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1 | wk | day | topic | theme | willing instructors | co-instructor | primary learning outcomes | ||||||||||||||||||||||
2 | 1 | 1 | intro to servers | fundamental open science skills | matt, | ||||||||||||||||||||||||
3 | 1 | 1 | unix tools | matt, julien | |||||||||||||||||||||||||
4 | 1 | 1 | Social aspects of collaboration, high-performing groups, data policies | ||||||||||||||||||||||||||
5 | 1 | 1 | (R)markdown | intro to markdown and its R flavor | julien | from code to notebook: learn the markdown syntax, what is R markdown and how to render it and why should we use it. Jupyter notebook as an alternative | |||||||||||||||||||||||
6 | 1 | 1 | Git and GitHub | code versioning and sharing | matt, julien | learn git basic commands and be able to integrate it into their own workflow; (include Git/GitHub integration in R Studio?) | |||||||||||||||||||||||
7 | 1 | 2 | Data summarization and cleansing | Checking data | |||||||||||||||||||||||||
8 | 1 | 2 | Data Management | ||||||||||||||||||||||||||
9 | 1 | 2 | Facilitating group discussions | ||||||||||||||||||||||||||
10 | 1 | 2 | bash shell scripting | ||||||||||||||||||||||||||
11 | 1 | 3 | Overview of Data models, esp the relational model | to enhance understanding of how data are organized (or not!) according to specific conceptual models. | |||||||||||||||||||||||||
12 | 1 | 3 | Data wrangling in R | data modeling concepts (should it be a separate session?) and data manipulations using R | julien, | to get exposition to data normalization concepts, wide vs long formats and tools to implement them in R (more likly tidyverse, but also data.table) | |||||||||||||||||||||||
13 | 1 | 3 | Message box 2: Group exchange and feedback | ||||||||||||||||||||||||||
14 | 1 | 4 | SQL and databases | ||||||||||||||||||||||||||
15 | 1 | 4 | DataONE R client | ||||||||||||||||||||||||||
16 | 1 | 4 | advanced unix tools and regex | matt, julien | |||||||||||||||||||||||||
17 | 1 | 5 | meta-analysis | advanced synthesis | chris | Julien | to be able to do a meta-analysis in R, to appreciate the challenges associated with scraping primary data from the lit, to be able to do a transparent synthesis workflow | ||||||||||||||||||||||
18 | 2 | 1 | Data wrangling in R | tidy data | bryce | chris | work within tiyverse and dplyr to be able to use pipes, filter data and combine datasets | ||||||||||||||||||||||
19 | 2 | Debugging with Rstudio | overview of the debugger interface | julien | know how to debugg a code | ||||||||||||||||||||||||
20 | 2 | intro to OO | functions, scope and modular code | best practices awareness (DRY, KISS,..), creating modular code through functions, what is a scope | |||||||||||||||||||||||||
21 | 2 | Code optimization | profiling, vectorization and multiprocessing | julien | intro to profiling (system.time, microbenchmark, profvis), apply functions and multiprocessing (foreach, mclapply) | ||||||||||||||||||||||||
22 | Reproducible science | clarify what is "Open Science", differences among repeatability, reproducibility, replicability, transparency, etc. Outline both methods and products involved w Open Science | |||||||||||||||||||||||||||
23 | 2 | 2 | Data semantics and annotation | to enhance understanding of how data are assertions of "facts" typically involving "measurements" of "characteristics" of "entities". To enhance understanding of how Web-resolvable unique identifers can lead to greater clarity in referencing types of facts and measurements-- essential to enabling synthesis and integration across information resources | |||||||||||||||||||||||||
24 | 2 | intro to GIS | Leah | ||||||||||||||||||||||||||
25 | 2 | intro to RS | Leah | ||||||||||||||||||||||||||
26 | HDF5?? | Leah ? | Matt mentioned this - i think if we do remote sensing we could do hdf5 or 4 depending on what products we use. accessing them is different in R. | ||||||||||||||||||||||||||
27 | 3 | geospatial analysis | Leah (if it's not spatial statistics - someone else should cover stats like Ben) | ||||||||||||||||||||||||||
28 | 3 | video story telling | chris | ||||||||||||||||||||||||||
29 | 3 | Data visualization | Data visualization and interactive tools | Leah, Chris | ggplot, plotly, html widgets, shiny | ||||||||||||||||||||||||
30 | 3 | 1 | bioinformatics | tracy | |||||||||||||||||||||||||
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39 | NOTE from Leah: not sure were to put this however i'm open to staying a week or a bit more than a week and maybe it would make sense to have that be the secondish half of week 2 into mid week 3? that way i could help the students and also potentially help with the data viz and video stuff which i enjoy!! i'd rather stay over the weekend than travel 2 weekends given my schedule. | ||||||||||||||||||||||||||||
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