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1 | Topic | Instructor | Reading | Assignment Due | Traveling | ||||||||||||||||||||||
2 | T | Jan 10 | Introduction, Intro. Unix | MBH | VB ch1-2 | TH | |||||||||||||||||||||
3 | R | Jan 12 | Intro. Unix | MBH | VB ch3 | ||||||||||||||||||||||
4 | |||||||||||||||||||||||||||
5 | T | Jan 17 | Remote Machines/Version Control | TH | VB ch4-5 | MBH | |||||||||||||||||||||
6 | R | Jan 19 | Git and GitHub (BitBucket and GitLab) | TH | VB ch5 | ||||||||||||||||||||||
7 | |||||||||||||||||||||||||||
8 | T | Jan 24 | Bioinformatics Data/Advanced Unix | MBH | VB ch6-7 | TH | |||||||||||||||||||||
9 | R | Jan 26 | Advanced Unix | MBH | VB ch7 | TH | |||||||||||||||||||||
10 | |||||||||||||||||||||||||||
11 | T | Jan 31 | Advanced Unix | MBH | VB ch7 | DL | |||||||||||||||||||||
12 | R | Feb 2 | Advanced Unix | MBH | VB ch7 | ||||||||||||||||||||||
13 | |||||||||||||||||||||||||||
14 | T | Feb 7 | R | DL | VB ch8 | Unix Assignment | TH | ||||||||||||||||||||
15 | R | Feb 9 | R | DL | VB ch8 | TH | |||||||||||||||||||||
16 | |||||||||||||||||||||||||||
17 | T | Feb 14 | R | DL | VB ch8 | ||||||||||||||||||||||
18 | R | Feb 16 | R | DL | VB ch8 | ||||||||||||||||||||||
19 | |||||||||||||||||||||||||||
20 | T | Feb 21 | R | DL | VB ch8 | ||||||||||||||||||||||
21 | R | Feb 23 | R | DL | R Assignment | ||||||||||||||||||||||
22 | |||||||||||||||||||||||||||
23 | T | Feb 28 | Python | TH | |||||||||||||||||||||||
24 | R | Mar 2 | Python | TH | |||||||||||||||||||||||
25 | |||||||||||||||||||||||||||
26 | T | Mar 7 | Python | TH | |||||||||||||||||||||||
27 | R | Mar 9 | Python | TH | MBH | ||||||||||||||||||||||
28 | Spring Break - No class | ||||||||||||||||||||||||||
29 | |||||||||||||||||||||||||||
30 | T | Mar 21 | Python | TH | |||||||||||||||||||||||
31 | R | Mar 23 | Python (libraries & applications) | Adina Howe | TH | ||||||||||||||||||||||
32 | |||||||||||||||||||||||||||
33 | T | Mar 28 | Data Management Plans/LaTeX | TH | DL | ||||||||||||||||||||||
34 | R | Mar 30 | Ranges | MBH | VB ch9 | Python Assignment | DL | ||||||||||||||||||||
35 | |||||||||||||||||||||||||||
36 | T | Apr 4 | Ranges | DL, MBH | VB ch9 | ||||||||||||||||||||||
37 | R | Apr 6 | Sequence Data / Alignments | TH | VB ch10-11 | ||||||||||||||||||||||
38 | |||||||||||||||||||||||||||
39 | T | Apr 11 | HPC | Levi Baber | |||||||||||||||||||||||
40 | R | Apr 13 | HPC | Usha Muppirala | |||||||||||||||||||||||
41 | |||||||||||||||||||||||||||
42 | T | Apr 18 | Shell Scripts/Pipelines | MBH | VB ch12 | Data/Pipelines/HPC Assignment | |||||||||||||||||||||
43 | R | Apr 20 | Shell Scripts/Pipelines | Li Wang | VB ch12 | ||||||||||||||||||||||
44 | |||||||||||||||||||||||||||
45 | T | Apr 25 | Presentation | Group Project | |||||||||||||||||||||||
46 | R | Apr 27 | Presentation | ||||||||||||||||||||||||
47 | |||||||||||||||||||||||||||
48 | Apr 25 | Tuesday Presentations | |||||||||||||||||||||||||
49 | 1 | TBD | |||||||||||||||||||||||||
50 | 2 | PEB | |||||||||||||||||||||||||
51 | 3 | Elliot Rossow, Ali Kerwin & Joe Webb | |||||||||||||||||||||||||
52 | 4 | Emma Miller, Justin Conover, and Ching-Yi Liao | |||||||||||||||||||||||||
53 | |||||||||||||||||||||||||||
54 | Apr 27 | Thursday Presentations | |||||||||||||||||||||||||
55 | 1 | RNA-seekers | |||||||||||||||||||||||||
56 | 2 | Adaptation is RAD...seq | |||||||||||||||||||||||||
57 | 3 | Valerin | |||||||||||||||||||||||||
58 | 4 | Echincea | |||||||||||||||||||||||||
59 | |||||||||||||||||||||||||||
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