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1 | Phase | Programmatic Client Synapse | Programmatic Client sans Synapse | Backend Synapse | Backend sans Synapse | Web Client Synapse | Web Client sans Synapse | Use Case Rank | |||||||||||||||||||||||
2 | Data Ingress - metadata submission | ||||||||||||||||||||||||||||||
3 | Decouple metadata upload from data upload | 2 | x | 1 | |||||||||||||||||||||||||||
4 | Upload metadata via standardized formats (csv, json) - R & Python | 2 | x | 1 | |||||||||||||||||||||||||||
5 | Update metadata via standardized formats (csv, json) - R & Python | 2 | x | 1 | |||||||||||||||||||||||||||
6 | Support metadata upload/update for hundreds of thousands of objects (i.e. update may take (reasonable) time, but result in a clean metadata state) | 2 | x | x | 1 | ||||||||||||||||||||||||||
7 | Allow metadata association with Synapse entitities not limited to files | 1 | x | 1 | |||||||||||||||||||||||||||
8 | Validate metadata based on schemas associated with Synapse entitities; raise appropriate errors (e.g. schema/metadata attribute mismatch) | 1 | x | x | 1 | ||||||||||||||||||||||||||
9 | Hide unnecessary complexity (e.g. no need to know what's a FileView to update metadata in batch) | 2 | x | 1, 16 | |||||||||||||||||||||||||||
10 | Support upload, update, validate above via Web UI based on the same I/O formats | 2 | x | 1, 8 | |||||||||||||||||||||||||||
11 | Metadata submission "wizard": self-enforced validation (e.g. drop-downs/checkboxes) | 2 | x | 2 | |||||||||||||||||||||||||||
12 | Metadata submission "wizard": fill-in mechanics automation (e.g. batch apply metadata values to a set of entities) | 2 | x | 2 | |||||||||||||||||||||||||||
13 | Metadata submission "wizard": branching metadata filling logic based on schema dependencies (e.g. setting metadata value for attribute X of entity Y, requires setting attribute Z of entity Y as well) | 1 | x | 2 | |||||||||||||||||||||||||||
14 | Metadata submission "wizard": metadata completion workflow with a schema-consistent metadata as an end-point (in Python, R and workflowized?) | 3 | x | x (?) | 2 | ||||||||||||||||||||||||||
15 | Metadata submission state capture & save to Synapse/locally | 2 | x | x | 3 | ||||||||||||||||||||||||||
16 | Store history of metadata submission state captures saved in Synapse (to enable Redo/Undo similar to provenance) | 3 | x | x | 3 | ||||||||||||||||||||||||||
17 | Assign subset of metadata fields to a set of individuals to fill in so that metadata can be completed collaboratively | 4 | x | x | 13 | ||||||||||||||||||||||||||
18 | Enable comment boxes that can be associated with various attributes; provide initial indication of request type (e.g. question, data model change, help) | 4 | x | x(?) | 15 | ||||||||||||||||||||||||||
19 | Data management | ||||||||||||||||||||||||||||||
20 | Allow linking between entities in Synapse, based on entity schemas. E.g. define a Study related schema - that can be reused by schemas in various Synapse projects - and includes links between publications and datasets. | 3? | x | 12 | |||||||||||||||||||||||||||
21 | List all projects that use a given schema. | 5? | x | 17 | |||||||||||||||||||||||||||
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23 | Metadata management | ||||||||||||||||||||||||||||||
24 | Enable distinct sharing & permission settings applied to subsets of metadata attributes | 4? | x | 4 | |||||||||||||||||||||||||||
25 | Versioned schemas associated with each Synapse entity | 1 | x | 5, 7 | |||||||||||||||||||||||||||
26 | Enable association of schema versions to downstream resources (e.g. data portals, workflows, dataset/files, projects, metadata contribution pipeline) | 1 | x | 5, 6 | |||||||||||||||||||||||||||
27 | Enable listing of resources using schema version X associated with entity Y | 4? | x | x | x | 5 | |||||||||||||||||||||||||
28 | Enable metadata managers to create new schema versions and associate them with entities | 1 | x | x | x(?) | 5 | |||||||||||||||||||||||||
29 | Metadata submission progress dashboard, available both to metadata administrators and users (e.g. track estimated time to completion/percentage across varaious metadata attribute sets; indication of invalid metadata entries captured in latest metadata submission state (i.e. see 15)) | 3? | x(?) | x | 9, 10 | ||||||||||||||||||||||||||
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31 | Data Access & Use | ||||||||||||||||||||||||||||||
32 | Develop a layer converting metadata following a schema associated with a given project/dataset/entity into structured data exposed to search engines (e.g. via hidden "site/dataset map"). | 3 | x | x(?) | 11 | ||||||||||||||||||||||||||
33 | Ability to send updates related to a data release (and metadata schemas version changes) to an existing set of users consuming the dataset files already | 3 | x | 14 | |||||||||||||||||||||||||||
34 | Gold Star given to everyone that submits fully annotated datasets | 4 | x | x(?) | |||||||||||||||||||||||||||
35 | Store a query as a favorite, and receive notifications every time the collection of datasets returned has increased, so that analysis can be done if needed on the latest and greatest data. | 4 | x | 20 | |||||||||||||||||||||||||||
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37 | Interoperability | ||||||||||||||||||||||||||||||
38 | Serialize Synapse schemas to JSON-LD and JSONSchema validation schemas, as applicable | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||
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40 | Data Governance | ||||||||||||||||||||||||||||||
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