Haplogroup S Tree
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1
Y-DNA Haplogroup S and its Subclades - 2018
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Version History
Last revision date for this specific page: 1 January 2018
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Because of continuing research, structure of the Y-DNA Haplogroup Tree changes, ISOGG does its best to update it.
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If differences need clarification or if you find broken links on this page:
Email Ray Banks
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LINKS:
Main Page
Listing Criteria
Papers/Presentations Cited
Y-DNA Tree Trunk
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Glossary
SNP Index
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16
FONT COLORS:
Newly confirmed in 2018 within subclade
Confirmed within subclade
Investigational items
17
18
SYMBOLS:
^ Indicates a next-generation sequencing entry which does not yet meet quality guidelines for minimum number of reads.
19
^^ Indicates an entry which does not meet quality guidelines but may be helpful.
20
~ Indicates only an approximate location on the tree.
21
22
The criteria for a representative SNP printed in bold for a subclade is: traditional usage, testing done in multiple labs, and/or being found in the area of the chromosome used in recent research studies.
23
SNPs listed below in italics (colored black or red) are quality variants from next-generation sequencing reports consistently showing as representing that subgroup.
24
DID YOU NOTICE that the items in gray sometimes have a long name preceding their listing that is the same as just above? In this situation, evidence seems to indicate they also seem to belong to the same subgroup, but some confirmatory evidence is not yet available.
25
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Contact Person, Haplogroup S:
Gareth Henson
27
28
SB254, Z33355
29
S1B255
30
S1a Z41335, Z41336, Z41337, Z41338, Z41339, Z41340, Z41341
31
S1a~P405
32
S1a1 Z42413, Z42414, Z42415, Z42416, Z42417, Z42418. Z42419, Z42420
33
S1a1a Z41513, AM00651.2/Z33118.2, FGC17153.2/V3938.2/Z18210.2, FGC38729, M10072, Z41514, Z41515, Z41516, Z41517, Z41518, Z41519, Z41520, Z41521, Z41522, Z41523, Z41524, Z41525, Z41526, Z41527, Z41528. Z41529, Z41530, Z41531, Z41532, Z41533, Z41534, Z41535, Z41536, Z41537, Z41538, Z41539, Z41540, Z41541, Z41542, Z41543, Z41544, Z41545, Z41546, Z41547, Z41548, Z41549, Z41550, Z41551, Z41552, Z41553, Z41554, Z41555, Z41556, Z41557, Z41558, Z41559, Z41560, Z41561, Z41562, Z41563, Z41564, Z41565, Z41566, Z41567, Z41568, Z41569, Z41570, Z41571, Z41572, Z41573, Z41574, Z41575, Z41576, Z41577, Z41578, Z41579, Z41580, Z41581, Z41582, Z41583, Z41584, Z41585, Z41586, Z41587, Z41588, Z41589, Z41590, Z41591, Z41592, Z41593, Z41594, Z41595, Z41596, Z41597, Z41598, Z41599, Z41600, Z41601, Z41602, Z41603, Z41604, Z41605, Z41606, Z41607, Z41608, Z41609, Z41610, Z41611, Z41512, Z41613, Z41614, Z41615, Z41616, Z41617, Z41618, Z41619, Z41620, Z41621. Z41622, Z41623, Z41624, Z41625, Z41626
34
