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1 | Designs picked out as pseudoknots by JR | Sequence | G-quad? | I-motif? | ID | Shows as pk in NuPACK | Shows as pk in EternaFoldThreshknot | |||||||||||||||||||
2 | 11333044_JR_RYOpseu#2HP_003_JR | GGGAACGACUCGAGUAGAGUCGAAAACAUUCGUACGCAACGAAGCGUACGUCAUUACGCAAAUGACGUAAAGCGUACUAUCUCUUCGGAGGUAGAAAAGAAACAACAACAACAAC | #N/A | #N/A | 11333044 | y | y | |||||||||||||||||||
3 | 11368818_U31_LLmulti1_ucad | GGGAACGACUCGAGUAGAGUCGAAAAGGUCAGGUGGCAGCACCACGACACUGGUCGCGGCGACCGAGCCGAACAGAGCGGGCGUUCGUGCUUGCAAAAGAAACAACAACAACAAC | #N/A | #N/A | 11368818 | y | y | |||||||||||||||||||
4 | 11381957_Pseudoknot-CCUGUUGCAU_IceBolt | GGGAACGACUCGAGUAGAGUCGAAAACAUAGUAUACCCUGUUGCAUGUAUACUAUGAUAUACCGUAAUGCAACGGACGGUGCGUUCGCGCAUCGAAAAGAAACAACAACAACAAC | #N/A | #N/A | 11381957 | y | n | |||||||||||||||||||
5 | 11382808_pseudoknor PKB133(mjt43rd)_mjt | GGGAACGACUCGAGUAGAGUCGAAAACGCUCAACUCAUGGAGCGCACGACGGAUCACCAUCGAUUCGACAUGAGAACACAGAGUUCGCUCUGUGAAAAGAAACAACAACAACAAC | #N/A | #N/A | 11382808 | y | y | |||||||||||||||||||
6 | 11382972_RLT-50 PKB 131_Rivalium | GGGAACGACUCGAGUAGAGUCGAAAACGCUCAACUCAUGGAGCGCAAGACGAAUAGCUACAUAUUCGACAUGAGAACAUCCUGUUCGCAGGAUGAAAAGAAACAACAACAACAAC | #N/A | #N/A | 11382972 | y | n | |||||||||||||||||||
7 | 11385432_Ruminococcaceae bacterium D16 Streptococcus sRNA SpF59 (ldcC RNA)_Eli Fisker | GGGAACGACUCGAGUAGAGUCGAAAAGGACCACUCCUGCGGGAGUUAAGGCCAUACGGACAGCCGGGUCCACUGCCGACGAUCUUCGGAUUGUCAAAAGAAACAACAACAACAAC | GGGAGUUAAGGCCAUACGGACAGCCGGG | #N/A | 11385432 | y | n | |||||||||||||||||||
8 | 11385436_unclassified sequences Streptococcus sRNA SpF59 (ldcC RNA)_Eli Fisker | GGGAACGACUCGAGUAGAGUCGAAAAGGACCGCCCUUUUGGGCUAAGGCCAUACGGACAGCCGGGUCCACUGCCGAGUCGAUCUUCGGAUUGACAAAAGAAACAACAACAACAAC | GGGCUAAGGCCAUACGGACAGCCGGG | #N/A | 11385436 | y | n | |||||||||||||||||||
9 | 11385443_Clostridiales bacterium 44_9 Streptococcus sRNA SpF59 (ldcC RNA)_Eli Fisker | GGGAACGACUCGAGUAGAGUCGAAAAGGACUACCCGUCAGGGUUAAGGCCAUACGGACAGCCGGGUCCACUGCCGAGACUAACUUCGGUUGGUCAAAAGAAACAACAACAACAAC | GGGUUAAGGCCAUACGGACAGCCGGG | #N/A | 11385443 | y | y | |||||||||||||||||||
10 | 11385445_Ruminococcus obeum CAG_39 Streptococcus sRNA SpF59 (ldcC RNA)_Eli Fisker | GGGAACGACUCGAGUAGAGUCGAAAAGGACUACCCGUCAGGGUUAAGGCCAUACGGACAGCCGGGUCCACUGCCGAGUCUAUCUUCGGAUGGACAAAAGAAACAACAACAACAAC | GGGUUAAGGCCAUACGGACAGCCGGG | #N/A | 11385445 | y | n | |||||||||||||||||||
11 | 11413764_PSeudoknot paied nucleotide_Trentis1 | GGGAACGACUCGAGUAGAGUCGAAAAAGCAACGACUAGGACCGGCGAGACAAAGGACCGAUAGCUAAUCGUAACGACAAGCGGUUCGUUGCUUGAAAAGAAACAACAACAACAAC | #N/A | #N/A | 11413764 | y | y | |||||||||||||||||||
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