | 1703249 | Direct | truC | 769 | 0.92 | SO_1620 | ||||||||||||||||

95 | PR01 | PC01 | 1 | H04 | 5063054 | Bayesian | SO_A0110 | 3158 | 0.75 | SO_A0110 | ||||||||||||||||

96 | PR01 | PC01 | 1 | H05 | 4605461, 5115541 | Bayesian, Direct | None, None | NA, NA | NA, NA | None, None | ||||||||||||||||

97 | PR01 | PC01 | 1 | H06 | 3140470, 3416518 | Direct, Direct | pubA, SO_3276 | 460, 444 | 0.31, 0.47 | SO_3030, SO_3276 | ||||||||||||||||

98 | PR01 | PC01 | 1 | H07 | 151486, 413116 | Direct, Direct | None, frdA | NA, 1735 | NA, 0.86 | None, SO_0398 | ||||||||||||||||

99 | PR01 | PC01 | 1 | H08 | 3356872 | Direct | fliR | 698 | 0.88 | SO_3216 | ||||||||||||||||

100 | PR01 | PC01 | 1 | H09 |

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