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1 | About: This spredsheet provides a tabular overview of the data/metadata that is requested as part of a submission of viral genome data to GISAID’s EpiCoV and to EBML-EBI’s ENA. It also includes a mapping from the structure required for submissions to EpiCoV to the structure required for ENA. The dictionary is a consolidation of dispersed parts of documentation and guides from GISAID/EMBL-EBI. The mapping was initially based entirely on a mapping done by PHA4GE to ENA and to GISAID with a few extensions, it was cross-checked against similar mappings made by the Swiss and Norwegian ELIXIR nodes. | |||||||||||||||||||||||||
2 | Column title | Definition | ||||||||||||||||||||||||
3 | Variable group | If the variables are organised into groups, this column contains a name for the group | ||||||||||||||||||||||||
4 | Variable | The term used to refer to this property of the sequence. Note, the value for a single property can sometimes be encoded in several parts, such as a geographic location being encoded by municipality name, geograpical coordinates and country/county name. In this case you may want to diffrentiate those parts by using different Variables name as described below. | ||||||||||||||||||||||||
5 | Variable name (format) | The pointer to a field that encodes this variable in a given format. E.g., the column titles in a CSV file or XPath to an XML element | ||||||||||||||||||||||||
6 | Variable status | The degree to which the variable name can be expected to be present in a valid record. Acceptable values are: Mandatory, recommended or optional | ||||||||||||||||||||||||
7 | Access | The degree to which this variable can be shared. Acceptable values are: unrestricted, pseudonomized, masked, restricted | ||||||||||||||||||||||||
8 | Definition | A short description of what property of the sequence the variable represents. | ||||||||||||||||||||||||
9 | Allowed values | A description on what values are acceptable, such as numbers, dates, ranges, items from a given list, identifiers from a given authority etc. | ||||||||||||||||||||||||
10 | Allowed value syntax | The standards or patterns that the value entered in the field must conform to | ||||||||||||||||||||||||
11 | Description | Additional information, examples and references that can be helpful in undertanding the definition and alllowed values for the variable | ||||||||||||||||||||||||
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