|Y-DNA Haplogroup S and its Subclades - 2019|
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Last revision date for this specific page: 1 January 2019
|Because of continuing research, structure of the Y-DNA Haplogroup Tree changes, ISOGG does its best to update it.|
If differences need clarification or if you find broken links on this page:
Email Ray Banks
Y-DNA Tree Trunk
Newly confirmed in 2019 within subclade
Confirmed within subclade
^ Indicates a next-generation sequencing entry which does not yet meet quality guidelines for minimum number of reads.
^^ Indicates an entry which does not meet quality guidelines but may be helpful.
~ Indicates only an approximate location on the tree.
|The criteria for a representative SNP printed in bold for a subclade is: traditional usage, testing done in multiple labs, and/or being found in the area of the chromosome used in recent research studies.|
|SNPs listed below in italics (colored black or red) are quality variants from next-generation sequencing reports consistently showing as representing that subgroup.|
|DID YOU NOTICE that the items in gray sometimes have a long name preceding their listing that is the same as just above? In this situation, evidence seems to indicate they also seem to belong to the same subgroup, but some confirmatory evidence is not yet available.|
Contact Person, Haplogroup S:
|S1a||Z41335, Z41336, Z41337, Z41338, Z41339, Z41340, Z41341|
|S1a1||Z42413, Z42414, Z42415, Z42416, Z42417, Z42418. Z42419, Z42420|
|S1a1a||Z41513, AM00651.2/Z33118.2, FGC17153.2/V3938.2/Z18210.2, FGC38729, M10072, Z41514, Z41515, Z41516, Z41517, Z41518, Z41519, Z41520, Z41521, Z41522, Z41523, Z41524, Z41525, Z41526, Z41527, Z41528. Z41529, Z41530, Z41531, Z41532, Z41533, Z41534, Z41535, Z41536, Z41537, Z41538, Z41539, Z41540, Z41541, Z41542, Z41543, Z41544, Z41545, Z41546, Z41547, Z41548, Z41549, Z41550, Z41551, Z41552, Z41553, Z41554, Z41555, Z41556, Z41557, Z41558, Z41559, Z41560, Z41561, Z41562, Z41563, Z41564, Z41565, Z41566, Z41567, Z41568, Z41569, Z41570, Z41571, Z41572, Z41573, Z41574, Z41575, Z41576, Z41577, Z41578, Z41579, Z41580, Z41581, Z41582, Z41583, Z41584, Z41585, Z41586, Z41587, Z41588, Z41589, Z41590, Z41591, Z41592, Z41593, Z41594, Z41595, Z41596, Z41597, Z41598, Z41599, Z41600, Z41601, Z41602, Z41603, Z41604, Z41605, Z41606, Z41607, Z41608, Z41609, Z41610, Z41611, Z41612, Z41613, Z41614, Z41615, Z41616, Z41617, Z41618, Z41619, Z41620, Z41621. Z41622, Z41623, Z41624, Z41625, Z41626|
|S1a1a1||P308, Z41663, Z41664, Z41665, Z41666, Z41667, Z41668, Z41669, Z41670. Z41671, Z41672, Z41673, Z41674, Z41675, Z41676, Z41677, Z41678, Z41679, Z41680, Z41681, Z41682, Z41683, Z41684, Z41685, Z41686, Z41687, Z41688, Z41689, Z41690, Z41691, Z41692, Z41693, Z41694, Z41695, Z41696, Z41697, Z41698, Z41699, Z41700, Z41701. Z41702, Z41703, Z41704. Z41705, Z41706, Z41707, Z41708, Z41709, Z41710, Z41711, Z41712, Z41713, Z41714, Z41715, Z41716, Z41717, Z41718, Z41719, Z41720, Z41721, Z41722, Z41723, Z41724, Z41725, Z41726, Z41727, Z41728, Z41729, Z41730, Z41731, Z41732, Z41733, Z41734, Z41735, Z41736, Z41737, Z41738, Z41739, Z41740, Z41741, Z41742, Z41743, Z41744, Z41745, Z41746, Z41747|
