TPP datasheet
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ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZAAAB
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上位概念データの種類有田グループ黒川グループ菅野グループ成松グループ桝屋グループ田畑グループ大浪グループDBCLSグループNBDCドキュメント担当グループ共通
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-biological entity、生物種桝屋・藤澤
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名前(skosに近いもの)あるいは、メタクラス(階層ランク)。(おそらく)sio:範囲外、bfo:範囲外、yamato:universal
生物種、育種
NCBI_taxonomy
NCBI_taxonomy
桝屋・藤澤
taxonomy ontologyを使う(桝屋・田畑・有田・成松・黒川)プロパティでタクソンをつける
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sio:biological entityおよびanatomical entity(バグ?), bfo:material entity, yamato:biological entity系統、株、家系桝屋・藤澤
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バイオサンプル?桝屋・藤澤
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ウイルス・バクテリア桝屋・藤澤
微生物の糖鎖情報:http://csdb.glycoscience.ru/bacterial/index.html?help=extras#rdf
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部位MA
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bfo:material entityChemical entity
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化合物(代謝物)ChemInfCHEMINF, SIO山田
cheminf: https://code.google.com/p/semanticchemistry/
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糖鎖GlycoRDF山田
GlycoRDF: http://www.glycoinfo.org/GlycoRDF
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プロテオーム関連
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糖タンパク質(メインは配列? 保留)
GlycoProtDB:PTM
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ゲノム関連
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分子とするか、配列とするか・・・ゲノムSO, INSDCOSO, INSDCO片山
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ゲノムの中の位置情報FALDOFALDOFALDO片山
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オルソログOrthO千葉
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遺伝子・遺伝マーカー・QTLMGI, ZFINSO, FALDO片山
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アレル,バリアント、SNP、GenotypeGFVO片山
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エピゲノム片山
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実験結果、データ
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マススペクトル(まとめデータ)
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表現型MPOGGDontoPATO, MPMPO
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動態
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植物疾患、病害抵抗性
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ヒト疾患PDO
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RNAseq
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トランスクリプトーム
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実験条件MSV
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環境MEOMEO
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生物—生物関係としての薬理活性
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メタゲノムMSV
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培地GMOGMO
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実験方法NGSOnto
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論文櫛田
参照するpredicate: reference、object: PMID, DOI, J-Global ID, NII論文ID(NAID), JAIRO ID,
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データベースリンク集
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RDFデータを作成する/持っている
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他で作られたRDFを参照する
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なければ作るができれば参照したい・・・
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