A | B | C | D | E | F | G | H | I | J | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | X | Y | Z | AA | AB | AC | AD | AE | AF | AG | AH | AI | AJ | AK | AL | AM | AN | AO | AP | AQ | AR | AS | ||
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1 | Index | Target | Organism | Researcher On Target | Reviewer 1 Add your name here! | Reviewer 2 | Reviewer 1 Rating (Good, Bad, OK) | Reviewer 2 Rating (Good, Bad, OK) | Notes A- Add notes here! | Notes B | Notes C | Researcher(s) on target | Status | Overlap Primer Designers | Tail primers Designer | Prefix IDT Ordering (yellow = ordered) | Forward Tail Primer in 5' to 3' orientation | Reverse Tail Primer in 5' to 3' orientation | Disease/Relevance | NOTES D | Type (anhydrase, reductase, phosphatase, etc.) | E.C. | structure? | homolog structure? % coverage on % identities | transmembrane region? | Complex? | activity (from Brenda site) | assay | SOURCE / PI | Essentiality | Druggability | TDR Targets Link or EuPath, etc | VDS Target page | Gene (NOT gene ontology) | Amino Acid Sequence | substrate available? | supplier | Second Substrate | # of inhibitors | assay | known inhibitors | Notes E | Notes F | Notes D (a.a. size) | ||
2 | 1 | Lactate Dehydrogenase | Cryptosporidium parvum | Inaara S. | Good | Crystal Structure: http://www.rcsb.org/structure/2FN7 | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25542170 | https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0020751917301662 | CpLDH | Cryptosporidium infection | Dehydrogenase | 1.1.1.27 | 2FN7 | 4ND4 | 1 predicted | no | (S)-lactate + NAD+ = pyruvate + NADH + H+ | Lactate Dehydrogenase Activity Assay Kit | n/a | Essential as a regulaor of glycolosis inhibition of this enzyme causes the loss of energy production. | Druggable becayse Gossypol does competitive inhibition with NADH. | TargetSp18 - Lactate dehydogenase (//Cryptosporidium parvum//)..............................................................................................................................................Jacky X. | Tm-LDHA | (S)-lactate | sigma aldrich | NAD+ | 1 | https://www.sigmaaldrich.com/content/dam/sigma-aldrich/docs/Sigma/Bulletin/1/mak066bul.pdf | Gossypol | 321 | ||||||||||||||||
3 | 2 | Lactate Dehydrogenase | P. falciparum | Eduardo C. | Good | Lactate dehydrogenase is present in this. PDB structure is available as well (http://www.rcsb.org/structure/2X8L). Causes malaria (very serious) | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3122489/ | https://www.cdc.gov/malaria/about/biology/parasites.html | Eduardo C. | Eduardo C. | PfLDH | TACTTCCAATCCATGATGGCGCCGAAAGCG | GTC ATT TCC ACC TAT TTA CGC GAG TGC TTT CAT ACG TTT GG | Malaria | Dehydrogenase | 1.1.1.27 | 2X8L | 4ND4 | 1 predicted | No | (S)-lactate + NAD+ = pyruvate + NADH + H+ | Lactate Dehydrogenase (LDH) Activity Assay Kit | Chan, Kit-Lam | Essential enzyme that regenerates nicotinamide adenine dinucleotide (NAD+) from NADH. Essential for growth. | 0.8 | http://tdrtargets.org/targets/view?gene_id=2126 | N/A | PF3D7_1324900 ID: 814112 | (S)-lactate | Sigma-Aldrich | NAD+ | 1 | https://www.sigmaaldrich.com/content/dam/sigma-aldrich/docs/Sigma/Bulletin/1/mak066bul.pdf | Gossypol | ||||||||||||
4 | 3 | 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating, putative | Leishmania major | needs oligos (Dr. B) | homology model | Lm6PGDH | Leishmaniasis is a vector-borne disease that is transmitted by sandflies and caused by obligate intracellular protozoa of the genus Leishmania. | dehydrogenase | 1.1.1.44 | no | T. brucei (PDB: 1PGJ) 73% identity, 97 % query | no | 6-phospho-D-gluconate + NADP+ = D-ribulose 5-phosphate + CO2 + NADPH + H+ | Continuous spectrophotmetric Rate Determination | Steven, Mayur | The enzyme participates in the oxidative branch of the pentose phosphate pathway, whose main purpose is to produce NADPH and pentose for biosynthetic reactions. Highly specific for NADP+. cf. EC 1.1.1.343, phosphogluconate dehydrogenase (NAD+-dependent, decarboxylating). | 0.8 | http://tdrtargets.org/targets/view?gene_id=23670 | LmjF35.3340 | MSNDLGIIGLGVMGANLALNIAEKGFKVAVFNRTYAKTTSFLKEHESEKFAANLNGYETMKEFAASLKKPRRAFILVQAG AATDSTIEQLKEVFENGDIIIDTGNANFKDQDKRAAQLESQGLRFLGMGISGGEEGARKGPAFFPGGTPSVWEEVRPIVE AAAAKAEDGRPCVTFNGKGGAGSCVKMYHNAGEYAVLQIWGEAYSALLAFGFDNDQIADVFESWKADGFLKSYMLDISIA ACRAREATGNYLSEKVKDRIGSKGTGLWSAQEALEIGVPAPSLNMAVISRQMTMYKGERIANCKAFPNFPRGPSEEATDK SPNSPEAKKLYHAVSLCIIASYAQMFQCLRELDKVYGFGLNLPATIATFRAGCILQGYLLGPMTKAFEENPNLPNLMDAF TKEIAAGLDDCRQILAKLTVNTAVSLPVMMASLSYINAMYTETLPYGQLVSLQRDVFGRHGYERTDKDGRESFEWPALQ | 6 Phosphogluconate ($86.30) | Sigma Aldrich | Beta-Nicotinamide Adenine Dinucleotide, Oxidized form ($89.80) | tons | Continuous spectrophotmetric Rate Determination | http://www.brenda-enzymes.org/enzyme.php?ecno=1.1.1.44 | assay methodology: https://www.sigmaaldrich.com/content/dam/sigma-aldrich/docs/Sigma/Enzyme_Assay/6phosphoglucdehydrog75.pdf | 479 | ||||||||||||||||||
5 | 4 | 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating, putative | T. cruzi | Pareesa H. | homology model | Tyler G. | Tc6pgdh | TACTTCCAATCCATGGACGTTGGCATCGTTGGTC | TATCCACCTTTACTGTTATTGCAGCTCCGGCCACTG | Chagas Disease | dehydrogenase | 1.1.1.44 | No | T. brucei (PDB: 1PGJ) | No | Dimer | 6-phosphono-D-gluconate + NADP+=D-ribulose 5-phosphate + NADPH | Continuous Spectrophotometric Rate Determination at 340nm | Bella, Josue | Involved in the bacterial pentose phosphate pathway | 0.6 | http://tdrtargets.org/targets/view?gene_id=49268 | Not Avaliable | Tc00.1047053510663.70 9 (from Gene DB) | 6-Phosphogluconic acid trisodium salt (P7877) $86.30 | Sigma Aldrich | β-Nicotinamide adenine dinucleotide phosphate sodium salt hydrate (N0505) $89.80 | alot | Continuous spectrophotmetric Rate Determination | http://www.brenda-enzymes.org/enzyme.php?ecno=1.1.1.44&Suchword=&organism%5B%5D=Trypanosoma+cruzi | 477 | |||||||||||||||
6 | 5 | D-alanine:D-alanine ligase | Staphylococcus aureus | Anthony Z. | Enzyme is essential to the formation of bacterial cell walls and can result in resistance to vanomycin | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1622796/ | SaDAL | TACTTCCAATCCATGACCAAAGAGAACATCTGCAT | TATCCACCTTTACTGTTAGTCGATCTTATACTTGTTTTTCTGCTTG | Skin infections, food poisoning, hospital-acquired infections | Can be commensal but can cause life-threatening diseases | Ligase | 6.3.2.4 | 2I80 | N/A | N/A | Biological unit = dimer | ATP + 2 D-alanine = ADP + phosphate + D-alanyl-D-alanine | colorimetric assay for high-throughput inhibitor screening | Liu, S | Required for final step in the synthesis of peptidoglycan (bacterial cell walls) | Yes, has been a target before and has been subject to evolution of antibiotic resistance | N/A | http://www.genedb.org/web-artemis/?src=scaffold105.1_size92539.2.8344-69665.final&base=49455&bases=3182 | Yes, D-Ala-D-Ala | Sigma Aldrich | ATP | Many | colorimetric assay for high-throughput inhibitor screening | phosphinic acid dipeptide analogues, Diazenedicarboxamides | 345 | |||||||||||||||
7 | 6 | D-alanine:D-alanine ligase | Bacillus anthracis | Moses | BaDADA | TACTTCCAATCCATGGCGAACGACTACCTGTTCAC | TATCCACCTTTACTGTTAAGCAACTTGTACCGCCGG | Anthrax | Affects most livestock and humans | Ligase | 6.3.2.4 | Yes. 3R5X | ATP + 2 D-alanine = ADP + phosphate + D-alanyl-D-alanine | Combined assay (in vitro method) | Required for peptidoglycan layer in cell walls of bacterial species | Yes Ddl can be a target | n/a | ddl (ddlB) 10.2210/pdb3R5X/pdb | Yes; D-alanyl-D-alanine | Sigma Aldrich | ATP | Tons | Combined assay | http://www.brenda-enzymes.org/enzyme.php?ecno=6.3.2.4#NATURAL%20SUBSTRATES | 307 | |||||||||||||||||||||
8 | 7 | D-alanine:D-alanine ligase | Yersinia pestis | YpDala | Ligase | 6.3.2.4 | ATP + 2 D-alanine = ADP + phosphate + D-alanyl-D-alanine | Combined assay (in vitro method) | Required for peptidoglycan layer in cell walls of bacterial species | Yes Ddl can be a target | n/a | Yes; D-alanyl-D-alanine | Sigma Aldrich | ATP | Tons | Combined assay | http://www.brenda-enzymes.org/enzyme.php?ecno=6.3.2.4#NATURAL%20SUBSTRATES | |||||||||||||||||||||||||||||
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