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2 | Name | Purpose / Description | File formats | Platform | Free or Paid? | Link to tool | Notes | ||||||||||||||||||||||
3 | AliView | Genomics data viewer | |||||||||||||||||||||||||||
4 | Amnesia | Finds direct and indirect identifiers | |||||||||||||||||||||||||||
5 | ArcGIS | Opening and checking spatial data files | Windows | Paid | |||||||||||||||||||||||||
6 | Artemis | Genomic sequence visualization | Browser | Free | https://www.sanger.ac.uk/science/tools/artemis | ||||||||||||||||||||||||
7 | AstroPi | FITS files (astrofiles) | |||||||||||||||||||||||||||
8 | AutoDesk Viewer | CAD | In-browser (Firefox, Chrome tested) | Free | https://viewer.autodesk.com/ | Account necessary for use. | |||||||||||||||||||||||
9 | BamView | Genomic sequence visualization for .BAM files | MacOSX, Windows and Unix | Free | http://bamview.sourceforge.net/ | ||||||||||||||||||||||||
10 | BulkExtractor | Output is a file tree | |||||||||||||||||||||||||||
11 | Bruker TopSpin | Allows viewing and processing of NMR data files (Bruker) | https://www.bruker.com/service/support-upgrades/software-downloads/nmr.html | Free for academic users (with .edu email address) | |||||||||||||||||||||||||
12 | ChemDraw | .MOL files (chemical structures - lossy) | |||||||||||||||||||||||||||
13 | Code Ocean | Allows you to reproduce coding environment to verify | Paid | ||||||||||||||||||||||||||
14 | Excel Archival Tool | Programmatically convert Excel files into open-source formats and extracts charts/figures, etc. | Windows | Free | https://github.com/mcgrory/ExcelArchivalTool | U of M grad student built. Any issues, contact him! | |||||||||||||||||||||||
15 | Figures | Obscure figure/graph raw files (igor) | |||||||||||||||||||||||||||
16 | Fiji | Scientific image processing (aka giant files) | Windows, MacOS, Linux | Free | https://fiji.sc/ | Fiji is an image processing package—a "batteries-included" distribution of ImageJ. | |||||||||||||||||||||||
17 | Free File Splitter | Breaks large files into more maneagable "chunks" to work with, can rejoin files after evaluation or changes are made | Free | https://www.filesplitter.org/ | Only works for brute force splitting - will break off in the middle of a line of text or code | ||||||||||||||||||||||||
18 | GeoNetwork | ||||||||||||||||||||||||||||
19 | GLOGG | Opens massive text files | http://glogg.bonnefon.org/index.html | ||||||||||||||||||||||||||
20 | HashMyFiles | Maps files, shows hashes | |||||||||||||||||||||||||||
21 | Identity Finder | Tries to detect well-formatted sensitive information | Windows / Server level | ||||||||||||||||||||||||||
22 | IDL | Astronomical/Atmospheric files (space .py package) | |||||||||||||||||||||||||||
23 | ImageJ | Scientific image processing (aka giant files) | Windows, MacOS, Linux | Free | https://imagej.nih.gov/ij/ | ImageJ is a public domain Java image processing program. | |||||||||||||||||||||||
24 | iNMR | Allows you to view and process NMR data files | Free limited use (each work session is limited to 30 minutes) | ||||||||||||||||||||||||||
25 | Jena | 3D molecular structure/Crystallographic files | http://jenalib.leibniz-fli.de/ | ||||||||||||||||||||||||||
26 | JHOVE | File verification | |||||||||||||||||||||||||||
27 | Mango | CT/MRI image files | |||||||||||||||||||||||||||
28 | Matlab | Computation and visualization | Windows, MacOS, Linux | Paid | https://www.mathworks.com/ | ||||||||||||||||||||||||
29 | MediaInfo | MediaInfo is a convenient unified display of the most relevant technical and tag data for video and audio files. | Audiovisual files | Free | https://mediaarea.net/en/MediaInfo | ||||||||||||||||||||||||
30 | Mesquite | Plant genetics/evolutionary biology | Windows, MacOS, Linux | Free | https://www.mesquiteproject.org/ | ||||||||||||||||||||||||
31 | MicroView | MicroView is a 2D/3D image viewer and analysis tool. It is written in Python and uses VTK for all of its graphical capabilities. | Free | https://sourceforge.net/projects/microview/ | |||||||||||||||||||||||||
32 | MRICRO | CT/MRI image files | |||||||||||||||||||||||||||
33 | MZmine | Mass spec data files | |||||||||||||||||||||||||||
34 | NARA File Analyzer | Forensic tool - detects if file is what it says it is | |||||||||||||||||||||||||||
35 | NCAR command language | Climate science (netCDF) | |||||||||||||||||||||||||||
36 | NCView | Climate science (netCDF) | |||||||||||||||||||||||||||
37 | NotePad++ | Opens most files if another tool won't, does other diagnostic things | |||||||||||||||||||||||||||
38 | Octave | https://www.gnu.org/software/octave/ | |||||||||||||||||||||||||||
39 | Omero | Microscopic images | |||||||||||||||||||||||||||
40 | OsiriX | CT/MRI image files | |||||||||||||||||||||||||||
41 | Panoply | Java application for climate science (netCDF) | Windows, MacOS, Linux | Free | https://www.giss.nasa.gov/tools/panoply/ | ||||||||||||||||||||||||
42 | Print Window | Maps files | |||||||||||||||||||||||||||
43 | QGIS | Opening and checking spatial data files | Free | https://qgis.org/ | |||||||||||||||||||||||||
44 | Repro Zip | Allows you to reproduce coding environment data was analyzed in (like docker) | |||||||||||||||||||||||||||
45 | RStudio | ||||||||||||||||||||||||||||
46 | SciLab | Open source alternative to Matlab | Windows, MacOs, Linux | Free | https://www.scilab.org/ | ||||||||||||||||||||||||
47 | TAD | Opens CSV files (and keeps table structure) | |||||||||||||||||||||||||||
48 | Tree | Maps file directories | Free | https://www.digitalcitizen.life/how-export-directory-tree-folder-windows | Command line in Windows: tree /a /f > output.txt Command line in Mac (first install Tree with Homebrew): tree -hF > ~/Desktop/output.txt https://rschu.me/list-a-directory-with-tree-command-on-mac-os-x-3b2d4c4a4827 | ||||||||||||||||||||||||
49 | WebAIM Contrast Checker | checks image contrast and color accessibility, has bookmarklet! | Web-based | free | https://webaim.org/resources/contrastchecker/ | ||||||||||||||||||||||||
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