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1 | Category | Name | Description | Discovery | PDB ID | or | Your suggestion | |||||||||||||||||||
2 | Nucleosides & Nucleotides | ATP aptamer | ATP (Adenosine 5'-triphosphate) is an important substance for energy storage and metabolism in the body, which provides energy for metabolism and plays a role as a coenzyme in cells. ATP is an important endogenous signal molecule in immunity and inflammation. | 1993 | 1AM0, 1RAW | |||||||||||||||||||||
3 | Fluorophores | TMR aptamer | TMR (tetramethylrhodamine) is a rhodamine in which four hydrogens have been replaced by methyl groups. Forms such as tetramethylrhodamine dextran are often used as fluorescent tracer dyes in cell research. | 2010 | 6GZK, 6GZR | |||||||||||||||||||||
4 | Bacteria | Hfq aptamer | Hfq binds to the loop structure formed by the AG repeat sequence, which regulates gene expression. | 2012 | 3HSB, 3AHU | |||||||||||||||||||||
5 | Viral | HIV-1 REV peptide-aptamer | The HIV-1 protein Rev controls a key step in viral replication by mediating nuclear output of both unspliced and single-spliced viral mRNAs. | 1996 | 1ULL | |||||||||||||||||||||
6 | Mammalian | 3Dpol-aptamer | Replication of the RNA genome of the virus, via negative strand intermediates, involves an RNA-dependent RNA polymerase (3Dpol). Lysine residues on the surface of 3Dpol were chemically biotinylated, allowing the enzyme to be immobilized onto the surface of steptavidin-coated magnetic beads. | 2006 | NA | |||||||||||||||||||||
7 | Nucleic acid | LR06(GA) aptamer | The trans-activating responsive (TAR) RNA element located in the 5′ untranslated region of the HIV-1 genome is a 59-nt imperfect stem-loop essential for the viral replication. TAR regulates transcription by interacting with both viral and cellular proteins. | 1999 | 2OOM | |||||||||||||||||||||
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