A | B | C | D | E | F | G | H | I | J | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | |
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1 | Dataset summary | |||||||||||||||||||
2 | 339 | populations | ||||||||||||||||||
3 | 286 | reported populations; Dodecad populations with less than 5 individuals were included in the ADMIXTURE analysis but population proportions not reported | ||||||||||||||||||
4 | 4280 | individuals | ||||||||||||||||||
5 | 248980 | SNPs | ||||||||||||||||||
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7 | Initial processing: | Identify common SNPs and intersect with Rutgers recombination map for Illumina chips | ||||||||||||||||||
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9 | Software used | |||||||||||||||||||
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11 | Data processing | PLINK 1.07 | ||||||||||||||||||
12 | Admixture analysis | ADMIXTURE 1.22 | ||||||||||||||||||
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14 | Processing | Criterion | Remaining individuals | Remaining SNPs | ||||||||||||||||
15 | Relative removal within populations | PLINK "RATIO" > 2 standard deviations OR "RATIO" > 2.5 | 3633 | 248980 | ||||||||||||||||
16 | Removal of low genotype individuals | --mind 0.01 | 3369 | 248980 | ||||||||||||||||
17 | Removal of low genotype and low MAF SNPs | --geno 0.01 --maf 0.01 | 3369 | 246033 | ||||||||||||||||
18 | LD-based pruning | --indep-pairwise 200 25 0.4 | 3369 | 166255 | ||||||||||||||||
19 | Behar/Chaubey | http://dienekes.blogspot.com/2012/10/relatives-in-admixture.html | 3362 | 166255 | ||||||||||||||||
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21 | Notes | |||||||||||||||||||
22 | Normalized median proportions are presented in the spreadsheet: these are calculated by taking (for each population) the median of each ancestral component, and then normalizing the sum of components to add up to 100% by multiplying with a constant | |||||||||||||||||||
23 | f3-statistics are sorted on increasing Z-score; only negative scores are indicative of admixture (Z<-3); positive scores are consistent with either admixture or not (up to K=11) | |||||||||||||||||||
24 | D-statistics, with an African Pop4 are sorted on absolute Z-score; both positive and negative scores (|Z|>3) are significant (up to K=11) | |||||||||||||||||||
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26 | K | #Iterations | ||||||||||||||||||
27 | 3 | 23 | ||||||||||||||||||
28 | 4 | 37 | ||||||||||||||||||
29 | 5 | 37 | ||||||||||||||||||
30 | 5 (post Paniya) | 39 | ||||||||||||||||||
31 | 6 | 66 | ||||||||||||||||||
32 | 7 | 41 | ||||||||||||||||||
33 | 8 | 52 | ||||||||||||||||||
34 | 9 | 44 | ||||||||||||||||||
35 | 10 | 53 | ||||||||||||||||||
36 | 11 | 86 | ||||||||||||||||||
37 | 12 | 65 | ||||||||||||||||||
38 | 13 | 78 | ||||||||||||||||||
39 | ||||||||||||||||||||
40 | Calculators | |||||||||||||||||||
41 | globe4 | http://dodecad.blogspot.com/2012/10/globe4-calculator.html | based on K=4 | |||||||||||||||||
42 | http://dienekes.blogspot.com/2012/10/admixture-tracks-amerindian-like.html | |||||||||||||||||||
43 | globe10 | http://dodecad.blogspot.com/2012/10/globe10-calculator.html | based on K=10 | |||||||||||||||||
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84 | ||||||||||||||||||||
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100 |