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1 | Note: This is a working project tracking sheet. Updates are made regularly. This spreadsheet includes activities occuring within the TSI only. | |||||||||||||||||||||||||
2 | Common name | Scientific name | Taxon Group | Project Lead | Data aim | Sequencing platform | ||||||||||||||||||||
3 | Green and golden bell frog | Litoria aurea | Amphibian | Anthony Waddle | Genome size estimation | NovaSeq | ||||||||||||||||||||
4 | Green and golden bell frog | Litoria aurea | Amphibian | Anthony Waddle | Reference Genome | HiFi | ||||||||||||||||||||
5 | Northern corroboree frog | Pseudophryne pengilleyi | Amphibian | Scott Keogh | Population genetics | DArT | ||||||||||||||||||||
6 | Watsons tree frog | Litoria watsoni | Amphibian | Louise Durkin | Population genomics | DArT | ||||||||||||||||||||
7 | Howard springs toadlet | Uperoliea daviesae | Amphibian | Renee Catullo | Reference genome | HiFi | ||||||||||||||||||||
8 | Howard springs toadlet | Uperoliea daviesae | Amphibian | Renee Catullo | Transcriptome | Illumina | ||||||||||||||||||||
9 | Stuttering frog | Mixophyes australis (renamed from balbus in 2023) | Amphibian | Carolyn Hogg | Reference Genome | HiFi | ||||||||||||||||||||
10 | Stuttering frog | Mixophyes australis (renamed from balbus in 2023) | Amphibian | Carolyn Hogg | Reference Genome | HiC | ||||||||||||||||||||
11 | Stuttering frog | Mixophyes australis (renamed from balbus in 2023) | Amphibian | Carolyn Hogg | Transcriptome | Illumina | ||||||||||||||||||||
12 | Kroombit tinker frog | Taudactylus pleione | Amphibian | Carolyn Hogg | Reference Genome | HiFi | ||||||||||||||||||||
13 | Kroombit tinker frog | Taudactylus pleione | Amphibian | Carolyn Hogg | Transcriptome | Illumina | ||||||||||||||||||||
14 | Baw baw frog | Philoria frosti | Amphibian | Carolyn Hogg | Population genomics | ddRAD | ||||||||||||||||||||
15 | Spotted tree frog | Litoria spenceri | Amphibian | Carolyn Hogg | Population genomics | ddRAD | ||||||||||||||||||||
16 | Armoured mist frog | Litoria lorica | Amphibian | Carolyn Hogg | Population genomics | DArT | ||||||||||||||||||||
17 | Mountain frog | Philoria kundagungan | Amphibian | Carolyn Hogg | Population genomics | DArT | ||||||||||||||||||||
18 | Richmond frog | Philoria richmondensis | Amphibian | Carolyn Hogg | Population genomics | DArT | ||||||||||||||||||||
19 | Green and golden bell frog | Litoria aurea | Amphibian | Anthony Waddle | Reference Genome | HiC | ||||||||||||||||||||
20 | Orange-bellied parrot | Neophema chrysogaster | Bird | Carolyn Hogg | Reference Genome | HiFi | ||||||||||||||||||||
21 | Orange-bellied parrot | Neophema chrysogaster | Bird | Carolyn Hogg | Transcriptome | Illumina | ||||||||||||||||||||
22 | Tasmaninan scrubtit | Acanthornis magna | Bird | Ross Crates | Reference Genome | HiFi | ||||||||||||||||||||
23 | King Island scrubtit | Acanthornis magna greeniana | Bird | Ross Crates | Transcriptome | Illumina | ||||||||||||||||||||
24 | King Island scrubtit | Acanthornis magna greeniana | Bird | Ross Crates | Population genetics | ddRAD | ||||||||||||||||||||
25 | Forty-spotted pardalote | Pardalotus quadragintus | Bird | Dejan Stojanovic | Reference Genome | HiFi | ||||||||||||||||||||
26 | Forty-spotted pardalote | Pardalotus quadragintus | Bird | Dejan Stojanovic | Transcriptome | Illumina | ||||||||||||||||||||
27 | Forty-spotted pardalote | Pardalotus quadragintus | Bird | Dejan Stojanovic | Population genetics | DArT | ||||||||||||||||||||
28 | Swift parrot | Lathamus discolor | Bird | Dejan Stojanovic | Reference Genome | HiFi | ||||||||||||||||||||
29 | Swift parrot | Lathamus discolor | Bird | Dejan Stojanovic | Transcriptome | Illumina | ||||||||||||||||||||
30 | Swift parrot | Lathamus discolor | Bird | Dejan Stojanovic | Population genetics | DArT | ||||||||||||||||||||
31 | Brown thornbill | Acanthiza pusilla | Bird | Ross Crates | Reference Genome | HiFi | ||||||||||||||||||||
32 | King Island brown thornbill | Acanthiza pusilla archibaldi | Bird | Ross Crates | Population genetics | ddRAD | ||||||||||||||||||||
