| A | B | C | D | E | F | G | H | I | J | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | ||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | 1 | https://github.com/nmind/coding-standards-certification/blob/master/checklists/bronze.md | Evaluator | Documentation | Infrastructure | Testing | ||||||||||||||||
2 | Tool name | URL | Landing page / brief description | Documentation is up-to-date | Typical intended usage described | Example usage is shown | Public function docstring coverage ≥ 10% | Reasonable description of required inputs | Description of outputs | User installation instructions available | Dependencies listed | Open Source | Version control | Readme | License | Issue tracking | DOI points to latest version | install instructions successful | Test data | User instructions to run tests | ||
3 | automatable | 1 | 1 | 1 | 1? | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||
4 | C-PAC | https://github.com/FCP-INDI/C-PAC | NMIND crowd | 1 | 0 | 0 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 0.5 | 1 | 1 | 1 | |
5 | nibabies | https://github.com/nipreps/nibabies | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 0.5 | 0 | ||
6 | fMRIPrep | https://fmriprep.org/en/stable/ | ||||||||||||||||||||
7 | QSIPrep | https://qsiprep.readthedocs.io/en/latest/ | ||||||||||||||||||||
8 | pyAFQ | https://github.com/yeatmanlab/pyAFQ | ||||||||||||||||||||
9 | DataLad | https://github.com/datalad/datalad/ | NMIND crowd | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | |
10 | dandi-cli | https://github.com/dandi/dandi-cli/ | ||||||||||||||||||||
11 | HeuDiConv | github.com/nipy/heudiconv/ | ||||||||||||||||||||
12 | abcd-hcp-pipeline | https://github.com/DCAN-Labs/abcd-hcp-pipeline | ||||||||||||||||||||
13 | custom_clean | https://github.com/DCAN-Labs/CustomClean | ||||||||||||||||||||
14 | daic2hcp | https://github.com/DCAN-Labs/daic2hcp/ | ||||||||||||||||||||
15 | abcd-dicom2bids | https://github.com/ABCD-STUDY/abcd-dicom2bids/ | ||||||||||||||||||||
16 | ABCD-BIDS-task-fmri-pipeline | https://github.com/DCAN-Labs/ABCD-BIDS-task-fmri-pipeline | ||||||||||||||||||||
17 | file-mapper | https://github.com/DCAN-Labs/file-mapper/ | ||||||||||||||||||||
18 | ndmg | https://github.com/neurodata/m2g | ||||||||||||||||||||
19 | fscacher | https://github.com/con/fscacher/ | ||||||||||||||||||||
20 | pydra | https://github.com/nipype/pydra | ||||||||||||||||||||
21 | pydeface | https://github.com/poldracklab/pydeface | ||||||||||||||||||||
22 | fitlins | https://github.com/poldracklab/fitlins | ||||||||||||||||||||
23 | neurodocker | https://github.com/repronim/neurodocker | ||||||||||||||||||||
24 | reproschema-ui | https://github.com/repronim/reproschema-ui | ||||||||||||||||||||
25 | pynidm | https://github.com/incf-nidash/pynidm | ||||||||||||||||||||
26 | pybids | https://github.com/bids-standard/pybids | NMIND crowd | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | |
27 | umap | https://github.com/tkonopka/umap | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | ||
28 | dcm2niix | https://github.com/rordenlab/dcm2niix | 1 | 1 | 1 | 1 | n/a (No API) | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | Could be easier to find | ||
29 | ||||||||||||||||||||||
30 | ||||||||||||||||||||||
31 | ||||||||||||||||||||||
32 | ||||||||||||||||||||||
33 | ||||||||||||||||||||||
34 | ||||||||||||||||||||||
35 | ||||||||||||||||||||||
36 | ||||||||||||||||||||||
37 | ||||||||||||||||||||||
38 | ||||||||||||||||||||||
39 | ||||||||||||||||||||||
40 | ||||||||||||||||||||||
41 | ||||||||||||||||||||||
42 | ||||||||||||||||||||||
43 | ||||||||||||||||||||||
44 | ||||||||||||||||||||||
45 | ||||||||||||||||||||||
46 | ||||||||||||||||||||||
47 | ||||||||||||||||||||||
48 | ||||||||||||||||||||||
49 | ||||||||||||||||||||||
50 | ||||||||||||||||||||||
51 | ||||||||||||||||||||||
52 | ||||||||||||||||||||||
53 | ||||||||||||||||||||||
54 | ||||||||||||||||||||||
55 | ||||||||||||||||||||||
56 | ||||||||||||||||||||||
57 | ||||||||||||||||||||||
58 | ||||||||||||||||||||||
59 | ||||||||||||||||||||||
60 | ||||||||||||||||||||||
61 | ||||||||||||||||||||||
62 | ||||||||||||||||||||||
63 | ||||||||||||||||||||||
64 | ||||||||||||||||||||||
65 | ||||||||||||||||||||||
66 | ||||||||||||||||||||||
67 | ||||||||||||||||||||||
68 | ||||||||||||||||||||||
69 | ||||||||||||||||||||||
70 | ||||||||||||||||||||||
71 | ||||||||||||||||||||||
72 | ||||||||||||||||||||||
73 | ||||||||||||||||||||||
74 | ||||||||||||||||||||||
75 | ||||||||||||||||||||||
76 | ||||||||||||||||||||||
77 | ||||||||||||||||||||||
78 | ||||||||||||||||||||||
79 | ||||||||||||||||||||||
80 | ||||||||||||||||||||||
81 | ||||||||||||||||||||||
82 | ||||||||||||||||||||||
83 | ||||||||||||||||||||||
84 | ||||||||||||||||||||||
85 | ||||||||||||||||||||||
86 | ||||||||||||||||||||||
87 | ||||||||||||||||||||||
88 | ||||||||||||||||||||||
89 | ||||||||||||||||||||||
90 | ||||||||||||||||||||||
91 | ||||||||||||||||||||||
92 | ||||||||||||||||||||||
93 | ||||||||||||||||||||||
94 | ||||||||||||||||||||||
95 | ||||||||||||||||||||||
96 | ||||||||||||||||||||||
97 | ||||||||||||||||||||||
98 | ||||||||||||||||||||||
99 | ||||||||||||||||||||||
100 | ||||||||||||||||||||||