ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ
1
Programme au 30/11/2025
2
3
Module #11: Cancer et génomique: des NGS aux modèles prédictifs
4
Date : 15-17 decembre 2025
5
6
Objectif: Alors que nos connaissances sur la biologie des cancers et des traitements anti-tumoraux s'améliorent très rapidement, de nouveaux challenges apparaissent en médecine personalisée. Cette UE montre comment les données moléculaires issues du NGS peuvent être exploitées pour faire face à ces défis. Nous décrirons les différents types de NGS et leurs grandes applications et nous implémenterons une analyse NGS (de type Exome-seq) au moyen du gestionnaire de pipeline Galaxy. Ensuite, en utilisant des données RNA-seq publiques, vous apprendrez les bases de l'apprentissage automatique: vous verrez des modèles de classification, de prédiction de survie et des méthodes d'extraction de meta informations en basse dimension à partir de données en grande dimension. Vous serez initiés aux bonnes pratiques de modélisation et à des exemples d'application sur données réelles. L'usage d'un ordinateur portable est indispensable.
7
Lieu : Gustave Roussy, Bat B2M
8
9
Responsables: Yoann Pradat (Gustave Roussy), Julien Vibert (Gustave Roussy), Daniel Gautheret (Univ-Paris-Saclay, I2BC).
10
11
12
Lundi 15 décembre - Salle: 21 B2M
13
09:00-10:30Technologies et données NGS en cancérologie.
D. GAUTHERET
14
10:45-11:15Exercices: analyser les big data cancer sur CBioPortal. D. GAUTHERET
15
11:15-12:15TP Galaxy: Cas d'étude Exome-seq (contrôles qualité, alignements des séquences sur le génome de référence). D. GAUTHERET
16
17
13:30-17:00TP Galaxy : Cas d'étude exome-seq (création d'un workflow, variant-calling, visualisation)
D GAUTHERET
18
19
20
Mardi 16 décembre - Salle 21 B2M
21
9:00-10:00Pourquoi utiliser les methodes d'apprentissage automatique en oncologie personalisée? Julien VIBERT (Gustave Roussy)
22
10:15-11:15Methodes de classification supervisée. Yoann PRADAT (Gustave Roussy)
23
11:30-12:30Exemple d'un projet de modèle prédictif de survie: Aaron MAMANN (CentraleSupélec)
24
25
13:30-17:00TP: Classification supervisée sur des données d'expression issues de TCGA. Yoann PRADAT (Gustave Roussy).
26
27
28
Mercredi 17 décembre - Salle 21 B2M
29
9:00-10:15Méthodes de factorisations et modélisation de survie. Yoann PRADAT (Gustave Roussy)
30
10:45-12:00Introduction aux signatures mutationnelles et applications. Yoann PRADAT (Gustave Roussy)
31
32
13:30-17:00TP: Factorisation non-négative et modélisation de survie. Yoann PRADAT (Gustave Roussy).
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100