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1 | Summary stat output explantion | |||||||||||||||||||||||||
2 | https://github.com/Nealelab/UK_Biobank_GWAS/blob/master/README.md#summary-stat-output | |||||||||||||||||||||||||
3 | ||||||||||||||||||||||||||
4 | NOTE: Variants are listed in the form CHR:POS:REF:ALT, where the ALT allele is the effect allele in the model | |||||||||||||||||||||||||
5 | NOTE: The ALT allele is NOT always the minor allele, but the non-reference allele as stated in the UK Biobank ukb_mfi_chr*_v2.txt and our variants.tsv file | |||||||||||||||||||||||||
6 | ||||||||||||||||||||||||||
7 | QC-positive Sample ID list (ukb_sqc_v2.nealelab_UKBBqc_n377199.id.tsv.gz) | |||||||||||||||||||||||||
8 | Columns | Description | ||||||||||||||||||||||||
9 | ID_1 | Generic ID from ukb_sqc_v2.txt file | ||||||||||||||||||||||||
10 | ID_2 | Generic ID from ukb_sqc_v2.txt file | ||||||||||||||||||||||||
11 | Submitted.Plate.name | Plate Name from ukb_sqc_v2.txt file | ||||||||||||||||||||||||
12 | Submitted.Well | Well position ID from ukb_sqc_v2.txt file | ||||||||||||||||||||||||
13 | ||||||||||||||||||||||||||
14 | QC-positive SNP map file (variants.tsv) | |||||||||||||||||||||||||
15 | Columns | Description | ||||||||||||||||||||||||
16 | variant (hg19) [CHROM:POS:REF:ALT] | Variant position as [Chromosome : hg19 Position : reference allele : alternate allele] | ||||||||||||||||||||||||
17 | rsid | SNP rsID as provided by UK Biobank | ||||||||||||||||||||||||
18 | info | SNP INFO score as provided by UK Biobank | ||||||||||||||||||||||||
19 | AF | SNP alternate allele frequency (NOT always minor allele frequency) from 337,199 QC-positive samples | ||||||||||||||||||||||||
20 | pHWE | Hardy-Weinberg p-value from 337,199 QC-positive samples | ||||||||||||||||||||||||
21 | callRate | Genotyping call rate from 337,199 QC-positive samples | ||||||||||||||||||||||||
22 | ||||||||||||||||||||||||||
23 | Summary statistic file ([FieldID].assoc.tsv.gz) | |||||||||||||||||||||||||
24 | Columns | Description | ||||||||||||||||||||||||
25 | variant (hg19) [CHROM:POS:REF:ALT] | Variant position as [Chromosome : hg19 Position : reference allele : alternate allele] | ||||||||||||||||||||||||
26 | rsid | SNP rsID as provided by UK Biobank | ||||||||||||||||||||||||
27 | nCompleteSamples | Number of samples analyzed with non-missing phenotypes | ||||||||||||||||||||||||
28 | AC | Dosage allele count from all samples with non-missing phenotypes | ||||||||||||||||||||||||
29 | ytx | Dosage alternate allele count (ytx means "y * x" where y=phenotype and x=alternate allele dosage) | ||||||||||||||||||||||||
30 | beta | linear regression beta coefficient | ||||||||||||||||||||||||
31 | se | linear regression standard error | ||||||||||||||||||||||||
32 | pval | linear regression p-value | ||||||||||||||||||||||||
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