BH17.11課題出し
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名前カテゴリー進捗項目使うデータコラボレーター関連URL興味あります!試せるendpoint
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26石井学GalaxyGalaxyのUIの翻訳、ツールの多言語化対応(右から左によむやつ、対応したいです)Galaxy山中さん山中
3
51森宙史RDFMicrobeDB.jp stanza + web ページhelp書きMicrobeDB.jp岡別府MicrobeDB.jp
4
8山中RDF データLinked ICGC:がんゲノム(ICGC)データ生成ICGC
5
9川島RDF データjPOST RDFレビューjPOST RDF川島・守屋
6
10川島RDF データRDF portal 次バージョン開発川島・永野https://integbio.jp/rdf/
7
11川島RDF データRDF検証パイプライン設計川島・片山山田
8
12川島RDF データJCM RDFレビューJCM RDF川島、桝屋
9
46臼田大輝RDF データ遺伝子クローンバイオリソースのRDF試作
NCBI gene, 理研BRCクローンカタログ
10
114内藤雄樹RDFデータTogoGenome(85) → GGGenomeに追加【indexingを仕込んだので2週間待ち】
TogoGenomeのFASTAファイル
岡別府
http://GGGenome.dbcls.jp/togogenome/
11
70山本泰智RDFデータRDFエンドポイント高速検索RDFポータルのデータ熱烈募集中
12
130岡別府RDFデータTogoGenomeデータ更新TogoGenome
13
18樋口千洋RDFデータFood Groups usd for the National Health and Nutrition Survey の RDF 化NHNS table1
14
2片山RDFデータ完了DDBJ RDFの生成スクリプト更新DDBJ藤沢・川島・岡別府
https://github.com/dbcls/rdfsummit/tree/master/insdc2ttl
15
65金城玲RDFデータLOD4MLの理解と応用色々川島、片山、露崎http://lod4ml.org/櫛田
16
47仲里アプリケーションDBCLS SRA+BioProject+BioSample 新サイトのバグ修正SRA(広義)大石、坊農、(大田 [エア連携])sra.dbcls.jp
17
112内藤雄樹アプリケーションCyanoBase → GGGenomeに追加【完了!】CyanoBaseのFASTAファイル藤澤http://GGGenome.dbcls.jp/
18
113内藤雄樹アプリケーションCyanoBase → CRISPRdirectに追加【完了!】CyanoBaseのFASTAファイル藤澤http://crispr.dbcls.jp/
19
31小野浩雅アプリケーション
仕様策定・発注済み
DBCLSのサービスを引用している論文を網羅的に収集Europe PMC他文献データ内藤、大石、山本
20
29小野浩雅アプリケーション
http://fa-under-development.s3-website-ap-northeast-1.amazonaws.com/12579.html
新着論文レビューウェブサイト改修・RDFデータのホバーカード表示機能実装JSTシソーラス飯田、大石、建石、山本http://first.lifesciencedb.jp/櫛田
http://fa-under-development.s3-website-ap-northeast-1.amazonaws.com/
21
44山口アプリケーションSPARQL Builder/ LOD Surfer API のユースケース出しおよび改修いろいろ臼田,桝屋福島
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54森宙史アプリケーションMicrobeDB.jpユースケースのシナリオ作成MicrobeDB.jp藤澤、内山、西出MicrobeDB.jp
23
45臼田大輝アプリケーションSPARQL Builder/ LOD Surfer API を用いたアプリ試作
24
36藤原豊史アプリケーションPubAnnotationへのColilデータ追加Colil山本さんhttp://colil.dbcls.jp/browse/papers/
25
藤澤貴智アプリケーションMicrobeDB.jp ユーザ・グループ認証サーバセットアップMicrobeDB.jp
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96藤澤貴智アプリケーションDFASTでCluster IDアサイン(データセット、version問題)MBGD谷澤(遠隔)、内山、千葉
27
97藤澤貴智アプリケーションCyanoBase更新(metagenomic assemblyの議論)CyanoBase
28
52藤澤貴智アプリケーション、RDFMicrobeDB.jp ポータルサイト開発(プライベートゲノム・メタゲノム解析データのRDF変換系組込み)MicrobeDB.jp森、岡別府MicrobeDB.jp
29
48仲里エンリッチメント解析Gendooプログラム見直し
NCBI Gene, MedGen, MeSH, MEDLINE
大石、坊農gendoo.dbcls.jp櫛田、山本泰智
30
49仲里エンリッチメント解析スコアリング方法検討露崎さんに相談したいなーえ...なんだろう...(露崎)
31
116河口エンリッチメント解析KEGGのネットワークハック木村
32
117河口エンリッチメント解析non centralなHGDの計算実装(高速化?)
