| A | B | C | D | E | F | G | H | I | J | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | X | Y | Z | AA | AB | AC | AD | ||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | 名称 | URL | ツール・DB | (A) assemble -> (B) assemble 評価 ->（DNA配列として）確定 -> (C) 遺伝子予測 -> (D) 遺伝子機能予測 -> (E) 比較ゲノム (O)ther 他 | 2019年の状況 | 何をするか | 開発元 | ユーザー登録の必要 | 真核/原核他適用範囲 | Win/Mac/Webアプリ | ライセンス | 備考 | |||||||||||||||||||
2 | ABySS (Ver2系) | https://github.com/bcgsc/abyss#abyss-programs | ツール | A | 今使う人いないでしょ。 | Short readアセンブル | Canada's Michael Smith Genome Science Centre | なし | 全部 | scaffoldにpacbioが使える(Ceruleanパッケージ) | |||||||||||||||||||||
3 | AHRD | https://github.com/groupschoof/AHRD | ツール | D | 複数のblast結果を統合して遺伝子アノテーションをつける | University of Bonn | なし | 全部 | |||||||||||||||||||||||
4 | ALLPATHS-LG | http://software.broadinstitute.org/allpaths-lg/blog/ | ツール | A | 真核ゲノムアセンブル（やたらと時間かかるが結構正確） | Broad Institute | なし | 全部 | |||||||||||||||||||||||
5 | Arachne | ftp://ftp.broadinstitute.org/pub/papers/comprd/assisted_assembly/Arachne/doc/Manual.html | ツール | A | 今使う人いないでしょ。 | 昔よくつかわれてたアセンブラ | Broad | なし | 全部 | ||||||||||||||||||||||
6 | ARAGORN | http://mbio-serv2.mbioekol.lu.se/ARAGORN/ | ツール | C | tRNA予測（論文ではtRNAScan-SEより良いと言っている） | オーストラリア | なし | 全部 | |||||||||||||||||||||||
7 | Augustus | http://augustus.gobics.de | ツール | C | 遺伝子領域予測(教師なし) | University of Greifswald | なし | 真核 | |||||||||||||||||||||||
8 | Blast2go | https://www.blast2go.com | ツール | D | 配列相同性からGO IDを振る | Blast2GO | 有料 | 全部 | |||||||||||||||||||||||
9 | BlastKOALA | http://www.kegg.jp/blastkoala/ | ツール・DB | D | 配列多い場合はGhostKOALA | 配列相同性からKEGG IDを振る | KEGG | なし | 全部 | ||||||||||||||||||||||
10 | Braker1 | http://exon.gatech.edu/braker1.html | ツール | C | 遺伝子モデル予測・パイプライン | ドイツ、Ernst Moritz Arndt Universität Greifswald | なし | 真核 | |||||||||||||||||||||||
11 | BUSCO | http://busco.ezlab.org | ツール・DB | BC | アセンブル・遺伝子モデリングの品質チェック gVolanteに入っている | University of Geneva Medical School, | なし | 全部 | アセンブルの評価にめっちゃ使う（中村） | ||||||||||||||||||||||
12 | Canu | https://github.com/marbl/canu | ツール | A | Long readアセンブル。Celera assemblerの拡張版的なアルゴリズム (OLC) | NHGRI | なし | 全部 | なんかいいらしいね | ||||||||||||||||||||||
13 | CAZy | http://www.cazy.org/ | DB | D | 糖代謝関連の酵素遺伝子ファミリーDB | AFMB in Marseille, France. | なし | 全部 | |||||||||||||||||||||||
14 | checkM | http://ecogenomics.github.io/CheckM/ | ツール | B | ゲノムのcontamination, completeness計算 | University of Queensland | なし | 原核・メタゲノム | Mac/Linux コマンドライン | ||||||||||||||||||||||
15 | CRISPRfinder | http://crispr.i2bc.paris-saclay.fr/Server/ | ツール・DB | CO | バクテリアゲノムからのCRISPR領域予測 | Universite Paris Saclay | なし | 原核 | |||||||||||||||||||||||
16 | dbCAN | http://csbl.bmb.uga.edu/dbCAN/ | ツール・DB | D | 糖代謝関連の酵素遺伝子ファミリーDB（CAZy）+αのオートアノテーションWebサーバ | 米国と中国の複数ラボ | なし | 全部 | |||||||||||||||||||||||
17 | DDBJ Pipeline | http://p.ddbj.nig.ac.jp/ | Webサービス | A | サービス終了 | ゲノム・トランスクリプトアセンブリ、リードマッピング | 遺伝研 | 必須 | 全部 | ||||||||||||||||||||||
18 | DeNovoMAGIC | http://www.nrgene.com/technology/denovomagic/ | サービス | A | NRGene のアセンブルサービス（有償） | NRGene | あり | 全部 | |||||||||||||||||||||||
19 | DFAST | https://dfast.nig.ac.jp | ツール・Webサービス | CD | 原核生物アノテーション・DDBJ登録 | 遺伝研 | なし | 原核 | |||||||||||||||||||||||
