A | B | C | D | E | F | G | H | I | J | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | X | Y | Z | |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | Primers | Template | ||||||||||||||||||||||||
2 | Primer Name | Oligo ID | Tm (C) | Concentration (mM) | Sample | Name | Concentration (ng / ul) | Volume (ul) | Total DNA mass (ng) | Yeild | ||||||||||||||||
3 | PacBioBarFwd-0 | oEH30 | 58 | 100 | Primer concentration | 0.5 | 1 | T7InitMix+TXN | 11 | 16 | 176 | 0.44 | ||||||||||||||
4 | PacBioRev-0 | oEH60 | 58 | 100 | Reaction volume | 20 | 2 | T7INITMIX-TXN | 29.7 | 10 | 297 | 0.7425 | ||||||||||||||
5 | Template Mass / Rxn | 10 | ||||||||||||||||||||||||
6 | Primer Dilutions | |||||||||||||||||||||||||
7 | Primer Name | Dilution target concentration (mM) | Dilution total volume (ul) | Primer volume (ul) | npH20 volume (ul) | |||||||||||||||||||||
8 | PacBioBarFwd-0 | 5 | 20 | 1 | 19 | |||||||||||||||||||||
9 | PacBioRev-0 | 5 | 20 | 1 | 19 | |||||||||||||||||||||
10 | ||||||||||||||||||||||||||
11 | ||||||||||||||||||||||||||
12 | ||||||||||||||||||||||||||
13 | ||||||||||||||||||||||||||
14 | Sample | Total volume (ul) | 5x Phusion GC buffer | 10 mM dNTPs | Diluted PacBioBarFwd-0 | Diluted PacBioRev-0 | Template | Template volume | PhusionU volume | |||||||||||||||||
15 | 1 | 20 | 4 | s | 2 | 2 | T7InitMix+TXN | 0.909 | 0.2 | |||||||||||||||||
16 | 2 | 20 | 4 | s | 2 | 2 | T7InitMix+TXN | 0.909 | 0.2 | |||||||||||||||||
17 | 3 | 20 | 4 | s | 2 | 2 | T7InitMix+TXN | 0.909 | 0.2 | |||||||||||||||||
18 | 4 | 20 | 4 | s | 2 | 2 | T7InitMix+TXN | 0.909 | 0.2 | |||||||||||||||||
19 | 5 | 20 | 4 | s | 2 | 2 | T7INITMIX-TXN | 0.337 | 0.2 | |||||||||||||||||
20 | 6 | 20 | 4 | s | 2 | 2 | T7INITMIX-TXN | 0.337 | 0.2 | |||||||||||||||||
21 | 7 | 20 | 4 | s | 2 | 2 | T7INITMIX-TXN | 0.337 | 0.2 | |||||||||||||||||
22 | 8 | 20 | 4 | s | 2 | 2 | T7INITMIX-TXN | 0.337 | 0.2 | |||||||||||||||||
23 | 9 | 20 | 4 | 0.4 | 2 | 2 | NA | 0 | 0.2 | |||||||||||||||||
24 | ||||||||||||||||||||||||||
25 | ||||||||||||||||||||||||||
26 | MM Multiplier | 1.2 | ||||||||||||||||||||||||
27 | Master mixes | |||||||||||||||||||||||||
28 | Mix Name | Template | npH20 | 5x Phusion GC buffer | 10 mM dNTPs | Diluted PacBioBarFwd-0 | Diluted PacBioRev-0 | Total Volume | ||||||||||||||||||
29 | No Template or Pol | 0 | 129.12 | 43.2 | 0.48 | 21.6 | 21.6 | 216 | ||||||||||||||||||
30 | ||||||||||||||||||||||||||
31 | No Template or Pol (ul) | PhusionU | ||||||||||||||||||||||||
32 | Pol + | 177.84 | 2.16 | |||||||||||||||||||||||
33 | ||||||||||||||||||||||||||
34 | Pol + (ul) | Volume template | ||||||||||||||||||||||||
35 | Pol + T7InitMix+TXN | 76.364 | 3.636 | |||||||||||||||||||||||