|Z41753, Z41754, Z41755, Z41756, Z41757|
|Z41758, Z41759, Z41760, Z41761, Z41762|
|S1a1b1d||SK1891, BY3295, SK1892, SK1893, SK1894, SK1895, SK1896, SK1898, SK1899, SK1901, Z33752, Z33753, Z41356, Z41357, Z41358, Z41359, Z41360, Z41361, Z41362, Z41363, Z41364, Z41365, Z41366, Z41367, Z41368, Z41369, Z41370, Z41371, Z41372, Z41373, Z41374, Z41375, Z41376, Z41377, Z41378. Z41379, Z41380, Z41381, Z41382, Z41383, Z41384, Z41385, Z41386, Z41387, Z41388, Z41390, Z41391, Z41392, Z41393, Z41394, Z41395, Z41396, Z41397, Z41398, Z41399, Z41400, Z41401, Z41402, Z41403, Z41404, Z41410, Z41411, Z41412, Z41413, Z41414, Z41415, Z41416, Z41417, Z41418, Z41419, Z41420, Z41421, Z41422, Z41423, Z41424, Z41425, Z41426, Z41427, Z41428, Z41429, Z41430. Z41431, Z41432. Z41433. Z41434, Z41435, Z41436, Z41437, Z41438, Z41439, Z41440, Z41441, Z41442, Z41443, Z41444, Z41445, Z41446, Z41447, Z41448, Z41449, Z41450, Z41451, Z41452, Z41453, Z41456, Z41457, Z41458, Z41459, Z41460, Z41461, Z41462, Z41463, Z41464. Z41465, Z41466, Z41467, Z41468, Z41469, Z41470, Z41471, Z41472, Z41473, Z41474, Z41475, Z41476, Z41477, Z41478, Z41479, Z41480, Z41481, Z41482, Z41483, Z41484, Z41485, Z41486, Z41487, Z41488, Z41489, Z41490, Z41491, Z41492, Z41493, Z41494, Z41495, Z41496, Z41497, Z41498, Z41499, Z41500, Z41501, Z41502, Z41503, Z41504|
Z41355, Z41389, Z41454
|S1a1b1d1a~||SK1906, SK1907, SK1909, SK1910, SK1912, Z41344, Z41345, Z41346, Z41347, Z41348|
|S1a1b1d1b~||SK1902, SK1903, SK1904, SK1905, Z41349, Z41350, Z41351, Z41352, Z41353|
|Z41505, Z41506, Z41507, Z41508, Z41509|
|S1a3a||Z41763, FGC9126, FGC36892, PLE10.2, PR495.2/Y11835.2, YP4064, Z41764, Z41765, Z41767, Z41768, Z41770, Z41771, Z41772, Z41773, Z41774, Z41775, Z41776, Z41777, Z41778, Z41779, Z41780, Z41781, Z41782, Z41783, Z41784, Z41785, Z41786, Z41787, Z41788, Z41789, Z41790, Z41791, Z41792, Z41793, Z41794, Z41795, Z41796, Z41797, Z41798, Z41799, Z41800, Z41801, Z41802, Z41803, Z41804, Z41805, Z41806, Z41807, Z41808, Z41809, Z41810, Z41811, Z41812, Z41813, Z41814, Z41815, Z41816, Z41817, Z41818, Z41819, Z41820, Z41821, Z41822, Z41823, Z41824, Z41825, Z41826, Z41827, Z41828, Z41829, Z41830, Z41831, Z41832, Z41833, Z41834, Z41835, Z41836, Z41837, Z41838, Z41839, Z41840, Z41841, Z41842, Z41843, Z41844, Z41845, Z41846, Z41847, Z41848, Z41849, Z41850, Z41851, Z41852. Z41853, Z41854, Z41855, Z41856, Z41857, Z41858, Z41859, Z41860, Z41861, Z41862, Z41863, Z41864, Z41865, Z41866, Z41867, Z41868, Z41869, Z41870, Z41871, Z41872, Z41873, Z41874, Z41875, Z41876, Z41877, Z41878, Z41879, Z41880, Z41881, Z41882, Z41883, Z41884, Z41885, Z41886, Z41887, Z41888, Z41889, Z41890, Z41891, Z41892, Z41893, Z41894, Z41895, Z41896, Z41897, Z41898, Z41899, Z41900, Z41901, Z41902, Z41903, Z41904, Z41905, Z41906, Z41907, Z41908, Z41909, Z41910, Z41911, Z41912, Z41913, Z41914, Z41915|
|S1a3a1~||Z41916, Z41917, Z41918, Z41919, Z41920|
|S1a3a2~||Z41921, Z41922, Z41923, Z41924, Z41925|
|S1b~||B275, Z33756, Z33757, Z33758, Z33759|
|S1c~||Z41926, Z41927, Z41928, Z41929, Z41930|