20 | EBI-Metagenomics | https://www.ebi.ac.uk/metagenomics/ | ツール・DB | CDE | MGnifyへと改名 | メタゲノム自動アノテーション（ENAデータの再解析も） | EBI | あり | 原核 | ||||||||||||||||||||||
21 | Enzyme Nomenclature | http://www.sbcs.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/ | DB | O | EC番号一覧表 | Queen Mary University of London | なし | ||||||||||||||||||||||||
22 | EVidenceModeler | https://evidencemodeler.github.io/ | ツール | C | 遺伝子予測結果のマージ (transcriptomic dataも読み込める) | BioMed Central | なし | 真核 | |||||||||||||||||||||||
23 | FALCON | https://github.com/PacificBiosciences/FALCON | ツール | A | Long readアセンブル diploid assembler | Pac Bio | なし | 全部 | |||||||||||||||||||||||
24 | FATE | https://github.com/Hikoyu/FATE | ツール | C | イントロン考慮したtblast+exonerateパイプライン | なし | 全部 | ||||||||||||||||||||||||
25 | FragGeneScan | http://omics.informatics.indiana.edu/FragGeneScan/ | ツール | C | メタゲノムリードからのCDS予測 | インディアナ大 | なし | 原核 | |||||||||||||||||||||||
26 | FunGAP | https://github.com/CompSynBioLab-KoreaUniv/FunGAP | ツール | CD | 真菌ゲノムの自動アノテーション | Korea University | なし | 真菌 | |||||||||||||||||||||||
27 | GAL | http://www.sequenceontology.org/software/GAL.html | ツール | CD | GFF GTFを扱うperlスクリプト集 | なし | 全部 | ||||||||||||||||||||||||
28 | genBlastG | http://genome.sfu.ca/genblast/download.html | ツール | C | アミノ酸配列のスプライスアラインメント | Department of Molecular Biology and Biochemistry | なし | 真核 | |||||||||||||||||||||||
29 | GeneMark | http://exon.gatech.edu/GeneMark/ | ツール | C | 遺伝子領域予測(教師有り/無し幾つかバージョンあり) | Georgia Institute of Technology | あり | 全部 | |||||||||||||||||||||||
30 | Glimmer | https://ccb.jhu.edu/software/glimmer/ | ツール | C | バクテリアゲノムからのCDS予測(たくさん遺伝子を予測する傾向） | Johns Hopkins大 | なし | 原核 | |||||||||||||||||||||||
31 | GO Slim | http://www.geneontology.org/page/go-slim-and-subset-guide | DB | D | Gene Ontologyの簡易版（独自セットの作成も） | GO Consortium | なし | 全部 | |||||||||||||||||||||||
32 | gVolante | https://gvolante.riken.jp | Webサービス | BDE? | BUSCOやOrthoMCLを簡単に利用できる。an online interface for completeness assessment of user’s original or publicly available sequence datasets | Riken, 工樂研究室 | なし | 全部 | |||||||||||||||||||||||
33 | hmmer | http://hmmer.org | ツール | D | タンパク質の部分構造への検索。構造データベースの作成も可能。 | なし | 全部 | あり | |||||||||||||||||||||||
34 | IDBA-UD | http://i.cs.hku.hk/~alse/hkubrg/projects/idba_ud/ | ツール | A | メタゲノムアセンブル（遅いが結構正確） | ||||||||||||||||||||||||||
35 | IMG | https://img.jgi.doe.gov | Webサービス・DB | ABCDE | バクテリアゲノムのアノテーションサービス。Web service support the annotation, analysis and distribution of microbial genome and microbiome datasets. | JGI | あり | 原核 | |||||||||||||||||||||||
36 | IMG/M | https://img.jgi.doe.gov/cgi-bin/m/main.cgi | ツール・DB | ACDE | メタゲノム自動アノテーション（JGIプロジェクト系が多い） | JGI | あり | 原核 | |||||||||||||||||||||||
37 | interProScan | https://www.ebi.ac.uk/interpro/search/sequence-search | ツール | D | ドメインモチーフ探索ツールパッケージ | EMBL | なし | 全部 | |||||||||||||||||||||||
38 | KAAS | http://www.genome.jp/tools/kaas/ | ツール・DB | D | KEGG Orthologアノテーション | 京大 | なし | 全部 | |||||||||||||||||||||||
39 | Maker | http://www.yandell-lab.org/software/maker.html | ツール | C | 遺伝子モデル予測・パイプライン | University of Utah | なし | 真核 | |||||||||||||||||||||||
40 | MAPLE | https://maple.jamstec.go.jp/maple/maple-2.3.1/ | ツール・DB | D | Genomapleに改名 | メタゲノム自動アノテーション（KEGG関連) | 京大・JAMSTEC | なし？ | 原核 | ||||||||||||||||||||||