33 | King Island brown thornbill | Acanthiza pusilla archibaldi | Bird | Ross Crates | Transcriptome | Illumina | ||||||||||||||||||||
34 | Capricorn yellow chat | Epthianura crocea macgregori | Bird | Wayne Houston | Population genomics | ddRAD | ||||||||||||||||||||
35 | Western ground parrot | Pezoporus flaviventris | Bird | Matyas Liptovszky / Leo Joseph | Reference genome | HiFi | ||||||||||||||||||||
36 | Western ground parrot | Pezoporus flaviventris | Bird | Matyas Liptovszky / Leo Joseph | Transcriptome | Illumina | ||||||||||||||||||||
37 | Western ground parrot | Pezoporus flaviventris | Bird | Matyas Liptovszky / Leo Joseph | Resequencing | Illumina | ||||||||||||||||||||
38 | Western ground parrot | Pezoporus flaviventris | Bird | Matyas Liptovszky / Leo Joseph | Population genomics | ddRAD | ||||||||||||||||||||
39 | Western ground parrot | Pezoporus flaviventris | Bird | Matyas Liptovszky / Leo Joseph | SNP multiplex | SNP multiplex | ||||||||||||||||||||
40 | Black-eared miner | Manorina melatonis | Bird | Katherine Harrisson | Reference genome | HiFi | ||||||||||||||||||||
41 | Hooded plover eastern | thinornis cucullatus | Bird | Grainne Maguire | Reference Genome | HiFi | ||||||||||||||||||||
42 | Hooded plover eastern | thinornis cucullatus | Bird | Grainne Maguire | Transcriptome | Illumina | ||||||||||||||||||||
43 | Hooded plover eastern | thinornis cucullatus | Bird | Grainne Maguire | Population genomics | DArT | ||||||||||||||||||||
44 | Little penguin | Eudyptula minor | Bird | Jo Day | Reference genome | HiFi | ||||||||||||||||||||
45 | Little penguin | Eudyptula minor | Bird | Jo Day | Population genomics | DArT | ||||||||||||||||||||
46 | Regent honeyeater | Anthochaera phrygia | Bird | Jo Day | Reference Genome | HiFi | ||||||||||||||||||||
47 | Regent honeyeater | Anthochaera phrygia | Bird | Jo Day | Transcriptome | Illumina | ||||||||||||||||||||
48 | Regent honeyeater | Anthochaera phrygia | Bird | Jo Day | Population genomics | ddRAD | ||||||||||||||||||||
49 | Night parrot | Pezoporus occidentalis | Bird | Jeremy Austin, Leo Joseph | Resequencing | Illumina | ||||||||||||||||||||
50 | Orange-bellied parrot | Neophema chrysogaster | Bird | Carolyn Hogg | Reference Genome | HiC | ||||||||||||||||||||
51 | Murray crayfish | Euastacus armatus | Crustacean | Chris Austin | Reference Genome | HiFi | ||||||||||||||||||||
52 | Murray crayfish | Euastacus armatus | Crustacean | Chris Austin | Resequencing | Illumina | ||||||||||||||||||||
53 | Hairy marron | Cherax tenuimanus | Crustacean | Kym Ottewell | Reference Genome | HiFi | ||||||||||||||||||||
54 | Swan galaxias | Galaxias fontanus | Fish | Bruce Deagle | Population genetics | ddRAD | ||||||||||||||||||||
55 | Swan galaxias | Galaxias fontanus | Fish | Bruce Deagle | Reference Genome | HiFi | ||||||||||||||||||||
56 | Swan galaxias | Galaxias fontanus | Fish | Bruce Deagle | Transcriptome | Illumina | ||||||||||||||||||||
57 | Clarence galaxiid | Galaxias johnstoni | Fish | Chris Burridge | Population genetics | ddRAD | ||||||||||||||||||||
58 | East Gippland Galaxias | Galaxias aequippinis | Fish | Matthew McGee | Reference Genome | HiFi | ||||||||||||||||||||
59 | McDowall's Galaxias | Galaxias mcdowalli | Fish | Matthew McGee | Reference Genome | HiFi | ||||||||||||||||||||
60 | Galaxias "Yalmy" | Galaxias sp. 14 'Yalmy' | Fish | Matthew McGee | Reference Genome | HiFi | ||||||||||||||||||||
61 | Shaw Galaxias | Galaxias gunaikurnai | Fish | Matthew McGee | Reference Genome | HiFi | ||||||||||||||||||||
62 | Tapered Galaxias | Galaxias lanceolatus | Fish | Matthew McGee | Reference Genome | HiFi | ||||||||||||||||||||
63 | West Gippsland Galaxias | Galaxias longifundus | Fish | Matthew McGee | Reference Genome | HiFi | ||||||||||||||||||||
64 | Maugean Skate | Zearaja maugeana | Fish | Jayson Semmens | Reference genome | HiFi | ||||||||||||||||||||
65 | Maugean Skate | Zearaja maugeana | Fish | Jayson Semmens | Transcriptome | Illumina | ||||||||||||||||||||
66 | Maugean Skate | Zearaja maugeana | Fish | Jayson Semmens | Resequencing | Illumina | ||||||||||||||||||||