|S1d||SK1806, FGC5054, FGC22541.2, FGC43097.2, S777, SK1807, SK1809, SK1810, SK1812, SK1813, SK1814, SK1816, SK1819/Z42153, SK1820/Z42020, SK1821, SK1822, SK1824, Z41931, Z41932, Z41933, Z41934, Z41935, Z41936, Z41937, Z41938, Z41939, Z41940, Z41941, Z41942, Z41943, Z41944, Z41945, Z41946, Z41947, Z41948, Z41949, Z41950, Z41951, Z41952, Z41953, Z41954, Z41955, Z41956, Z41957, Z41958, Z41959, Z41960, Z41961, Z41962, Z41963, Z41964, Z41965, Z41966, Z41967, Z41968, Z41969, Z41970, Z41971, Z41972, Z41973, Z41974, Z41975, Z41976, Z41977, Z41978, Z41979, Z41980, Z41981, Z41982, Z41983, Z41984, Z41985, Z41986, Z41987, Z41988, Z41989, Z41990, Z41991, Z41992, Z41993, Z41994, Z41995, Z41996, Z41997, Z41998, Z41999, Z42000, Z42001, Z42002, Z42003, Z42004, Z42005, Z42006, Z42007, Z42008, Z42009, Z42010, Z42011, Z42012, Z42013, Z42014, Z42015, Z42016, Z42017, Z42018, Z42019, Z42021, Z42022, Z42023, Z42024, Z42025, Z42026, Z42027, Z42028, Z42029, Z42030, Z42031, Z42032, Z42033, Z42034, Z42035, Z42036, Z42037, Z42038, Z42039. Z42040, Z42041, Z42042, Z42043, Z42044, Z42045, Z42046, Z42047, Z42048, Z42049, Z42050, Z42051, Z42052, Z42053, Z42054, Z42055, Z42056, Z42057, Z42058, Z42059, Z42060, Z42061, Z42062, Z42063, Z42064, Z42065, Z42066, Z42067, Z42068, Z42069, Z42070, Z42071, Z42072, Z42073, Z42074, Z42075, Z42076, Z42077, Z42078, Z42079, Z42080, Z42146, Z42147, Z42148, Z42149, Z42150, Z42151, Z42152, Z42154, Z42155, Z42156, Z42157, Z42158, Z42159, Z42160, Z42161, Z42162, Z42163, Z42164, Z42165, Z42166, Z42167, Z42168, Z42169, Z42170, Z42171, Z42172, Z42173, Z42174, Z42175, Z42176, Z42177, Z42178, Z42179, Z42180, Z42181, Z42182, Z42183, Z42184, Z42185, Z42186, Z42187, Z42188, Z42189, Z42190, Z42191, Z42192, Z42193, Z42194, Z42195, Z42196, Z42197, Z42198, Z42199, Z42200, Z42201, Z42202, Z42203, Z42204, Z42205, Z42206, Z42207, Z42208, Z42209, Z42210, Z42211, Z42212, Z42213, Z42214, Z42215, Z42216, Z42217, Z42218, Z42219, Z42220, Z42221, Z42222, Z42223, Z42224, Z42225, Z42226, Z42227, Z42228|
|S2||P378^^, A14785.1/Z33601.1, B273.2/JN32.2/Y15622.2, Z33356, Z33357, Z33358, Z33359, Z33360, Z33361, Z33362, Z33363, Z33364, Z33365, Z33366, Z33367, Z33368, Z33369, Z33370, Z33371, Z33372, Z33373, Z33374, Z33375, Z33376, Z33377, Z33378, Z33379, Z33380, Z33381, Z33382, Z33383, Z33384, Z33385, Z33386, Z33388, Z33389, Z33390, Z33391, Z33392, Z33393, Z33394, Z33395, Z33396, Z33397, Z33398, Z33399, Z33400, Z33401, Z33402, Z33403, Z33404, Z33405, Z33406, Z33407, Z33408, Z33409, Z33410, Z33411, Z33412, Z33413, Z33414, Z33415, Z33416, Z33417, Z33418, Z33419, Z33420, Z33421, Z33422, Z33423, Z33424, Z33425, Z33426, Z33427, Z33428, Z33429, Z33430, Z33431, Z33432, Z33433, Z33434, Z33435, Z33436, Z33437, Z33438, Z33439, Z33440, Z33442, Z33444, Z33446, Z33447, Z33448, Z33453, Z33457, Z33458, Z33460, Z33461, Z33462, Z33463, Z33464, Z33465, Z33466, Z33467, Z33468, Z33469, Z33470, Z33473, Z33475, Z33477, Z33478, Z33479, Z33480, Z33481, Z33482, Z33483, Z33484, Z33485, Z33486, Z33487, Z33488, Z33489, Z33490, Z33491, Z33492, Z33493, Z33494, Z33495, Z33496, Z33497, Z33498, Z33499, Z33500, Z33501, Z33502, Z33503, Z33504, Z33505, Z33506, Z33507, Z33508, Z33509, Z33510, Z33511, Z33512, Z33513, Z33514, Z33515, Z33516, Z33518, Z33519, Z33520, Z33521, Z33523, Z33524, Z33525, Z33526, Z33527, Z33528