ABCDEFGHIJKL
1
Отметка времениФамилияИмяФакультетТекст вопроса
Файл с материалами, необходимыми для воспроизведения проблемы (опционально, до 10 Мб)
Автор ответаОтвет
2
17.03.2022 16:33:34БуркинКонстантинХимическийМне нужно для научной работы найти род-специфичные праймеры для использования в анализе ДНК Fusarium. Я попробовал найти такие праймеры вручную, при помощи базы данных NCBI.

Я выбрал в качестве исследуемой последовательности 18S rRNA.
- используется для таксономии грибов/плесени
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/B9780128096338201787
- высоко консервативны внутри рода
https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0131498

Поэтому я нашел 18S rRNA трех организмов Fusarium:
a. Fusarium verticillioides https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/XR_001989353.1
b. Fusarium graminearum https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/XR_893051.1
c. Fusarium oxysporum https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/XR_001936474.1

Скачал их последовательности, выполнил ClustalW alignment на сайте: https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/

Выравнивание показало, что почти вся последовательность кадого из организмов совпадала (см. 1_alignment.png).

Для сравнения взял 18S rRNA Homo Sapience. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NR_145820.1
Также провел выравнивание. Результат показал не полное совпадение. Участки подчеркнутые красным цветом (см. 2_alignment.png) предполагается использовать как праймеры для анализа ДНК.


Скажите, пожалуйста, корректен ли такой подход?
Можно ли таким способом находить род-специфичные праймеры?
Есть ли другой более простой способ (автоматизированный)?
Есть ли методика поиска род-специфичных праймеров?
https://drive.google.com/open?id=1yfTAwDVCyj3U0_0c_JrDeX4WCsjKdrIO
С.А.СпиринПервое, на что хочется обратить внимание, это то, что если вам нужны именно род-специфичные праймеры, то сравнивать последовательности из рода Fusarium нужно не с Homo, а с другими родами того же семейства. Посмотрите классификацию: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=5506 и подравняйте к своим последовательностям несколько (не одну!) гомологичных последовательностей других родов того же семейства.
Есть и другие соображения, напишите мне на sas@belozersky.msu.ru. Вообще по возможности задавайте здесь вопросы по курсу, а более специальные — на почту.
3
19.05.2022 10:37:39КильстинЛеонидХимический
Здравствуйте! Подскажите, пожалуйста, что нужно, для того, чтобы проставить зачет в зачетную книжку?
4
22.10.2022 14:37:57ФадееваОльгаФКИ
Здравствуйте! Есть ли возможность пересдать МФК? И что для этого нужно подготовить? Рассказы по скольки темам или что-то другое?
Спасибо!
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23