36 | ||||||||||||||||||||||||||
37 | Pol + T7INITMIX-TXN | 78.652 | 1.348 | |||||||||||||||||||||||
38 | ||||||||||||||||||||||||||
39 | ||||||||||||||||||||||||||
40 | Reactions | |||||||||||||||||||||||||
41 | Sample number | Master Mix | Master Mix volume | DNA Mass (ng) | Annealing temp (C) | Annealing time (s) | Extension time (s) | Cycles | ||||||||||||||||||
42 | 1 | Pol + T7InitMix+TXN | 20 | 9.999 | 45 | 30 | 66 | 35 | ||||||||||||||||||
43 | 2 | Pol + T7InitMix+TXN | 20 | 9.999 | 48.4 | 30 | 66 | 35 | ||||||||||||||||||
44 | 3 | Pol + T7InitMix+TXN | 20 | 9.999 | 54.4 | 30 | 66 | 35 | ||||||||||||||||||
45 | 4 | Pol + T7InitMix+TXN | 20 | 9.999 | 58.9 | 30 | 66 | 35 | ||||||||||||||||||
46 | 5 | Pol + T7INITMIX-TXN | 20 | 10.0089 | 45 | 30 | 66 | 35 | ||||||||||||||||||
47 | 6 | Pol + T7INITMIX-TXN | 20 | 10.0089 | 48.4 | 30 | 66 | 35 | ||||||||||||||||||
48 | 7 | Pol + T7INITMIX-TXN | 20 | 10.0089 | 54.4 | 30 | 66 | 35 | ||||||||||||||||||
49 | 8 | Pol + T7INITMIX-TXN | 20 | 10.0089 | 58.9 | 30 | 66 | 35 | ||||||||||||||||||
50 | 9 | Pol + | 20 | 0 | 45 | 30 | 66 | 35 | ||||||||||||||||||
51 | 10 | No Template or Pol | 20 | 0 | 48.4 | 30 | 66 | 35 | ||||||||||||||||||
52 | ||||||||||||||||||||||||||
53 | ||||||||||||||||||||||||||
54 | ||||||||||||||||||||||||||
55 | ||||||||||||||||||||||||||
56 | ||||||||||||||||||||||||||
57 | ||||||||||||||||||||||||||
58 | ||||||||||||||||||||||||||
59 | ||||||||||||||||||||||||||
60 | ||||||||||||||||||||||||||
61 | ||||||||||||||||||||||||||
62 | ||||||||||||||||||||||||||
63 | ||||||||||||||||||||||||||
64 | ||||||||||||||||||||||||||
65 | ||||||||||||||||||||||||||
66 | ||||||||||||||||||||||||||
67 | ||||||||||||||||||||||||||
68 | ||||||||||||||||||||||||||
69 | ||||||||||||||||||||||||||
70 | ||||||||||||||||||||||||||
71 | ||||||||||||||||||||||||||
72 | ||||||||||||||||||||||||||
73 | ||||||||||||||||||||||||||
74 | ||||||||||||||||||||||||||
75 | ||||||||||||||||||||||||||
76 | ||||||||||||||||||||||||||
77 | ||||||||||||||||||||||||||
78 | ||||||||||||||||||||||||||
79 | ||||||||||||||||||||||||||
80 | ||||||||||||||||||||||||||
81 | ||||||||||||||||||||||||||
82 | ||||||||||||||||||||||||||
83 | ||||||||||||||||||||||||||
84 | ||||||||||||||||||||||||||
85 | ||||||||||||||||||||||||||
86 | ||||||||||||||||||||||||||
87 | ||||||||||||||||||||||||||
88 | ||||||||||||||||||||||||||
89 | ||||||||||||||||||||||||||
90 | ||||||||||||||||||||||||||
91 | ||||||||||||||||||||||||||
92 | ||||||||||||||||||||||||||
93 | ||||||||||||||||||||||||||
94 | ||||||||||||||||||||||||||
95 | ||||||||||||||||||||||||||
96 | ||||||||||||||||||||||||||
97 | ||||||||||||||||||||||||||
98 | ||||||||||||||||||||||||||
99 | ||||||||||||||||||||||||||
100 |