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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | Calculating quantities of cleaned, indexed PCR to pool | AG notes: Changed calculations to follow formula below | ||||||||||||||||||||||||
2 | Automatically add in 113 bp in calculation. | |||||||||||||||||||||||||
3 | Please follow the instructions below. Only cells highlighted in blue need to be modified. | |||||||||||||||||||||||||
4 | ||||||||||||||||||||||||||
5 | 1. Modify the following values as needed: | |||||||||||||||||||||||||
6 | ||||||||||||||||||||||||||
7 | Final volume desired | 200 | uL | |||||||||||||||||||||||
8 | ||||||||||||||||||||||||||
9 | Desired concentration of pool | 40 | nM | |||||||||||||||||||||||
10 | ||||||||||||||||||||||||||
11 | Number of samples | 73 | ||||||||||||||||||||||||
12 | ||||||||||||||||||||||||||
13 | Length of indexing adapter | 113 | base pairs | Cells are protected | ||||||||||||||||||||||
14 | ||||||||||||||||||||||||||
15 | 2. Input the concentration of the library preparation (in ng/uL) in column B. | |||||||||||||||||||||||||
16 | ||||||||||||||||||||||||||
17 | 3. Input the average size of the library preparation in base pairs in Column C (do not include length of index adapters) | |||||||||||||||||||||||||
18 | ||||||||||||||||||||||||||
19 | 4. Hit the tab key 1 time and the following will be displayed automatically: | |||||||||||||||||||||||||
20 | Calculated molecular weight of the library based on average fragment size. | |||||||||||||||||||||||||
21 | nM conversion of library concentration. | |||||||||||||||||||||||||
22 | Amount of samples that must be added to pool. | |||||||||||||||||||||||||
23 | Total expected volume from pooled samples. | |||||||||||||||||||||||||
24 | Volume of water that must be added to pooled samples to reach the desired final volume. | |||||||||||||||||||||||||
25 | ||||||||||||||||||||||||||
26 | 5. Pay attention to the cells highlighted in green- they provide the quantities of samples and water you need to reach your desired volume | |||||||||||||||||||||||||
27 | ||||||||||||||||||||||||||
28 | Total Sample Volume: | Please make sure you enter all values correctly | ||||||||||||||||||||||||
29 | ||||||||||||||||||||||||||
30 | Add water volume: | |||||||||||||||||||||||||
31 | ||||||||||||||||||||||||||
32 | ||||||||||||||||||||||||||
33 | Sample | Library concentration (ng/uL) | Average Base Pair Length | MW calculation | Library Concentration (nM) | Amount of sample to add to pool | ||||||||||||||||||||
34 | Example | 2 | 422 | 278633 | 7.18 | 15.27 | 7.18 | 0.9995944486 | ||||||||||||||||||
35 | 1 | 3 | 422 | 278633 | 10.77 | 10.18 | 10.77 | 0.9995944486 | ||||||||||||||||||
36 | 2 | 3 | 422 | 278633 | 10.77 | 10.18 | 10.77 | 0.9995944486 | ||||||||||||||||||
37 | 3 | 50 | 422 | 278633 | 179.45 | 0.61 | 179.52 | 0.9995944486 | ||||||||||||||||||
38 | 4 | 20 | 422 | 278633 | 71.78 | 1.53 | 71.81 | 0.9995944486 | ||||||||||||||||||
39 | 5 | 3 | 422 | 278633 | 10.77 | 10.18 | 10.77 | |||||||||||||||||||
40 | 6 | 422 | 278633 | 0.00 | #DIV/0! | |||||||||||||||||||||
41 | 7 | 422 | 278633 | 0.00 | #DIV/0! | |||||||||||||||||||||
42 | 8 | 422 | 278633 | 0 | #DIV/0! | |||||||||||||||||||||