41 | MEGAHIT | https://github.com/voutcn/megahit | ツール | A | メタゲノムアセンブル（メモリ使用量少なく高速）Scaffold出力してくれない | 香港大 | |||||||||||||||||||||||||
42 | MetaGeneMark | http://exon.gatech.edu/meta_gmhmmp.cgi | ツール | C | メタゲノムリード・ContigからのCDS予測 | ジョージア工科大 | あり | 原核 | |||||||||||||||||||||||
43 | metaSPAdes | http://cab.spbu.ru/software/spades/ | ツール | A | メタゲノムアセンブル（メモリ使用量多く、Hybrid assemblyに対応） | St. Petersburg State University | なし | メタゲノム | |||||||||||||||||||||||
44 | MetaVelvet | http://metavelvet.dna.bio.keio.ac.jp | ツール | A | メタゲノムアセンブル | 慶應 | |||||||||||||||||||||||||
45 | MG-RAST | http://metagenomics.anl.gov/ | ツール・DB | CDE | メタゲノム自動アノテーション（データ量最大） | シカゴ大 | あり | 原核 | |||||||||||||||||||||||
46 | MicrobeDB.jp | http://microbedb.jp/ | ツール・DB | DE | ゲノム・メタゲノム統合DB | 遺伝研等 | なし | 主に原核 | |||||||||||||||||||||||
47 | MiGAP | http://www.migap.org | Webサービス | CD | サービス終了 | 微生物アノテーション | 遺伝研 | あり | 原核、真菌 | ||||||||||||||||||||||
48 | nuceotid.es | http://nucleotid.es/ | A | アセンブルツールのカタログ | |||||||||||||||||||||||||||
49 | OriCFinder | http://ricsam.github.io/OriC-finder/ | ツール・DB | BD | バクテリアの複製開始領域の予測（ゲノムの1 base目をどこにするか問題） | ? | なし | 原核 | |||||||||||||||||||||||
50 | orthoDB | http://www.orthodb.org | DB | DE | The Hierarchical Catalog of Orthologs | University of Geneva Medical School, | なし | 真核？ | |||||||||||||||||||||||
51 | OrthoFinder | http://www.stevekellylab.com/software/orthofinder | ツール | DE | オルソログクラスタリング(細かいパラメタ調整がしづらいが非常に簡単) | University of Oxford | なし | 全部 | |||||||||||||||||||||||
52 | orthofinder | ツール | |||||||||||||||||||||||||||||
53 | OrthoMCL | http://orthomcl.org/orthomcl/ | DB・ツール | DE | オルソログクラスタリング | University of Pennsylvania | なし | 全部 | |||||||||||||||||||||||
54 | PANTHER | http://www.pantherdb.org/downloads/index.jsp | Webサービス・ツール・DB | D | タンパク質の構造に基づいた分類と機能アノテーション | University of Southern California | たぶんなし | 全部 | あり | ||||||||||||||||||||||
55 | PASA | https://pasapipeline.github.io | ツール | C | 遺伝子モデル予測・パイプライン | The Institute for Genomic Research | なし | 真核 | |||||||||||||||||||||||
56 | Pfam | http://pfam.xfam.org | DB | D | タンパク質の部分構造のデータベース。大概はhmmer3検索とセットで利用する。 | EBI | なし | 全部 | ダウンロード可能 | ||||||||||||||||||||||
57 | PGDD | http://chibba.agtec.uga.edu/duplication/ | DB | D, E | |||||||||||||||||||||||||||
58 | PHAST | http://phast.wishartlab.com | webサービス | D | プロファージ領域予測 | University of Alberta, カナダ | なし | 原核 | |||||||||||||||||||||||
59 | Phrap | http://www.phrap.org | ツール | A | 古典的アセンブラ | Univ. Washington | 必須 | 全部 | |||||||||||||||||||||||
60 | Platanus | http://platanus.bio.titech.ac.jp/ | ツール | A | ヘテロに強いアセンブラ | 東工大 | 全部 | 最強 | |||||||||||||||||||||||
61 | Prodigal | https://github.com/hyattpd/Prodigal | ツール | C | バクテリアゲノムからのCDS予測（流行り） | Oak Ridge National Laboratory | なし | 原核 | |||||||||||||||||||||||
62 | Prokka | http://www.vicbioinformatics.com/software.prokka.shtml | ツール | CD | バクテリア、アーキア、ウィルスのアノテーションツール | Victorian Bioinformatics Consortium, Monash University | なし | 原核・古細菌・ウィルス | |||||||||||||||||||||||
63 | pVOGs | http://dmk-brain.ecn.uiowa.edu/pVOGs/ | DB | D | バクテリオファージOrtholog DB | NCBIとアイオワ大 | なし | 原核に感染するウイルス | |||||||||||||||||||||||
64 | QUAST | http://bioinf.spbau.ru/quast | ツール | B | アセンブルのqualityチェック | St. