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1 | Order | Date | Presenters (alphabetically ordered) | Topic | Modality | Title | year, venue | link | |||||||||||||||||||||||||
2 | 0 | 10/3 | Organizational meeting | ||||||||||||||||||||||||||||||
3 | 1 | 10/10 | Sophia Jannetty | Lionel Tukei | Hanwen Xu | gene network analysis | single-cell transcriptomes | Transfer learning enables predictions in network biology | 2023, Nature | https://www.nature.com/articles/s41586-023-06139-9 | |||||||||||||||||||||||
4 | 2 | 10/17 | Wei Qiu | Ethan Weinberger | Anthony Wise | mRNA design | codon | CodonBERT: Large Language Models for mRNA design and optimization | 2023, bioRxiv | https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.09.09.556981 | |||||||||||||||||||||||
5 | 3 | 10/24 | Marazzano Colon | Jasper Tran O'Leary | protein design | protein | De novo design of protein structure and function with RFdiffusion | 2023, Nature | https://www.nature.com/articles/s41586-023-06415-8 | ||||||||||||||||||||||||
6 | 3 | Shengqi Hang | Zihan Zhang | protein design | protein | Large language models generate functional protein sequences across diverse families | 2023, Nature Biotech | https://www.nature.com/articles/s41587-022-01618-2 | |||||||||||||||||||||||||
7 | 4 | 10/31 | Nuria Alina Chandra | Cassandra Maranas, | Addie Woicik | DNA --> transcriptomics | DNA | GET: a foundation model of transcription across human cell types | 2023, bioRxiv | https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.09.24.559168v1 | |||||||||||||||||||||||
8 | 5 | 11/7 | Saba Heravi | Yilun Sheng | Xinming Tu | RNA activity | DNA | An RNA foundation model enables discovery of disease mechanisms and candidate therapeutics | 2023, bioRxiv | https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.09.20.558508v11 | |||||||||||||||||||||||
9 | 6 | 11/14 | Nuha Qadir | Sanjay Venkata | Gian Marco Visani | antibody | BCR sequence | Deciphering the language of antibodies using self-supervised learning | 2022, Patterns | https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2666389922001052 | |||||||||||||||||||||||
10 | 7 | 11/21 | Jianing Xu | Wuwei Zhang | non-coding variant effect | DNA | DNA language models are powerful zero-shot predictors of non-coding variant effects | 2022, bioRxiv | https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.08.22.504706v1 | ||||||||||||||||||||||||
11 | 7 | Steven Golob | protein structure prediction | protein | Evolutionary-scale prediction of atomic-level protein structure with a language model | 2023, Science | https://www.science.org/doi/10.1126/science.ade2574 | ||||||||||||||||||||||||||
12 | 8 | 11/28 | Ting An Chen | Allison Li | Anna Spiro | disease variant effect | protein sequence | Genome-wide prediction of disease variant effects with a deep protein language model | 2023, Nature Genetics | https://www.nature.com/articles/s41588-023-01465-0 | |||||||||||||||||||||||
13 | 9 | 12/5 | Chanwoo Kim | Daphne Kontogiorgos-Heintz | Patrick Yu | single-cell cell type annotation | single-cell transcriptomes | scBERT as a large-scale pretrained deep language model for cell type annotation of single-cell RNA-seq data | 2022, Nature Machine Intelligence | https://www.nature.com/articles/s42256-022-00534-z | |||||||||||||||||||||||
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