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1 | In House | |||||||||||||||||||||||
2 | Shape 1 | Shape 2 | Shape 3 | Shape 4 | Shape 5 | Shape 6 | ||||||||||||||||||
3 | Dataset Name | Source | Location | # of images | Name | Format | # | Name | Format | # | Name | Format | # | Name | Format | # | Name | Format | # | Name | Format | # | Notes | |
4 | Atria (LA-RA-S) | /usr/sci/datanew/SSM-Data/In-House/Atria/ | 31 | Left Artium | .nrrd | 31 | Right Atrium | .nrrd | 31 | Septum | .nrrd | 31 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||
5 | Right Ventricle - Normal | Ashley | /usr/sci/datanew/SSM-Data/In-House/Right_Ventricle/ | 32 | Right Ventricle | .nrrd | 32 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||
6 | Right Ventricle - Pathology | Ashley | /usr/sci/datanew/SSM-Data/In-House/Right_Ventricle/ | 22 | Right Ventricle | .nrrd | 22 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||
7 | Biventricle - Normal | Brian | /usr/sci/datanew/SSM-Data/In-House/Biventricle/ | 6 | Epi | .nrrd | 6 | LV-Endo | .nrrd | 6 | LV-Wall | .nrrd | 6 | RV-Endo | .nrrd | 6 | RV-Wall | .nrrd | 6 | Wall | .nrrd | 6 | ||
8 | Biventricle - Pathology | Brian | /usr/sci/datanew/SSM-Data/In-House/Biventricle/ | 25 | Epi | .nrrd | 25 | LV-Endo | .nrrd | 25 | LV-Wall | .nrrd | 25 | RV-Endo | .nrrd | 25 | RV-Wall | .nrrd | 25 | Wall | .nrrd | 25 | ||
9 | Left Atrium (LA) | Andie | /usr/sci/datanew/SSM-Data/In-House/Left_Atrium/LA Script | 448 | Left Artium | .nrrd | 448 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||
10 | Left Atrium Appendage (LAA) | Alan | /usr/sci/datanew/SSM-Data/In-House/LA_Appendage/ | 243 | LAA | .nrrd | 243 | Shrinkwrap LA | .nrrd | 243 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||
11 | Ankle | Amy | /usr/sci/datanew/SSM-Data/In-House/Ankle/ | 27 | Calcaneous | .ply | 27 | Cuboid | .ply | 27 | Navicular | .ply | 27 | Talus | .ply | 27 | - | - | - | - | - | - | ||
12 | Shoulder - Normal | Heath | /usr/sci/datanew/SSM-Data/In-House/Shoulder/ | 104 | Scapula | .nrrd | 104 | Humerus | .nrrd | 94 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||
13 | Shoulder - Pathological | Heath | /usr/sci/datanew/SSM-Data/In-House/Shoulder/ | 132 | Scapula | .nrrd | 132 | Humerus | .nrrd | 122 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||
14 | Hip | Andy | /usr/sci/datanew/SSM-Data/In-House/Hip/ | 219 | Pelvis cortical | .vtk | 225 | Femur cortical | .vtk | 262 | Pelvis trabecular | .vtk | 30 | Femur trabecular | .vtk | 30 | Femur with thickness | .vtk | 72 | Sacrum | .vtk | 52 | Total counts: 'fcart.vtk': 23, 'femur.vtk': 262, 'femur_trabec.vtk': 30, 'femur_w_thick.vtk': 72, 'labrum.vtk': 8, 'pcart.vtk': 8, 'pcart_labrum.vtk': 26, 'pelvis.vtk': 225, 'pelvis_and_labrum.vtk': 5, 'pelvis_trabec.vtk': 30, 'sacrum.vtk': 51, 'sacrum_solo.vtk': 50 | |
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16 | Public | |||||||||||||||||||||||
17 | Shape 1 | Shape 2 | Shape 3 | Shape 4 | Shape 5 | Shape 6 | ||||||||||||||||||
18 | Dataset Name | Source | Location | # of images | Name | Format | # | Name | Format | # | Name | Format | # | Name | Format | # | Name | Format | # | Name | Format | # | Notes | |
19 | Prostate MRI | https://central.xnat.org/app/template/XDATScreen_report_xnat_projectData.vm/search_element/xnat:%20projectData/search_field/xnat:projectData.ID/search_value/NCIGT_PROSTATE | /usr/sci/datanew/SSM-Data/Public_Data/Prostate_MRI/ | 9 | Prostate | .nrrd | 9 | |||||||||||||||||
20 | CARMA | https://www.insight-journal.org/midas/collection/view/197 | /usr/sci/datanew/SSM-Data/Public_Data/CARMA_Longitudinal_Left_Atrium/ | 155 | LA endo | .nrrd | 155 | LA endo no veins | .nrrd | 155 | LA wall | .nrrd | 155 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 60 unique patients - pre and post | |
21 | Nucleus | https://murphylab.web.cmu.edu/software/2015_MBoC_Cell_And_Nuclear_Shape/ | /usr/sci/datanew/SSM-Data/Public_Data/HeLa_Cell/ | 182 | DNA | .nrrd | 182 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||
22 | OAI Knee | https://oai.epi-ucsf.org/datarelease/ | /usr/sci/datanew/SSM-Data/Public_Data/OAI_Knee/ | 140 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |||||||||||
23 | MSD Heart | http://medicaldecathlon.com/index.html | /usr/sci/datanew/SSM-Data/Public_Data/Med_Seg_Decathlon_Task02_Heart/ | 30 | Left Atrium | .nrrd | 20 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||
24 | MSD Hippocampus | http://medicaldecathlon.com/index.html | /usr/sci/datanew/SSM-Data/Public_Data/Med_Seg_Decathlon_Task04_Hippocampus/ | 390 | Hippocampus | .nrrd | 269 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||
25 | MSD Prostate | http://medicaldecathlon.com/index.html | /usr/sci/datanew/SSM-Data/Public_Data/Med_Seg_Decathlon_Task05_Prostate/ | 48 | Prostate | .nrrd | 32 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ||
26 | MSD Spleen | http://medicaldecathlon.com/index.html | /usr/sci/datanew/SSM-Data/Public_Data/Med_Seg_Decathlon_Task09_Spleen/ | 61 | Spleen | .nrrd | 41 | |||||||||||||||||
27 | Stanford Knee | https://stanfordaimi.azurewebsites.net/datasets/4aaeafb9-c6e6-4e3c-9188-3aaaf0e0a9e7 | /usr/sci/datanew/SSM-Data/Public_Data/Stanford_Knee_MRNetData/ | 155 | femoral_cartilage | .nrrd | 155 | meniscus_lateral | .nrrd | 155 | meniscus_medial | .nrrd | 155 | patellar_cartilage | .nrrd | 155 | tibial_cartilage_lateral | .nrrd | 155 | tibial_cartilage_medial | .nrrd | 155 | ||
28 | TotalSegmentator | https://github.com/wasserth/TotalSegmentator | /usr/sci/datanew/SSM-Data/Public_Data/Totalsegmentator_dataset/ | 1204 | There are 104 different shapes all in .nrrd format, for counts of each shape see /usr/sci/datanew/SSM-Data/Public_Data/Totalsegmentator_dataset/all_shape_counts.json | |||||||||||||||||||
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