33
118河口エンリッチメント解析ガウス過程を時系列データに適用木村
34
119河口エンリッチメント解析(マルチオミクスデータへのTime course enrichmentソフト開発小寺、福島、早川
35
127五斗オーソログ系統プロファイルの作成と応用MBGD, KEGG OC千葉、守屋よしざわ
36
93千葉啓和オーソログオーソログDB構築・RDF更新MBGD内山さん加藤、五斗
37
95森宙史オーソログDBMicrobeDB.jp ver. 3用データ構築(ゲノムとオーソログのversion問題)MBGD内山さん
38
41櫛田達矢オントロジー・シソーラス・RDFJST言語資源の拡張、更新
科学技術用語シソーラス、NikkajiRDF
古崎先生、山本さん、小野さん、建石さん山田
39
94千葉啓和グラフ・データベースグラフ・データベースにトライ、RDFとの比較検討、等山中さん
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13山中グラフ・データベースG2GML Engine:RDF データから PG データを生成N/A松本さん、辻井さん、千葉さんhttps://github.com/g2gml
41
71山本泰智グラフデータベース巨大RDFデータストアのツール、CM-WellのビルドRDFポータルのデータ熱烈募集中
https://github.com/thomsonreuters/CM-Well
山口、金城、西出
ここでビルドメモを共有します->
https://tinyurl.com/BH1711-CM-Well
42
3原薗ゲノム・グラフグラフゲノム構築パイプラインの完成、グラフゲノムフォーマットの検討横山さん・片山さん
43
5大和田ゲノム・グラフvgを使ったバクテリアゲノムグラフの構築、メタゲノムリードのマッピング結果の可視化vg, RefSeq片山さん・横山さん守屋
44
4横山ゲノム・グラフグラフゲノム構築パイプラインの整備、グラフゲノムフォーマットの検討vg, GGF format片山さん・原薗さん・大和田さん・滝沢さん
https://docbase.io/posts/300364/sharing/108ce773-f90c-4d8e-8ae7-ad0456105fe6
45
6滝沢ゲノム・グラフグラフゲノム構築パイプラインの整備、グラフゲノムフォーマットの検討
46
1片山ゲノム・グラフvgを使った日本人ゲノムグラフの構築・ハプロタイプの扱いを検討TogoVar横山・原薗守屋
47
39守屋スタンザ可視化スタンザ作成、改良jPOST プロテオームデータhttp://db-dev.jpostdb.org/ts/stanza/
http://db-dev.jpostdb.org/proxy/
48
33建石由佳スタンザTogovar Stanza佐藤さん
49
120河口ソーシャルネットワーキングどこかに混ざりに行く
50
73永野朗夫デザイン各種DBのフロントエンド設計
51
106坊農秀雅トランスクリプトーム遺伝子発現目次AOE(All of gene expression)に発現パターン(隣人)検索実装
ArrayExpress, SRA, BioProject, BioSample, GEO
大石http://aoe.dbcls.jp/
52
107坊農秀雅トランスクリプトーム遺伝子発現目次AOEにDDBJ Omics Archive (DOR)追加対応DOR大石、児玉(DDBJ)http://trace.ddbj.nig.ac.jp/dor/金城
53
32小野浩雅トランスクリプトームRefEx RDFデータブラウザ開発FANTOM5 CAGE RDF坊農、大石http://refex.dbcls.jp
54
34建石由佳フェノームHPO日本語語彙の形態素解析辞書化HPO日本語版藤原さん山本泰智
55
35藤原豊史フェノーム難病のフェノタイピング難病情報センター、HPO日本語版建石さんhttp://www.nanbyou.or.jp/山本泰智、岸本
56
126五斗プロテオーム
57
111内藤雄樹プロテオーム超絶高速アミノ酸配列検索ペペペプチド!UniProt、RefSeq、他吉沢http://peptide.dbcls.jp/test/岸本、守屋、金城、早川
58
82加藤プロテオームプロテオームの啓蒙的資料の作成吉沢岸本
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37守屋プロテオームプロテオゲノミクスデータ作成(proBAM)、jPOST-db での表示法iPS MS/MS再解析データjPOSTメンバ岸本、よしざわ