43 | 9 | 422 | 278633 | 0 | #DIV/0! | |||||||||||||||||||||
44 | 10 | 422 | 278633 | 0 | #DIV/0! | |||||||||||||||||||||
45 | 11 | 422 | 278633 | 0 | #DIV/0! | |||||||||||||||||||||
46 | 12 | 422 | 278633 | 0 | #DIV/0! | |||||||||||||||||||||
47 | 13 | 422 | 278633 | 0 | #DIV/0! | |||||||||||||||||||||
48 | 14 | 422 | 278633 | 0 | #DIV/0! | |||||||||||||||||||||
49 | 15 | 422 | 278633 | 0 | #DIV/0! | |||||||||||||||||||||
50 | 16 | 422 | 278633 | 0 | #DIV/0! | |||||||||||||||||||||
51 | 17 | 422 | 278633 | 0 | #DIV/0! | |||||||||||||||||||||
52 | 18 | 422 | 278633 | 0 | #DIV/0! | |||||||||||||||||||||
53 | 19 | 422 | 278633 | 0 | #DIV/0! | |||||||||||||||||||||
54 | 20 | 422 | 278633 | 0 | #DIV/0! | |||||||||||||||||||||
55 | 21 | 422 | 278633 | 0 | #DIV/0! | |||||||||||||||||||||
56 | 22 | 422 | 278633 | 0 | #DIV/0! | |||||||||||||||||||||
57 | 23 | 422 | 278633 | 0 | #DIV/0! | |||||||||||||||||||||
58 | 24 | 422 | 278633 | 0 | #DIV/0! | |||||||||||||||||||||
59 | 25 | 422 | 278633 | 0 | #DIV/0! | |||||||||||||||||||||
60 | 26 | 422 | 278633 | 0 | #DIV/0! | |||||||||||||||||||||
61 | 27 | 422 | 278633 | 0 | #DIV/0! | |||||||||||||||||||||
62 | 28 | 422 | 278633 | 0 | #DIV/0! | |||||||||||||||||||||
63 | 29 | 422 | 278633 | 0 | #DIV/0! | |||||||||||||||||||||
64 | 30 | 422 | 278633 | 0 | #DIV/0! | |||||||||||||||||||||
65 | 31 | 422 | 278633 | 0 | #DIV/0! | |||||||||||||||||||||
66 | 32 | 422 | 278633 | 0 | #DIV/0! | |||||||||||||||||||||
67 | 33 | 422 | 278633 | 0 | #DIV/0! | |||||||||||||||||||||
68 | 34 | 422 | 278633 | 0 | #DIV/0! | |||||||||||||||||||||
69 | 35 | 422 | 278633 | 0 | #DIV/0! | |||||||||||||||||||||
70 | 36 | 422 | 278633 | 0 | #DIV/0! | |||||||||||||||||||||
71 | 37 | 422 | 278633 | 0 | #DIV/0! | |||||||||||||||||||||
72 | 38 | 422 | 278633 | 0 | #DIV/0! | |||||||||||||||||||||
73 | 39 | 422 | 278633 | 0 | #DIV/0! | |||||||||||||||||||||
74 | 40 | 113 | 0 | #DIV/0! | ||||||||||||||||||||||
75 | 41 | 113 | 0 | #DIV/0! | ||||||||||||||||||||||
76 | 42 | 113 | 0 | #DIV/0! | ||||||||||||||||||||||
77 | 43 | 113 | 0 | #DIV/0! | ||||||||||||||||||||||
78 | 44 | 113 | 0 | #DIV/0! | ||||||||||||||||||||||
79 | 45 | 113 | 0 | #DIV/0! | ||||||||||||||||||||||
80 | 46 | 113 | 0 | #DIV/0! | ||||||||||||||||||||||
81 | 47 | 113 | 0 | #DIV/0! | ||||||||||||||||||||||
82 | 48 | 113 | 0 | #DIV/0! | ||||||||||||||||||||||
83 | 49 | 113 | 0 | #DIV/0! | ||||||||||||||||||||||
84 | 50 | 113 | 0 | #DIV/0! | ||||||||||||||||||||||
85 | 51 | 113 | 0 | #DIV/0! | ||||||||||||||||||||||
86 | 52 | 113 | 0 | #DIV/0! | ||||||||||||||||||||||
87 | 53 | 113 | 0 | #DIV/0! | ||||||||||||||||||||||
88 | 54 | 113 | 0 | #DIV/0! | ||||||||||||||||||||||
89 | 55 | 113 | 0 | #DIV/0! | ||||||||||||||||||||||
90 | 56 | 113 | 0 | #DIV/0! | ||||||||||||||||||||||
91 | 57 | 113 | 0 | #DIV/0! | ||||||||||||||||||||||
92 | 58 | 113 | 0 | #DIV/0! | ||||||||||||||||||||||
93 | 59 | 113 | 0 | #DIV/0! | ||||||||||||||||||||||
94 | 60 | 113 | 0 | #DIV/0! | ||||||||||||||||||||||
95 | ||||||||||||||||||||||||||
96 | ||||||||||||||||||||||||||
97 | ||||||||||||||||||||||||||
98 | ||||||||||||||||||||||||||
99 | ||||||||||||||||||||||||||
100 | ||||||||||||||||||||||||||