S1a1a1P308, Z41663, Z41664, Z41665, Z41666, Z41667, Z41668, Z41669, Z41670. Z41671, Z41672, Z41673, Z41674, Z41675, Z41676, Z41677, Z41678, Z41679, Z41680, Z41681, Z41682, Z41683, Z41684, Z41685, Z41686, Z41687, Z41688, Z41689, Z41690, Z41691, Z41692, Z41693, Z41694, Z41695, Z41696, Z41697, Z41698, Z41699, Z41700, Z41701. Z41702, Z41703, Z41704. Z41705, Z41706, Z41707, Z41708, Z41709, Z41710, Z41711, Z41712, Z41713, Z41714, Z41715, Z41716, Z41717, Z41718, Z41719, Z41720, Z41721, Z41722, Z41723, Z41724, Z41725, Z41726, Z41727, Z41728, Z41729, Z41730, Z41731, Z41732, Z41733, Z41734, Z41735, Z41736, Z41737, Z41738, Z41739, Z41740, Z41741, Z41742, Z41743, Z41744, Z41745, Z41746, Z41747
35
S1a1a1~P60
36
S1a1a1a~
Z41753, Z41754, Z41755, Z41756, Z41757
37
S1a1a1b~
Z41758, Z41759, Z41760, Z41761, Z41762
38
S1a1a1~Z42470
39
S1a1bM230, P202
40
S1a1b1M254
41
S1a1b1aP57
42
S1a1b1bP61
43
S1a1b1cP83.1
44
S1a1b1dSK1891, BY3295, SK1892, SK1893, SK1894, SK1895, SK1896, SK1898, SK1899, SK1901, Z33752, Z33753, Z41356, Z41357, Z41358, Z41359, Z41360, Z41361, Z41362, Z41363, Z41364, Z41365, Z41366, Z41367, Z41368, Z41369, Z41370, Z41371, Z41372, Z41373, Z41374, Z41375, Z41376, Z41377, Z41378. Z41379, Z41380, Z41381, Z41382, Z41383, Z41384, Z41385, Z41386, Z41387, Z41388, Z41390, Z41391, Z41392, Z41393, Z41394, Z41395, Z41396, Z41397, Z41398, Z41399, Z41400, Z41401, Z41402, Z41403, Z41404, Z41410, Z41411, Z41412, Z41413, Z41414, Z41415, Z41416, Z41417, Z41418, Z41419, Z41420, Z41421, Z41422, Z41423, Z41424, Z41425, Z41426, Z41427, Z41428, Z41429, Z41430. Z41431, Z41432. Z41433. Z41434, Z41435, Z41436, Z41437, Z41438, Z41439, Z41440, Z41441, Z41442, Z41443, Z41444, Z41445, Z41446, Z41447, Z41448, Z41449, Z41450, Z41451, Z41452, Z41453, Z41455, Z41456, Z41457, Z41458, Z41459, Z41460, Z41461, Z41462, Z41463, Z41464. Z41465, Z41466, Z41467, Z41468, Z41469, Z41470, Z41471, Z41472, Z41473, Z41474, Z41475, Z41476, Z41477, Z41478, Z41479, Z41480, Z41481, Z41482, Z41483, Z41484, Z41485, Z41486, Z41487, Z41488, Z41489, Z41490, Z41491, Z41492, Z41493, Z41494, Z41495, Z41496, Z41497, Z41498, Z41499, Z41500, Z41501, Z41502, Z41503, Z41504
45
S1a1b1d~
Z41355, Z41389, Z41454
46
S1a1b1d1Z41342, Z41343
47
S1a1b1d1aM226.1
48
S1a1b1d1a~SK1906, SK1907, SK1909, SK1910, SK1912, Z41344, Z41345, Z41346, Z41347, Z41348
49
S1a1b1d1b~SK1902, SK1903, SK1904, SK1905, Z41349, Z41350, Z41351, Z41352, Z41353
50
S1a1b1d2~
Z42467
51
S1a1b1d2a~
Z41505, Z41506, Z41507, Z41508, Z41509
52
S1a1b1d2b~
Z33754, Z33755
53
S1a2~
P79, P307
54
S1a3
P315/Z41769
55
S1a3aZ41763, FGC9126, FGC36892, PLE10.2, PR495.2/Y11835.2, YP4064, Z41764, Z41765, Z41767, Z41768, Z41770, Z41771, Z41772, Z41773, Z41774, Z41775, Z41776, Z41777, Z41778, Z41779, Z41780, Z41781, Z41782, Z41783, Z41784, Z41785, Z41786, Z41787, Z41788, Z41789, Z41790, Z41791, Z41792, Z41793, Z41794, Z41795, Z41796, Z41797, Z41798, Z41799, Z41800, Z41801, Z41802, Z41803, Z41804, Z41805, Z41806, Z41807, Z41808, Z41809, Z41810, Z41811, Z41812, Z41813, Z41814, Z41815, Z41816, Z41817, Z41818, Z41819, Z41820, Z41821, Z41822, Z41823, Z41824, Z41825, Z41826, Z41827, Z41828, Z41829, Z41830, Z41831, Z41832, Z41833, Z41834, Z41835, Z41836, Z41837, Z41838, Z41839, Z41840, Z41841, Z41842, Z41843, Z41844, Z41845, Z41846, Z41847, Z41848, Z41849, Z41850, Z41851, Z41852. Z41853, Z41854, Z41855, Z41856, Z41857, Z41858, Z41859, Z41860, Z41861, Z41862, Z41863, Z41864, Z41865, Z41866, Z41867, Z41868, Z41869, Z41870, Z41871, Z41872, Z41873, Z41874, Z41875, Z41876, Z41877, Z41878, Z41879, Z41880, Z41881, Z41882, Z41883, Z41884, Z41885, Z41886, Z41887, Z41888, Z41889, Z41890, Z41891, Z41892, Z41893, Z41894, Z41895, Z41896, Z41897, Z41898, Z41899, Z41900, Z41901, Z41902, Z41903, Z41904, Z41905, Z41906, Z41907, Z41908, Z41909, Z41910, Z41911, Z41912, Z41913, Z41914, Z41915