60
38守屋プロテオームjPOSTで使うタンパク質推定法(group, leading protein...jPOST プロテオームデータjPOSTメンバよしざわ
61
61田中 聡プロテオームjPOST DB インターフェースの修正・拡張iPOSTメンバ岸本
62
99高見知代プロテオームcytoscapeを利用した日常的な実験データの可視化実験データ、BioGridjPOSTメンバー小寺
63
100高見知代プロテオームMRM用ペプチドの評価およびピックアップツールiMPAQTjPOSTメンバー岸本
64
87早川プロテオミクス・メタボロミクスプロテオミクス・メタボロミクスデータを用いる共発現解析環境をつくるMetabolomeXchangeよしざわ、岸本、福島、小寺、木村、田中
65
56山下理宇マイクロバイオームデータ処理のパイプラインのディスカッション千葉、森
66
86早川メタボロミクススペクトルデータベースの整理・評価(化合物バリエーションの評価等) 使いやすいインターフェースMassBankhttp://www.massbank.jp/?lang=en小寺、中山、福島、山田
67
76福島 敦史メタボロミクスメタボロームデータ解析ツール:Metabolite Set Enrichment Analysis (MSEAp) の開発とデータ再解析の促進
WikiPathways, PMR (Plant/Eukaryotic and Microbial Systems Resource)
内山さん、千葉さん、西田さん(遠隔)https://github.com/afukushima/MSEAp早川、山本博之、中山、小寺
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14露崎弘毅リガンド-受容体データベース既存のリガンド-受容体、PPIデータベースのデータをまとめて、Rパッケージ化&TogoDBに投げる
DLRP/IUPHAR/HPMR/HPRD/STRING
面白そうと思った人はぜひ小寺
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落合ワークフローGo言語によるCWLエンジン「yacle」の実装
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25石井学ワークフローcwlエンジンの実装、Atom, Visual Studio, Vimの補完対応,User Guideをやってみるcwlのrepository落合さん
71
24落合展ワークフローGo言語によるCWLエンジン「yacle」の実装cwlのrepositoryotiai10@hgc.jp
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79三浦信明糖鎖・RDFTotal Glycome Databaseスキーマの構築とデータ入力支援ツールの作成糖鎖チーム
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101山田一作糖鎖・RDF複合糖質のRDFスキーマの更新GlyConnect, GlyCosmos新町さん櫛田
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15山田一作糖鎖・RDFGlyCosmos-PDBj連携PDBj金城さん 相談があります。
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62田中 聡質量分析質量分析データおよび同定・定量解析ビューアの要件定義、設計 (Mass++ ver. 4)Mass++ユーザー会よしざわ、岸本、村瀬、加藤
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55山下理宇質量分析(低分子)MSデータの初期処理(特にピークピッキングと化合物同定まで),NMRデータパイプライン小寺、中山、守屋、山田
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58山本博之質量分析(低分子)化合物データベースの整理(メタボロミクス)小寺、福島、中山、早川早川、山田
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7滝沢配列設計RNA配列設計の新しい手法の検討と実装金城
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