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1 | Green space exposure and blood DNA methylation at birth and in childhood – A multi-cohort study READMEfile | |||||||||||||||||||||||||
2 | NOTE: In the manuscript the effect sizes and standard errors (SE) were multiplied by 100 representing % of DNA methylation change per interquartile range increase in residential surrounding greenness indicators (NDVI 100 m, NDVI 300 m) and % of DNA methylation change between categories of residential proximity to green space (Green proximity). These was not done in these supplemental tables. | |||||||||||||||||||||||||
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4 | Model | File | Description | |||||||||||||||||||||||
5 | Main model | MAresults_NDVI100preg_Main | NDVI 100 m during pregnancy genome-wide DNA methylation summarized results (Main) | |||||||||||||||||||||||
6 | Sensitivity 1 (adj PM2.5) | MAresults_NDVI100preg_Sensitivity1 | NDVI 100 m during pregnancy genome-wide DNA methylation summarized results (Sensitivity 1) | |||||||||||||||||||||||
7 | Sensitivity 2 (without adj cell types) | MAresults_NDVI100preg_Sensitivity2 | NDVI 100 m during pregnancy genome-wide DNA methylation summarized results (Sensitivity 2) | |||||||||||||||||||||||
8 | Main model | MAresults_NDVI300preg_Main | NDVI 100 m during pregnancy genome-wide DNA methylation summarized results (Main) | |||||||||||||||||||||||
9 | Sensitivity 1 (adj PM2.5) | MAresults_NDVI300preg_Sensitivity1 | NDVI 100 m during pregnancy genome-wide DNA methylation summarized results (Sensitivity 1) | |||||||||||||||||||||||
10 | Sensitivity 2 (without adj cell types) | MAresults_NDVI300preg_Sensitivity2 | NDVI 100 m during pregnancy genome-wide DNA methylation summarized results (Sensitivity 2) | |||||||||||||||||||||||
11 | Main model | MAresults_GSProximity_preg_Main | GSProximity during pregnancy genome-wide DNA methylation summarized results (Main) | |||||||||||||||||||||||
12 | Sensitivity 1 (adj PM2.5) | MAresults_GSProximity_Sensitivity1 | GSProximity during pregnancy genome-wide DNA methylation summarized results (Sensitivity 1) | |||||||||||||||||||||||
13 | Sensitivity 2 (without adj cell types) | MAresults_GSProximity_Sensitivity2 | GSProximity during pregnancy genome-wide DNA methylation summarized results (Sensitivity 2) | |||||||||||||||||||||||
14 | Main model | MAresults_NDVI100cum_Main | NDVI 100 m cumulative genome-wide DNA methylation summarized results (Main) | |||||||||||||||||||||||
15 | Sensitivity 1 (adj PM2.5) | MAresults_NDVI100cum_Sensitivity1 | NDVI 100 m cumulative genome-wide DNA methylation summarized results (Sensitivity 1) | |||||||||||||||||||||||
16 | Sensitivity 2 (without adj cell types) | MAresults_NDVI100cum_Sensitivity2 | NDVI 100 m cumulative genome-wide DNA methylation summarized results (Sensitivity 2) | |||||||||||||||||||||||
17 | Main model | MAresults_NDVI300cum_Main | NDVI 100 m cumulative genome-wide DNA methylation summarized results (Main) | |||||||||||||||||||||||
18 | Sensitivity 1 (adj PM2.5) | MAresults_NDVI300cum_Sensitivity1 | NDVI 100 m cumulative genome-wide DNA methylation summarized results (Sensitivity 1) | |||||||||||||||||||||||
19 | Sensitivity 2 (without adj cell types) | MAresults_NDVI300cum_Sensitivity2 | NDVI 100 m cumulative genome-wide DNA methylation summarized results (Sensitivity 2) | |||||||||||||||||||||||
20 | headers | Definition | ||||||||||||||||||||||||
21 | CpGId | CpG name | ||||||||||||||||||||||||
22 | chr | Chromosome | ||||||||||||||||||||||||
23 | pos | Position refers to Genome Research Consortium human genome build 37 (GRCh37)/UCSC human genome 19 (hg19) | ||||||||||||||||||||||||
24 | n_studies | Number of studies included in the MA | ||||||||||||||||||||||||
25 | n_samples | Number of samples included in the MA | ||||||||||||||||||||||||
26 | beta | Effect size | ||||||||||||||||||||||||
27 | se | Standard error | ||||||||||||||||||||||||
28 | p.value | P-value | ||||||||||||||||||||||||
29 | i2 | Heterogeneity index across cohorts | ||||||||||||||||||||||||
30 | effects | Direction of the effects in the studies included in the MA | ||||||||||||||||||||||||
31 | FDR | False discovery rate | ||||||||||||||||||||||||
32 | UCSC_RefGene_Name | Annotated gene using the Illumina database | ||||||||||||||||||||||||
33 | ||||||||||||||||||||||||||
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