Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655

Candidatus Gracilibacteria bacterium 28_42_T64

Mycoplasma pneumoniae M29

Мы можем наблюдать, что:
1. Преобладающим стартовым кодоном является каноничный ATG.
2. Помимо ATG можно встретить GTG и TTG. Их появление могла вызвать какая-либо мутация, но т.к. мутация мононулеотидная, на похожие основания, то по причие эффекта вобблинга/наличия сильного праймера отбор не произошёл. А возможно отбор и прошёл, но изменились полимеразы.
3. Помимо ATG, CTG, TTG мы можем обнаружить редкие альтервнативные старт-кодоны. Возможно это мутации в псевдогенах или артефакт.

Последовательности с неконечным стоп-кодоном

Обяснение:
1. Локус b4587 является псевдогеном и необычное расположение стоп-кодона может объясняется, тем что он и нарушил функционал гена.
2.Остальные последовательности рабочие. Значит стоп-кодонв них кодирует аминокислоту селено-цистеин в активном центр дегидрогеназы

lcl|U00096.3_cds_b4587_250 [gene=insN] [locus_tag=b4587] [db_xref=ASAP:ABE-0285253,ECOCYC:G6130] [protein=IS911A regulator fragment] [pseudo=true] [location=join(270278..270540,271764..272190)] [gbkey=CDS]

lcl|U00096.3_cds_AAD13438.1_1459 [gene=fdnG] [locus_tag=b1474] [db_xref=UniProtKB/Swiss-Prot:P24183] [protein=formate dehydrogenase N subunit alpha] [transl_except=(pos:586..588,aa:Sec)] [protein_id=AAD13438.1] [location=1547401..1550448] [gbkey=CDS]

lcl|U00096.3_cds_AAD13456.1_3824 [gene=fdoG] [locus_tag=b3894] [db_xref=UniProtKB/Swiss-Prot:P32176] [protein=formate dehydrogenase O subunit alpha] [transl_except=(pos:586..588,aa:Sec)] [protein_id=AAD13456.1] [location=complement(4082772..4085822)] [gbkey=CDS]

lcl|U00096.3_cds_AAD13462.1_3997 [gene=fdhF] [locus_tag=b4079] [db_xref=UniProtKB/Swiss-Prot:P07658] [protein=formate dehydrogenase H] [transl_except=(pos:418..420,aa:Sec)] [protein_id=AAD13462.1] [location=complement(4297219..4299366)] [gbkey=CDS]

Мы можем наблюдать, что TGA не выражен у Gracilibacteria и Mycoplasma. Это объясняется тем, что у Mycoplasma UGA кодирует триптофан [1], а у Gracilibacteria глицин [2].
1. Yamao F. et al. UGA is read as tryptophan in Mycoplasma capricolum //Proceedings of the National Academy of Sciences. – 1985. – Т. 82. – №. 8. – С. 2306-2309.
2.Seligmann H. Phylogeny of genetic codes and punctuation codes within genetic codes //Biosystems. – 2015. – Т. 129. – С. 36-43.

Мы можем наблюдать, различную частоту использования тех или иных кодонов среди наших бактерий. Это может свидетельстовать о:
1. Особенностях метаболизма, в частности необходимости конкретных кодонов под конретную тРНК, что может зависеть от питания.
2. О GC-составе бактерии.

Мы может наблюдать два пика GC-skew. Пик максимума - точка окончания терминации, богата GC. Пик минимума - ориджин. Согласно Genbank oriC назодится на 3926012..3926455, что близко.

coordinates

GC-Scew в окне(справа от указанной координаты)

3926012..3926455