, Z33529, Z33531, Z33532, Z33533, Z33534, Z33535, Z33536, Z33537, Z33538, Z33539, Z33540, Z33541, Z33542, Z33543, Z33544, Z33545, Z33546, Z33547, Z33548, Z33549, Z33550, Z33551, Z33552, Z33553, Z33554, Z33555, Z33556, Z33557, Z33558, Z33559, Z33560, Z33561, Z33562, Z33564, Z33565, Z33566, Z33567, Z33568, Z33569, Z33570, Z33571, Z33572, Z33573, Z33574, Z33575, Z33576, Z33577, Z33578, Z33579, Z33580, Z33581, Z33583, Z33584, Z33585, Z33586, Z33587, Z33588, Z33589, Z33590, Z33591, Z33592, Z33593, Z33594, Z33597, Z33598, Z33599, Z33602, Z33603, Z33604, Z33605, Z33606, Z33607, Z33608, Z33609, Z33610, Z33611, Z33612, Z33613, Z33614, Z33615, Z33616, Z33617, Z33618, Z33619, Z33620, Z33621, Z33622, Z33624, Z33626, Z33627, Z33628, Z33629, Z33630, Z33631, Z33632, Z33633, Z33634, Z33636, Z33637, Z33638, Z33639, Z33640, Z33641, Z33642, Z33643, Z33644, Z33645, Z33646, Z33648, Z33649, Z33650, Z33651, Z33652, Z33653, Z33654, Z33655, Z33656, Z33658, Z33659, Z33660, Z33662, Z33663, Z33664, Z33665, Z33666, Z33667, Z33668, Z33669, Z33670, Z33671, Z33672, Z33673, Z33674, Z33675, Z33676, Z33677, Z33678, Z33679, Z33680, Z33681, Z33682, Z33683, Z33684, Z33685, Z33686, Z33687, Z33688, Z33689, Z33690, Z33691, Z33692, Z33693, Z33694, Z33696, Z33697, Z33698, Z33700, Z33701, Z33702, Z33703, Z33704, Z33705, Z33706, Z33707, Z33708, Z33709, Z33710, Z33711, Z33712, Z33713, Z33714, Z33715, Z33716, Z33717, Z33719, Z33721, Z33722, Z33723, Z33724, Z33725, Z33726, Z33727, Z33728, Z33729, Z33737, Z33739|
|S2a~||B276, Z33744, Z33746, Z33747|
|S2b~||Z33748, Z33750, Z33751, Z41332, Z41333|
|S4~||Z44870, Z44871, Z44872, Z44873, Z44874|
MUTATION INFORMATION AT VERY BOTTOM HERE
Haplogroup S was formerly called K5 and was first called S in the Karafet et al (2008) paper.
|Y-DNA haplogroup S is a major haplogroup in the highlands of mainland Papua New Guinea where it is found at frequencies of around 50% in some populations and is also present at lower frequencies in adjacent islands of Indonesia and Melanesia and even in the Philippines.|
|Geographical Distribution of ancestry of men in Haplogroup S (not complete):|
S1a1a1 P60 Australia (Aborigines)
P60 Australia (Aborigines)
S1a1b1d1a M226.1 Papua New Guines, Admiralty Islands
M226,1 Papua New Guinea, Admiralty Islands
P79 Melanesia, Papua New Guinea including Admiralty Islands
P315 Australia (Aborigines)
B275 Philippines (Bajos)
B273 Philippines (Aeta)
Bergstrom et al, Deep Roots for Aboriginal Australian Y Chromosomes. (pdf) Current Biology, 26:809-813, (2016).
Bergstrom et al, A Neolithic Expansion, but Strong Genetic Structure, in the Independent History of New Guinea Science, 357:1160-1163 (2017).Cox M P & Lahr M M, Y-Chromosome Diversity Is Inversely Associated with Language Affiliation in Paired Austronesian- and Papuan-Speaking Communities from Solomon Islands. (pdf) American Journal of Human Biology, 18:35-50, 2006.
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Karmin et al, A Recent Bottleneck of Y chromosome Diversity Coincides with a Global Change in Culture. Genome Research, doi: 10.1101/gr.186684.114, published online March 13, 2015.
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