56
S1a3a1~Z41916, Z41917, Z41918, Z41919, Z41920
57
S1a3a2~Z41921, Z41922, Z41923, Z41924, Z41925
58
S1a3b~P401
59
S1b~B275, Z33756, Z33757, Z33758, Z33759
60
S1c~Z41926, Z41927, Z41928, Z41929, Z41930
61
S1dSK1806, FGC5054, FGC22541.2, FGC43097.2, S777, SK1807, SK1809, SK1810, SK1812, SK1813, SK1814, SK1816, SK1821, SK1822, SK1824, Z41931, Z41932, Z41933, Z41934, Z41935, Z41936, Z41937, Z41938, Z41939, Z41940, Z41941, Z41942, Z41943, Z41944, Z41945, Z41946, Z41947, Z41948, Z41949, Z41950, Z41951, Z41952, Z41953, Z41954, Z41955, Z41956, Z41957, Z41958, Z41959, Z41960, Z41961, Z41962, Z41963, Z41964, Z41965, Z41966, Z41967, Z41968, Z41969, Z41970, Z41971, Z41972, Z41973, Z41974, Z41975, Z41976, Z41977, Z41978, Z41979, Z41980, Z41981, Z41982, Z41983, Z41984, Z41985, Z41986, Z41987, Z41988, Z41989, Z41990, Z41991, Z41992, Z41993, Z41994, Z41995, Z41996, Z41997, Z41998, Z41999, Z42000, Z42001, Z42002, Z42003, Z42004, Z42005, Z42006, Z42007, Z42008, Z42009, Z42010, Z42011, Z42012, Z42013, Z42014, Z42015, Z42016, Z42017, Z42018, Z42019, Z42020, Z42021, Z42022, Z42023, Z42024, Z42025, Z42026, Z42027, Z42028, Z42029, Z42030, Z42031, Z42032, Z42033, Z42034, Z42035, Z42036, Z42037, Z42038, Z42039. Z42040, Z42041, Z42042, Z42043, Z42044, Z42045, Z42046, Z42047, Z42048, Z42049, Z42050, Z42051, Z42052, Z42053, Z42054, Z42055, Z42056, Z42057, Z42058, Z42059, Z42060, Z42061, Z42062, Z42063, Z42064, Z42065, Z42066, Z42067, Z42068, Z42069, Z42070, Z42071, Z42072, Z42073, Z42074, Z42075, Z42076, Z42077, Z42078, Z42079, Z42080, Z42146, Z42147, Z42148, Z42149, Z42150, Z42151, Z42152, Z42153, Z42154, Z42155, Z42156, Z42157, Z42158, Z42159, Z42160, Z42161, Z42162, Z42163, Z42164, Z42165, Z42166, Z42167, Z42168, Z42169, Z42170, Z42171, Z42172, Z42173, Z42174, Z42175, Z42176, Z42177, Z42178, Z42179, Z42180, Z42181, Z42182, Z42183, Z42184, Z42185, Z42186, Z42187, Z42188, Z42189, Z42190, Z42191, Z42192, Z42193, Z42194, Z42195, Z42196, Z42197, Z42198, Z42199, Z42200, Z42201, Z42202, Z42203, Z42204, Z42205, Z42206, Z42207, Z42208, Z42209, Z42210, Z42211, Z42212, Z42213, Z42214, Z42215, Z42216, Z42217, Z42218, Z42219, Z42220, Z42221, Z42222, Z42223, Z42224, Z42225, Z42226, Z42227, Z42228
62
S1d1~SK1827
63
S2P378^^, B273.2/JN32.2/Y15622.2, Z33356, Z33357, Z33358, Z33359, Z33360, Z33361, Z33362, Z33363, Z33364, Z33365, Z33366, Z33367, Z33368, Z33369, Z33370, Z33371, Z33372, Z33373, Z33374, Z33375, Z33376, Z33377, Z33378, Z33379, Z33380, Z33381, Z33382, Z33383, Z33384, Z33385, Z33386, Z33388, Z33389, Z33390, Z33391, Z33392, Z33393, Z33394, Z33395, Z33396, Z33397, Z33398, Z33399, Z33400, Z33401, Z33402, Z33403, Z33404, Z33405, Z33406, Z33407, Z33408, Z33409, Z33410, Z33411, Z33412, Z33413, Z33414, Z33415, Z33416, Z33417, Z33418, Z33419, Z33420, Z33421, Z33422, Z33423, Z33424, Z33425, Z33426, Z33427, Z33428, Z33429, Z33430, Z33431, Z33432, Z33433, Z33434, Z33435, Z33436, Z33437, Z33438, Z33439, Z33440, Z33442, Z33444, Z33446, Z33447, Z33448, Z33453, Z33457, Z33458, Z33460, Z33461, Z33462, Z33463, Z33464, Z33465, Z33466, Z33467, Z33468, Z33469, Z33470, Z33473, Z33475, Z33477, Z33478, Z33479, Z33480, Z33481, Z33482, Z33483, Z33484, Z33485, Z33486, Z33487, Z33488, Z33489, Z33490, Z33491, Z33492, Z33493, Z33494, Z33495, Z33496, Z33497, Z33498, Z33499, Z33500, Z33501, Z33502, Z33503, Z33504, Z33505, Z33506, Z33507, Z33508, Z33509, Z33510, Z33511, Z33512, Z33513, Z33514, Z33515, Z33516, Z33518, Z33519, Z33520, Z33521, Z33523, Z33524, Z33525, Z33526, Z33527, Z33528, Z33529, Z33531, Z33532, Z33533, Z33534, Z33535, Z33536, Z33537, Z33538, Z33539, Z33540, Z33541, Z33542, Z33543, Z33544, Z33545, Z33546, Z33547, Z33548, Z33549, Z33550, Z33551, Z33552, Z33553, Z33554, Z33555, Z33556, Z33557, Z33558, Z33559, Z33560, Z33561, Z33562, Z33564, Z33565, Z33566, Z33567, Z33568, Z33569, Z33570, Z33571, Z33572, Z33573, Z33574, Z33575, Z33576, Z33577, Z33578, Z33579, Z33580, Z33581, Z33583, Z33584, Z33585, Z33586, Z33587, Z33588, Z33589, Z33590, Z33591, Z33592, Z33593, Z33594, Z33597, Z33598, Z33599, Z33601, Z33602, Z33603, Z33604, Z33605, Z33606, Z33607, Z33608, Z33609, Z33610, Z33611, Z33612, Z33613, Z33614, Z33615, Z33616, Z33617, Z33618, Z33619, Z33620, Z33621, Z33622, Z33624, Z33626, Z33627, Z33628, Z33629, Z33630, Z33631, Z33632, Z33633, Z33634, Z33636, Z33637, Z33638, Z33639, Z33640, Z33641, Z33642, Z33643, Z33644, Z33645, Z33646, Z33648, Z33649, Z33650, Z33651, Z33652, Z33653, Z33654, Z33655, Z33656, Z33658, Z33659, Z33660, Z33662, Z33663, Z33664, Z33665, Z33666, Z33667, Z33668, Z33669, Z33670, Z33671, Z33672, Z33673, Z33674, Z33675, Z33676, Z33677, Z33678, Z33679, Z33680, Z33681, Z33682, Z33683, Z33684, Z33685, Z33686, Z33687, Z33688, Z33689, Z33690, Z33691, Z33692, Z33693, Z33694, Z33696, Z33697, Z33698, Z33700, Z33701, Z33702, Z33703, Z33704, Z33705, Z33706, Z33707, Z33708, Z33709, Z33710, Z33711, Z33712, Z33713, Z33714, Z33715, Z33716, Z33717, Z33719, Z33721, Z33722, Z33723, Z33724, Z33725, Z33726, Z33727, Z33728, Z33729, Z33737, Z33739
64
S2a~B276, Z33744, Z33746, Z33747
65
S2b~Z33748, Z33750, Z33751, Z41332, Z41333
66
S3~P336
67
S4~Z44870, Z44871, Z44872, Z44873, Z44874
68
69
MUTATION INFORMATION AT VERY BOTTOM HERE
70
71
NOTES:
72
Haplogroup S was formerly called K5 and was first called S in the Karafet et al (2008) paper.
73
74
75
Y-DNA haplogroup S is a major haplogroup in the highlands of mainland Papua New Guinea where it is found at frequencies of around 50% in some populations and is also present at lower frequencies in adjacent islands of Indonesia and Melanesia and even in the Philippines.
76
77
Geographical Distribution of ancestry of men in Haplogroup S (not complete):
78
79
S1a1
Z42413 Indonesia
80
S1a1a1 P60 Australia (Aborigines)
P60 Australia (Aborigines)
81
S1a1b1d1a M226.1 Papua New Guines, Admiralty Islands
M226,1 Papua New Guinea, Admiralty Islands
82
S1a2
P79 Melanesia, Papua New Guinea including Admiralty Islands
83
S1a3
P315 Australia (Aborigines)
84
S1a3b
P401
Vanuatu
85
S1b
B275 Philippines (Bajos)
86
S2
B273 Philippines (Aeta)
87
S3
P336 Indonesia
88
S4
Z44870 Malaysia
89
90
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