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1 | # Project ID: Arabidopsis - Pseudomonas alternative splicing study (SRA: SRP010938; PMID: 24098335) | |||||||||||||||||||||||||
2 | # The following line(s) allow to specify the contrasts needed for comparative analyses, such as DEG identification. All possible comparisons can be specified with 'CMPset: ALL'. | |||||||||||||||||||||||||
3 | # <CMP> CMPset1: M1-A1, M1-V1, A1-V1, M6-A6, M6-V6, A6-V6, M12-A12, M12-V12, A12-V12 | |||||||||||||||||||||||||
4 | # <CMP> CMPset2: ALL | |||||||||||||||||||||||||
5 | FileName1 | FileName2 | SampleName | Factor | SampleLong | Experiment | Date | |||||||||||||||||||
6 | ./data/SRR446027_1.fastq.gz | ./data/SRR446027_2.fastq.gz | M1A | M1 | Mock.1h.A | 1 | 3/23/2012 | |||||||||||||||||||
7 | ./data/SRR446028_1.fastq.gz | ./data/SRR446028_2.fastq.gz | M1B | M1 | Mock.1h.B | 1 | 3/23/2012 | |||||||||||||||||||
8 | ./data/SRR446029_1.fastq.gz | ./data/SRR446029_2.fastq.gz | A1A | A1 | Avr.1h.A | 1 | 3/23/2012 | |||||||||||||||||||
9 | ./data/SRR446030_1.fastq.gz | ./data/SRR446030_2.fastq.gz | A1B | A1 | Avr.1h.B | 1 | 3/23/2012 | |||||||||||||||||||
10 | ./data/SRR446031_1.fastq.gz | ./data/SRR446031_2.fastq.gz | V1A | V1 | Vir.1h.A | 1 | 3/23/2012 | |||||||||||||||||||
11 | ./data/SRR446032_1.fastq.gz | ./data/SRR446032_2.fastq.gz | V1B | V1 | Vir.1h.B | 1 | 3/23/2012 | |||||||||||||||||||
12 | ./data/SRR446033_1.fastq.gz | ./data/SRR446033_2.fastq.gz | M6A | M6 | Mock.6h.A | 1 | 3/23/2012 | |||||||||||||||||||
13 | ./data/SRR446034_1.fastq.gz | ./data/SRR446034_2.fastq.gz | M6B | M6 | Mock.6h.B | 1 | 3/23/2012 | |||||||||||||||||||
14 | ./data/SRR446035_1.fastq.gz | ./data/SRR446035_2.fastq.gz | A6A | A6 | Avr.6h.A | 1 | 3/23/2012 | |||||||||||||||||||
15 | ./data/SRR446036_1.fastq.gz | ./data/SRR446036_2.fastq.gz | A6B | A6 | Avr.6h.B | 1 | 3/23/2012 | |||||||||||||||||||
16 | ./data/SRR446037_1.fastq.gz | ./data/SRR446037_2.fastq.gz | V6A | V6 | Vir.6h.A | 1 | 3/23/2012 | |||||||||||||||||||
17 | ./data/SRR446038_1.fastq.gz | ./data/SRR446038_2.fastq.gz | V6B | V6 | Vir.6h.B | 1 | 3/23/2012 | |||||||||||||||||||
18 | ./data/SRR446039_1.fastq.gz | ./data/SRR446039_2.fastq.gz | M12A | M12 | Mock.12h.A | 1 | 3/23/2012 | |||||||||||||||||||
19 | ./data/SRR446040_1.fastq.gz | ./data/SRR446040_2.fastq.gz | M12B | M12 | Mock.12h.B | 1 | 3/23/2012 | |||||||||||||||||||
20 | ./data/SRR446041_1.fastq.gz | ./data/SRR446041_2.fastq.gz | A12A | A12 | Avr.12h.A | 1 | 3/23/2012 | |||||||||||||||||||
21 | ./data/SRR446042_1.fastq.gz | ./data/SRR446042_2.fastq.gz | A12B | A12 | Avr.12h.B | 1 | 3/23/2012 | |||||||||||||||||||
22 | ./data/SRR446043_1.fastq.gz | ./data/SRR446043_2.fastq.gz | V12A | V12 | Vir.12h.A | 1 | 3/23/2012 | |||||||||||||||||||
23 | ./data/SRR446044_1.fastq.gz | ./data/SRR446044_2.fastq.gz | V12B | V12 | Vir.12h.B | 1 | 3/23/2012 | |||||||||||||||||||
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