67 | Maugean Skate | Zearaja maugeana | Fish | Jayson Semmens | Population genomics | DArT | ||||||||||||||||||||
68 | Pedder Galaxias (TAS) | Galaxias pedderensis and Galaxias brevipinnis | Fish | Chris Burridge | Population genomics | ddRAD | ||||||||||||||||||||
69 | Stocky Galaxias | Galaxias tantangara | Fish | Sam Davis | Population genomics | DArT | ||||||||||||||||||||
70 | Stocky Galaxias | Galaxias tantangara | Fish | Sam Davis | Reference genome | HiFi | ||||||||||||||||||||
71 | White’s Seahorse | Hippocampus whitei | Fish | Michael Stat | Population genomics | ddRAD | ||||||||||||||||||||
72 | Murray hardyhead | Craterocephalus fluviatilis | Fish | Luciano Beheregaray | Population genomics | ddRAD | ||||||||||||||||||||
73 | Yarra Pygmy Perch | Nannoperca obscura | Fish | Luciano Beheregaray | Reference genome | HiFi | ||||||||||||||||||||
74 | Yarra Pygmy Perch | Nannoperca obscura | Fish | Luciano Beheregaray | Transcriptome | Illumina | ||||||||||||||||||||
75 | Grey Nurse Shark | Carcharias taurus | Fish | Pierre Feutry | Reference genome | HiFi | ||||||||||||||||||||
76 | Western barred bandicoot | Perameles bougainville | Mammal | Kate Farquharson | Population genetics | ddRAD | ||||||||||||||||||||
77 | Western barred bandicoot | Perameles bougainville | Mammal | Kate Farquharson | Transcriptome | Illumina | ||||||||||||||||||||
78 | Hastings river mouse | Pseudomys oralis | Mammal | Kevin Rowe | Population genetics | ddRAD | ||||||||||||||||||||
79 | Ghost bat | Macroderma gigas | Mammal | Kym Ottewell | SNP multiplex | SNP multiplex | ||||||||||||||||||||
80 | Ghost bat | Macroderma gigas | Mammal | Kym Ottewell | Reference Genome | HiFi | ||||||||||||||||||||
81 | Ghost bat | Macroderma gigas | Mammal | Kym Ottewell | Transcriptome | Illumina | ||||||||||||||||||||
82 | Eastern barred bandicoot | Perameles gunnii | Mammal | Andrew Weeks | Population genetics | ddRAD | ||||||||||||||||||||
83 | Eastern barred bandicoot | Perameles gunnii | Mammal | Andrew Weeks | Transcriptome | Illumina | ||||||||||||||||||||
84 | Eastern barred bandicoot | Perameles gunnii | Mammal | Andrew Weeks | Reference Genome | HiFi | ||||||||||||||||||||
85 | Eastern chestnut mouse | Pseudomys gracilicaudatus | Mammal | Adrian Manning | Population genetics | ddRAD | ||||||||||||||||||||
86 | Dibbler | Parantechinus apicalis | Mammal | Saul Cowen | Resequencing | Illumina | ||||||||||||||||||||
87 | Western ringtail possum | Pseudocheirus occidentalis | Mammal | Sean Buckley | Population genomics | DArT | ||||||||||||||||||||
88 | Greater stick-nest rat | Leporillus conditor | Mammal | Jennifer Pierson | SNP multiplex | SNP multiplex | ||||||||||||||||||||
89 | New Holland mouse | Pseudomys novaehollandiae | Mammal | Carolyn Hogg | Population genomics | DArT | ||||||||||||||||||||
90 | Smoky Mouse | Pseudomys fumeus | Mammal | Carolyn Hogg | Population genomics | DArT | ||||||||||||||||||||
91 | Dugong | Dugong dugong | Mammal | Carolyn Hogg | Reference Genome | HiFi | ||||||||||||||||||||
92 | Dugong | Dugong dugong | Mammal | Carolyn Hogg | Reference Genome | HiC | ||||||||||||||||||||
93 | Dugong | Dugong dugong | Mammal | Carolyn Hogg | Reference Genome | Illumina | ||||||||||||||||||||
94 | Hairy nose wombat | Lasiorhinus krefftii | Mammal | Jeremy Austin | Reference Genome | HiFi | ||||||||||||||||||||
95 | Little bent-wing bat | Miniopterus australis | Mammal | Carolyn Hogg | Population genomics | ddRAD | ||||||||||||||||||||
96 | Chuditch | Dasyurus geoffroii | Marsupial | Jenny Pierson | Population genetics | ddRAD | ||||||||||||||||||||
97 | Squirrel glider | Petaurus norfolcensis | Marsupial | Veronica Groat | Reference Genome | HiFi | ||||||||||||||||||||
98 | Squirrel glider | Petaurus norfolcensis | Marsupial | Veronica Groat | Population genetics | ddRAD | ||||||||||||||||||||
99 | Julia creek Dunnart | Sminthopsis douglasi | Marsupial | Peter Prentis | Population genomics | ddRAD | ||||||||||||||||||||
100 | Brush-tailed rock-wallaby | Petrogale penicillata | Marsupial | Carolyn Hogg | Population genomics | DArT |