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1 | **Name** | **BIDS (1)** | **DL base library** | **Task (2)** | **Data dimension** | **Multichannel** | **Multilabel** | **Uncertainty** | **Transfer Learning** | **Pre-processing tools** | **Post-processing tools** | **User case examples** | **Multi-GPU data parallelism** | **Input region of interest** | **Missing modality** | **Model comparison** | **Model evaluation** | **Hyperparam optimisation** | **Multi-center models** | |||||||
2 | `ivadomed <https://github.com/ivadomed/ivadomed>`_ | |yes| | PyTorch | Class, Seg, Detect | 2D, 3D | |yes| | |yes| | |yes| | |yes| | |yes| | |yes| | |yes| | |no| | |yes| | |yes| | |yes| | |yes| | |yes| | |yes| | |||||||
3 | `monai <https://github.com/Project-MONAI/MONAI>`_ | |no| | PyTorch | Seg, Class | 2D, 3D | |yes| |
|yes| | |no| | |no| | |yes| | |no| | |yes| | |yes| | |yes| | |no| | |no| | |yes| | |no| | |no| | |||||||
4 | `delira <https://github.com/justusschock/delira>`_ | |no| | PyTorch,TF | Class, Gen, Seg | 2D, 3D | |no| | |no| | |no| | |yes| | |no| | |no| | |yes| | |yes| | |no| | |no| | |no| | |no| | |no| | |no| | |||||||
5 | `MIC-DKFZ <https://github.com/MIC-DKFZ/medicaldetectiontoolkit>`_ | |no| | PyTorch | Detect | 2D, 3D | |no| | |no| | |no| | |no| | |no| | |no| | |no| | |no| | |yes| | |no| | |no| | |yes| | |no| | |no| | |||||||
6 | `ANTsPyNet <https://github.com/ANTsX/ANTsPyNet>`_ | |no| | TF/Keras | Class, Seg, Clust, Reg | 2D, 3D | |no| | |yes| | |no| | |no| | |no| | |no| | |yes| | |no| | |no| | |no| | |no| | |no| | |no| | |no| | |||||||
7 | `DLTK <https://github.com/DLTK/DLTK>`_ | |no| | TF | Class, Seg, Reg | 3D | |no| | |yes| | |no| | |yes| | |no| | |no| | |yes| | |no| | |no| | |no| | |no| | |no| | |no| | |no| | |||||||
8 | `MIScnn <https://github.com/frankkramer-lab/MIScnn>`_ | |no| | TF/Keras | Seg | 2D, 3D | |no| | |yes| | |no| | |no| | |yes| | |yes| | |no| | |yes| | |no| | |no| | |no| | |yes| | |no| | |no| | |||||||
9 | `niftytorch <https://niftytorch.github.io/doc/>`_ | |yes| | PyTorch | Class, Seg | 3D | |no| | |no| | |no| | |no| | |no| | |no| | |yes| | |yes| | |yes| | |no| | |no| | |no| | |yes| | |no| | |||||||
10 | `DeepNeuro <https://github.com/QTIM-Lab/DeepNeuro>`_ | |no| | TF/Keras | Seg | 2D, 3D | |no| | |no| | |no| | |no| | |yes| | |yes| | |yes| | |no| | |no| | |no| | |no| | |no| | |no| | |yes| | |||||||
11 | `DeepReg < https://github.com/DeepRegNet/DeepReg>`_ | |no| | TF | Reg | 2D, 3D | |yes| | |yes| | |no| | |no| | |yes| | |yes| | |yes| | |no| | |yes| | |yes| | |yes| | |yes| | |yes| | |no| | |||||||
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