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1 | Year | Organism | Data type | GSE | Treatment | From | To | Time points, days (entries are number of replica per point) | Comment | |||||||||||||||||||||||||||||||
2 | 0 | 3h | 6h | 12h | 1 | 36h | 2 | 60h | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 28 | 35 | 42 | 49 | |||||||||
3 | 2015 | Mouse | microarray | GSE67462 | OSKM | MEF | iPSC | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | Remove Dox at day 15; | ||||||||||||||||||||||||
4 | 2014 | Mouse | microarray | GSE38509 | OSKM | MEF | iPSC | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||
5 | 2014 | Mouse | microarray | GSE38509 | OSK | MEF | iPSC | 2 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
6 | 2014 | Mouse | microarray | GSE38509 | GFP (control) | MEF | - | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||
7 | 2019 | Mouse | microarray | GSE116309 | OK+9MS mCherry+ | MEF | iPSC | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||
8 | 2019 | Mouse | microarray | GSE116309 | OKMS mCherry+ | MEF | iPSC | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||
9 | 2013 | Mouse | microarray | GSE46321 | C/EBPα+ OSKM | B-cells | iPSC | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 18 h pulse of C/EBPα expression in B cells followed by OSKM activation (pre-treated or not with estradiol) | |||||||||||||||||||||||
10 | 2013 | Mouse | microarray | GSE46321 | C/EBPα- OSKM | B-cells | iPSC | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | ||||||||||||||||||||||||
11 | 2008 | Mouse | microarray | GSE10871 | OSKM | MEF | iPSC | 2 | 2 | 2 | 2 | |||||||||||||||||||||||||||||
12 | 2010 | Mouse | microarray | GSE21757 | OKSM | MEF | iPSC | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||
13 | 2019 | Mouse | RNA-seq | GSE103979 | Oct4+SK | MEF | iPSC | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | ||||||||||||||||||||||||||||
14 | 2019 | Mouse | RNA-seq | GSE103979 | Oct6+SK | MEF | iPSC | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | ||||||||||||||||||||||||||||
15 | 2019 | Mouse | RNA-seq | GSE103979 | Oct4+defSox+K | MEF | iPSC | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | def = Mutant Sox2 | |||||||||||||||||||||||||||
16 | 2019 | Mouse | RNA-seq | GSE103979 | GFP+SK (control) | MEF | - | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | ||||||||||||||||||||||||||||
17 | 2019 | Mouse | RNA-seq | GSE127927 | 7F-Esrrb | MEF | iPSC | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | Special 7 factors. Minus sign in title means dropout one factor (7-1=6) from the analysis. GFP control without 0 points. Expected counts data were obtained with EDAseq. Data were RLE normalized. | |||||||||||||||||||||||||||
18 | 2019 | Mouse | RNA-seq | GSE127927 | 7F-Glis1 | MEF | iPSC | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
19 | 2019 | Mouse | RNA-seq | GSE127927 | 7F-Jdp2 | MEF | iPSC | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
20 | 2019 | Mouse | RNA-seq | GSE127927 | 7F-Kdm2b | MEF | iPSC | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
21 | 2019 | Mouse | RNA-seq | GSE127927 | 7F-Mkk6 | MEF | iPSC | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
22 | 2019 | Mouse | RNA-seq | GSE127927 | 7F-Nanog | MEF | iPSC | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
23 | 2019 | Mouse | RNA-seq | GSE127927 | 7F-Sall4 | MEF | iPSC | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
24 | 2019 | Mouse | RNA-seq | GSE127927 | 7F | MEF | iPSC | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | ||||||||||||||||||||||||||||
25 | 2019 | Mouse | RNA-seq | GSE127927 | GFP (control) | MEF | - | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||
26 | 2019 | Mouse | microarray | GSE114581 | OSKM | MEF | iPSC | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | RNA was isolated from mESCs, miPSCs, control (naïve) MEFs and reprogrammable MEFs on day 0.5, 1, 1.5, 2, 2.5, 3, 6, 12, 18 of reprogramming. Additional RNA was isolated from mHeps at days 0, 3 and 6 of reprogramming. | ||||||||||||||||||||||
27 | 2019 | Mouse | microarray | GSE114581 | OSKM+DOX | MEF | iPSC | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||
28 | 2018 | Mouse | RNA-seq | GSE102348 | OSKM (Gatad2a-/-) | MEF | iPSC | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | FPKM data | ||||||||||||||||||||||
29 | 2018 | Mouse | RNA-seq | GSE102348 | OSKM (Mbd3f/-) | MEF | iPSC | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||
30 | 2018 | Mouse | RNA-seq | GSE102348 | OSKM (WT-1) | MEF | iPSC | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
31 | 2018 | Mouse | RNA-seq | GSE102348 | OSKM (WT-2) | MEF | iPSC | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
32 | 2017 | Human | microarray | GSE89455 | OSKM | HDF | iPSC | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | HDF - human dermal fibroblasts | |||||||||||||||||||||||||
33 | 2017 | Human | microarray | GSE89455 | OSKM | HAdMSC | iPSC | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | HAdMSC - human adipose derived from Mesenchymal stem cells | |||||||||||||||||||||||||
34 | 2017 | Human | microarray | GSE89455 | OSKM | HA | iPSC | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | HA - human astrocytes | |||||||||||||||||||||||||
35 | 2017 | Human | microarray | GSE89455 | OSKM | HBEC | iPSC | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | HBEC - Human Bronchial epithelium cells | |||||||||||||||||||||||||
36 | 2017 | Human | microarray | GSE89455 | OSKM | HPrEC | iPSC | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | HPrEC - Human Prostate epithelium cells | |||||||||||||||||||||||||
37 | 2014 | Human | microarray | GSE50206 | OSKM | HDF | iPSC | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | |||||||||||||||||||||||
38 | 2014 | Human | microarray | GSE50206 | OSKM | ASC | iPSC | 3 | 3 | 3 | 3 | 1 | 3 | Adipose derived stem cell line | ||||||||||||||||||||||||||
39 | 2014 | Human | microarray | GSE50206 | OSKM | HA | iPSC | 3 | 3 | 4 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | |||||||||||||||||||||||||
40 | 2014 | Human | microarray | GSE50206 | OSKM | NHBE | iPSC | 3 | 3 | 4 | 3 | 3 | 3 | NHBE - Normal human bronchial epithelium line | ||||||||||||||||||||||||||
41 | 2014 | Human | microarray | GSE50206 | OSKM | HPrEC | iPSC | 3 | 3 | 3 | 3 | 2 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||
42 | 2014 | Human | microarray | GSE54848 | OSKM | HDF | iPSC | 4 | 3 | 3 | 3 | 3 | 4 | 4 | 3 | 3 | 3 | |||||||||||||||||||||||
43 | 2011 | Human | microarray | GSE28688 | OSKM | HFF | iPSC | 2 | 2 | 2 | 2 | HFF - human foreskin fibroblasts | ||||||||||||||||||||||||||||
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