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1 | Abbreviation | Full Name | URL | Is use at no cost? | Is use acceptable without registration or written agreement? | Comments | Processed | |||||||||||||||||||
2 | STATO | Statistics Ontology | http://stato-ontology.org/, http://www.ontobee.org/ontology/STATO, or https://bioportal.bioontology.org/ontologies/STATO | Yes | Yes | YES | ||||||||||||||||||||
3 | NCIt | National Cancer Institute Thesaurus | https://ncithesaurus.nci.nih.gov/ncitbrowser/ or https://bioportal.bioontology.org/ontologies/NCIT | Yes | Yes | YES | ||||||||||||||||||||
4 | UMLS | Unified Medical Language System | https://uts.nlm.nih.gov/home.html or https://uts.nlm.nih.gov/metathesaurus.html | yes | NO | https://www.nlm.nih.gov/databases/umls.html#license_request describes process to request a license and includes annual reporting requirements to maintain the license | ||||||||||||||||||||
5 | ProbOnto | Probability Distribution Ontology | sites.google.com/site/probonto/home | yes | Yes | |||||||||||||||||||||
6 | OBCS | Ontology of Biological and Clinical Statistics | bioportal.bioontology.org/ontologies/OBCS | yes | Yes | http://www.obofoundry.org/ontology/obcs.html | YES | |||||||||||||||||||
7 | SEPIO | Scientific Evidence and Provenance Information Ontology | https://github.com/monarch-initiative/SEPIO-ontology/wiki/The-SEPIO-Framework | yes | Yes | http://www.ontobee.org/ontology/SEPIO | ||||||||||||||||||||
8 | PMML | Predictive Model Markup Language | dmg.org/pmml/v4-1/Statistics.html | yes | Yes | NOT CLEARLY USEFUL TO FIND TERMS AND DEFINITIONS http://dmg.org/documents/dmg-pmml-license-2016.pdf | ||||||||||||||||||||
9 | PFA | Portable Format for Analytics | dmg.org/pfa/docs/motivation | yes | Yes | NOT CLEARLY USEFUL TO FIND TERMS AND DEFINITIONS http://dmg.org/documents/dmg-pfa-license-2016.pdf | ||||||||||||||||||||
10 | CDISC SDTM | Study Data Tabulation Model Terminology | https://evs.nci.nih.gov/ftp1/CDISC/SDTM/ | Yes | Yes | |||||||||||||||||||||
11 | CDISC ADaM | Analysis Data Model Terminology | https://evs.nci.nih.gov/ftp1/CDISC/ADaM/ | Yes | Yes | |||||||||||||||||||||
12 | CDISC Protocol | Protocol Terminology | https://evs.nci.nih.gov/ftp1/CDISC/Protocol/ | Yes | Yes | |||||||||||||||||||||
13 | CDISC Glossary | Glossary Terminology | https://evs.nci.nih.gov/ftp1/CDISC/Glossary/ | Yes | Yes | |||||||||||||||||||||
14 | MAMO | Mathematical Modelling Ontology | www.ebi.ac.uk/ols/ontologies/mamo | Yes | Yes | https://opensource.org/licenses/Artistic-2.0 via http://www.obofoundry.org/ontology/mamo.html | ||||||||||||||||||||
15 | EDDA | EDDA Study Designs Taxonomy | bioportal.bioontology.org/ontologies/EDDA | Yes | Yes | Most comprehensive study design taxonomy. Conside inviting the lead editor to participate: https://www.dbmi.pitt.edu/node/52285 | YES | |||||||||||||||||||
16 | MeSH | Medical Subject Headings | https://meshb.nlm.nih.gov/search or https://bioportal.bioontology.org/ontologies/MESH/?p=summary | Yes | Yes | free service provided by National Centre for Biotechnolohy information https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ | ||||||||||||||||||||
17 | COKA | COVID-19 Knowledge Accelerator | Yes | Yes | see prior work group documents and value sets at build.fhir.org | |||||||||||||||||||||
18 | HL7 FHIR | EvidenceDirectness | https://terminology.hl7.org/CodeSystem-directness.html | Yes | Yes | |||||||||||||||||||||
19 | HL7 FHIR | EvidenceVariableRole | https://terminology.hl7.org/CodeSystem-variable-role.html | Yes | yes | |||||||||||||||||||||
20 | HL7 V3 | ObservationMethod | https://terminology.hl7.org/CodeSystem-v3-ObservationMethod.html | Yes | yes | related to https://terminology.hl7.org/ValueSet-v3-ObservationMethodAggregate.html | ||||||||||||||||||||
21 | EMTREE | Embase subject headings | https://www.elsevier.com/__data/assets/pdf_file/0010/901693/Embase-indexing-guide-2020.pdf | No | No | EMTREE appears to be part of Embase which is owned by Elsevier. No info at https://www.elsevier.com/__data/assets/pdf_file/0006/1048326/Embase-Emtree-factsheet-Final.pdf regarding use of Emtree outside of Elsevier subscriptions. | ||||||||||||||||||||
22 | CatalogOfBias | Catalogue of bias (CEBM) | https://catalogofbias.org/biases/ | Yes | yes | https://catalogofbias.org/terms-and-conditions/ is internally inconsistent but includes CC 4.0 license | YES | |||||||||||||||||||
23 | STRATOS | STRengthening Analytical Thinking for Observational Studies | https://www.stratos-initiative.org/node/34 | |||||||||||||||||||||||
24 | NICE | NICE Glossary | https://www.nice.org.uk/glossary | |||||||||||||||||||||||
25 | OECD | OECD Glossary of Statistical Term | https://stats.oecd.org/glossary/index.htm | Yes | Yes | |||||||||||||||||||||
26 | OCRe | Ontology of Clinical Research | https://bioportal.bioontology.org/ontologies/OCRE/?p=summary | Yes | Yes | email Ida Sim, ida.sim@ucsf.edu to clarify if it can be used freely and if there is a more current version | YES | |||||||||||||||||||
27 | OBI | Ontology for Biomedical Investigations | https://bioportal.bioontology.org/ontologies/OBI | Yes | yes | YES | ||||||||||||||||||||
28 | CTO | Clinical Trials Ontology | https://bioportal.bioontology.org/ontologies/CTO | Yes | yes | YES | ||||||||||||||||||||
29 | SCO | Study Cohort Ontology | https://bioportal.bioontology.org/ontologies/SCO/?p=summary | Yes | Yes | YES | ||||||||||||||||||||
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