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1 | Polymerase | Template | Polymerase Concentration (units/ml) | Template concentration (ng/ul) | Template Length kb) | rNTP Stock concentration (mM) | DTT stock concentration (mM) | |||||||||||||||||||||
2 | NEB T7 | pFC9 | 50,000 | 300 | 3.5 | 25 | 100 | |||||||||||||||||||||
3 | ||||||||||||||||||||||||||||
4 | ||||||||||||||||||||||||||||
5 | Template concentration (nM) | Polymerase Concentration (units / ul) | ||||||||||||||||||||||||||
6 | 129.8701299 | 50 | ||||||||||||||||||||||||||
7 | ||||||||||||||||||||||||||||
8 | Check template concentration calc | Total volume calc | Lots | |||||||||||||||||||||||||
9 | Polymerase Dilutions | Desired | 5 | 20 | NEB 10x Transcription buffer | 10073286 | ||||||||||||||||||||||
10 | Dilution number | 1x Transcription buffer | NEB T7 | Concentration (units / ul) | Calculated | 5 | 18.6 | NEB T7 | 10117895 | 0.00025 | 250 | |||||||||||||||||
11 | STOCK | 0 | 5 | 50 | TRUE | FALSE | NEB rNTPs | 10085968 | ||||||||||||||||||||
12 | Volume previous dilution | promega DTT | 38464 | |||||||||||||||||||||||||
13 | 1 | 2.5 | 2.5 | 25 | ||||||||||||||||||||||||
14 | 2 | 2.5 | 2.5 | 12.5 | 35.95238095 | |||||||||||||||||||||||
15 | 3 | 2.5 | 2.5 | 6.25 | ||||||||||||||||||||||||
16 | 4 | 2.5 | 2.5 | 3.125 | ||||||||||||||||||||||||
17 | 5 | 2.5 | 2.5 | 1.5625 | ||||||||||||||||||||||||
18 | 6 | 2.5 | 2.5 | 0.78125 | ||||||||||||||||||||||||
19 | Total individual dilution volume | 5 | ||||||||||||||||||||||||||
20 | ||||||||||||||||||||||||||||
21 | ||||||||||||||||||||||||||||
22 | Sample number | Total reaction volume (ul) | Template concentration (nM) | Polymerase Dilution | Polymerase Dilution volume (ul) | Units Polymerase | Template volume | Template mass (ng) | Template concentration (ng / ul) | Pol units / ul / nM Template | 10x Transcription buffer | rNTPs | DTT | npH20 | NanoMoles Template | nanoMoles Template / units Pol | ||||||||||||
23 | CTRL | 20 | 5 | CTRL | 0 | 0 | 0.77 | 231 | 11.55 | 0 | 2 | 0.4 | 1 | 13.83 | 0.0001 | 0 | ||||||||||||
24 | STOCK | 20 | 5 | STOCK | 2 | 100 | 0.77 | 231 | 11.55 | 20 | 2 | 0.4 | 1 | 13.83 | 0.0001 | 18 | ||||||||||||
25 | 1 | 20 | 5 | 1 | 2 | 50 | 0.77 | 231 | 11.55 | 10 | 2 | 0.4 | 1 | 13.83 | 0.0001 | 2 | ||||||||||||
26 | 2 | 20 | 5 | 2 | 2 | 25 | 0.77 | 231 | 11.55 | 5 | 2 | 0.4 | 1 | 13.83 | 0.0001 | 4 | ||||||||||||
27 | 3 | 20 | 5 | 3 | 2 | 12.5 | 0.77 | 231 | 11.55 | 2.5 | 2 | 0.4 | 1 | 13.83 | 0.0001 | 8 | ||||||||||||
28 | 4 | 20 | 5 | 4 | 2 | 6.25 | 0.77 | 231 | 11.55 | 1.25 | 2 | 0.4 | 1 | 13.83 | 0.0001 | 16 | ||||||||||||
29 | 5 | 20 | 5 | 5 | 2 | 3.125 | 0.77 | 231 | 11.55 | 0.625 | 2 | 0.4 | 1 | 13.83 | 0.0001 | 32 | ||||||||||||
30 | 6 | 20 | 5 | 6 | 2 | 1.5625 | 0.77 | 231 | 11.55 | 0.3125 | 2 | 0.4 | 1 | 13.83 | 0.0001 | 64 | ||||||||||||
31 | ||||||||||||||||||||||||||||
32 | Total | 160 | 6.16 | 16 | 3.2 | 8 | 110.64 | |||||||||||||||||||||
33 | ||||||||||||||||||||||||||||
34 | Master mixes | |||||||||||||||||||||||||||
35 | Multiplier | 1.2 | ||||||||||||||||||||||||||
36 | ||||||||||||||||||||||||||||
37 | npH20 | 10x Transcription buffer | Template | rNTPs | DTT | Total Volume | ||||||||||||||||||||||
38 | 132.768 | 19.2 | 7.392 | 3.84 | 9.6 | 172.8 | 21.6 | |||||||||||||||||||||
39 | ||||||||||||||||||||||||||||
40 | ||||||||||||||||||||||||||||
41 | Sample setup | |||||||||||||||||||||||||||
42 | Sample Number | Volume Transcription master mix | Polymerase Dilution | Polymerase Dilution Volume | npH20 | Pol units / ul / nM Template | Template concentration (nM) | Polymerase concentration (units) | ||||||||||||||||||||
43 | CTRL | 18 | CTRL | 0 | 2 | 0 | 5 | 0 | ||||||||||||||||||||
44 | STOCK | 18 | STOCK | 2 | 0 | 20 | 5 | 100 | ||||||||||||||||||||
45 | 1 | 18 | 1 | 2 | 0 | 10 | 5 | 50 | ||||||||||||||||||||
46 | 2 | 18 | 2 | 2 | 0 | 5 | 5 | 25 | ||||||||||||||||||||
47 | 3 | 18 | 3 | 2 | 0 | 2.5 | 5 | 12.5 | ||||||||||||||||||||
48 | 4 | 18 | 4 | 2 | 0 | 1.25 | 5 | 6.25 | ||||||||||||||||||||
49 | ||||||||||||||||||||||||||||
50 | ||||||||||||||||||||||||||||
51 | ||||||||||||||||||||||||||||
52 | ||||||||||||||||||||||||||||
53 | ||||||||||||||||||||||||||||
54 | ||||||||||||||||||||||||||||
55 | ||||||||||||||||||||||||||||
56 | ||||||||||||||||||||||||||||
57 | 1 | 0.05 | 0.1 | 0.15 | 0.2 | 0.25 | ||||||||||||||||||||||
58 | ||||||||||||||||||||||||||||
59 | ||||||||||||||||||||||||||||
60 | 1.55 | |||||||||||||||||||||||||||
61 | 35.96287703 | |||||||||||||||||||||||||||
62 | ||||||||||||||||||||||||||||
63 | ||||||||||||||||||||||||||||
64 | ||||||||||||||||||||||||||||
65 | ||||||||||||||||||||||||||||
66 | ||||||||||||||||||||||||||||
67 | ||||||||||||||||||||||||||||
68 | ||||||||||||||||||||||||||||
69 | ||||||||||||||||||||||||||||
70 | ||||||||||||||||||||||||||||
71 | ||||||||||||||||||||||||||||
72 | ||||||||||||||||||||||||||||
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100 |