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1 | Assay | Target | Primer | sequence | Flour/quencher | Genome position | Amplicon size | Source | Notes | ||||||||||||||||||
2 | China CDC | nsp10 | CCDC-ORF1-Fwd | CCCTGTGGGTTTTACACTTAA | 13342 | 119 | http://ivdc.chinacdc.cn/kyjz/202001/t20200121_211337.html | ||||||||||||||||||||
3 | CCDC-ORF1-Rev | ACGATTGTGCATCAGCTGA | 13442 | ||||||||||||||||||||||||
4 | CCDC-ORF1-Probe | CCGTCTGCGGTATGTGGAAAGGTTATGG | FAM/BHQ1 | 13377 | |||||||||||||||||||||||
5 | China CDC | N | CCDC-N-Fwd | GGGGAACTTCTCCTGCTAGAAT | 28881 | 99 | |||||||||||||||||||||
6 | CCDC-N-Rev | CAGACATTTTGCTCTCAAGCTG | 28958 | ||||||||||||||||||||||||
7 | CCDC-N-Probe | TTGCTGCTGCTTGACAGATT | FAM/BHQ1 | 28934 | assay uses TAMRA quencher | ||||||||||||||||||||||
8 | Hong Kong | nsp14 | HKU-ORF1-Fwd | TGGGGYTTTACRGGTAACCT | 18778 | 132 | https://academic.oup.com/clinchem/advance-article/doi/10.1093/clinchem/hvaa029/5719336 | reverse transcription at 50°C for 5 min, inactivation of reverse transcriptase at 95°C for 20 s, 40 cycles of PCR amplification (Denaturing at 95°C for 5 s; Annealing/Extending at 60°C for 30 s). | |||||||||||||||||||
9 | HKU-ORF1-Rev | AACRCGCTTAACAAAGCACTC | 18889 | ||||||||||||||||||||||||
10 | HKU-ORF1-Probe | TAGTTGTGATGCWATCATGACTAG | FAM/BHQ1 | 18849 | assay uses IBFQ quencher | ||||||||||||||||||||||
11 | Hong Kong | N | HKU-N-Fwd | TAATCAGACAAGGAACTGATTA | 29145 | 110 | |||||||||||||||||||||
12 | HKU-N-Rev | CGAAGGTGTGACTTCCATG | 29236 | ||||||||||||||||||||||||
13 | HKU-N-Probe | GCAAATTGTGCAATTTGCGG | FAM/BHQ1 | 29177 | assay uses IBFQ quencher | ||||||||||||||||||||||
14 | Berlin | RdRp | Berlin_RdRp_SARSr-F | GTGARATGGTCATGTGTGGCGG | 15431 | 100 | https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045 | ||||||||||||||||||||
15 | Berlin_RdRp_SARSr-R | CARATGTTAAASACACTATTAGCATA | 15505 | ||||||||||||||||||||||||
16 | Berlin_RdRp_SARSr-P2 | CAGGTGGAACCTCATCAGGAGATGC | FAM/BHQ1 | 15470 | assay uses BBQ quencher | ||||||||||||||||||||||
17 | Berlin_RdRp_SARSr-P1 | CCAGGTGGWACRTCATCMGGTGATGC | FAM/BHQ1 | ||||||||||||||||||||||||
18 | Berlin | E | Berlin_E_Sarbeco_F | ACAGGTACGTTAATAGTTAATAGCGT | 26269 | 113 | |||||||||||||||||||||
19 | Berlin_E_Sarbeco_R | ATATTGCAGCAGTACGCACACA | 26360 | ||||||||||||||||||||||||
20 | Berlin_E_Sarbeco_P1 | ACACTAGCCATCCTTACTGCGCTTCG | FAM/BHQ1 | 26332 | assay uses BBQ quencher | ||||||||||||||||||||||
21 | US CDC | N | CDC_2019-nCoV_N1-F | GAC CCC AAA ATC AGC GAA AT | 28287 | 72 | |||||||||||||||||||||
22 | CDC_2019-nCoV_N1-R | TCT GGT TAC TGC CAG TTG AAT CTG | 28335 | ||||||||||||||||||||||||
23 | CDC_2019-nCoV_N1-P | ACC CCG CAT TAC GTT TGG TGG ACC | FAM/BHQ1 | 28309 | |||||||||||||||||||||||
24 | US CDC | N | CDC_2019-nCoV_N2-F | TTA CAA ACA TTG GCC GCA AA | 29164 | 67 | |||||||||||||||||||||
25 | CDC_2019-nCoV_N2-R | GCG CGA CAT TCC GAA GAA | 29213 | ||||||||||||||||||||||||
26 | CDC_2019-nCoV_N2-P | ACA ATT TGC CCC CAG CGC TTC AG | FAM/BHQ1 | 29188 | |||||||||||||||||||||||
27 | US CDC | N | CDC_2019-nCoV_N3-F | GGG AGC CTT GAA TAC ACC AAA A | 28681 | 72 | |||||||||||||||||||||
28 | CDC_2019-nCoV_N3-R | TGT AGC ACG ATT GCA GCA TTG | 28732 | ||||||||||||||||||||||||
29 | CDC_2019-nCoV_N3-P | AYC ACA TTG GCA CCC GCA ATC CTG | FAM/BHQ1 | 28704 | |||||||||||||||||||||||
30 | US CDC | Human RNase P | CDC_RP-F | AGA TTT GGA CCT GCG AGC G | Sample control | ||||||||||||||||||||||
31 | CDC_RP-R | GAG CGG CTG TCT CCA CAA GT | |||||||||||||||||||||||||
32 | CDC_RP-P | TTC TGA CCT GAA GGC TCT GCG CG | FAM/BHQ1 | ||||||||||||||||||||||||
33 | YSPH | N | N-Std-T7-Fwd | TAATACGACTCACTATAGGGGAATTGTGCGTGGATGAGGC | 28068 | 1363 | unpublished | RNA standard | |||||||||||||||||||
34 | N-Std-Rev | TGTCTCTGCGGTAAGGCTTG | 29411 | ||||||||||||||||||||||||
35 | YSPH | E | E-Std-T7-Fwd | TAATACGACTCACTATAGGGGCGTGCCTTTGTAAGCACAA | 26207 | 808 | unpublished | RNA standard | |||||||||||||||||||
36 | E-Std-Rev | GGCAGGTCCTTGATGTCACA | 27016 | ||||||||||||||||||||||||
37 | YSPH | nsp14 | nsp14-Std-T7-Fwd | TAATACGACTCACTATAGGGTAGTGCTAAACCACCGCCTG | 18447 | 848 | unpublished | RNA standard | |||||||||||||||||||
38 | nsp14-Std-Rev | AACTGCCACCATCACAACCA | 19275 | ||||||||||||||||||||||||
39 | YSPH | RdRp | RdRp-Std-T7-Fwd | TAATACGACTCACTATAGGGAATAGAGCTCGCACCGTAGC | 15094 | 883 | unpublished | RNA standard | |||||||||||||||||||
40 | RdRp-Std-Rev | CATCTACAAAACAGCCGGCC | 15957 | ||||||||||||||||||||||||
41 | YSPH | nsp10 | nsp10-Std-T7-Fwd | TAATACGACTCACTATAGGGGTGGGGGACAACCAATCACT | 13122 | 704 | unpublished | RNA standard | |||||||||||||||||||
42 | nsp10-Std-Rev | AGACGAGGTCTGCCATTGTG | 13806 | ||||||||||||||||||||||||
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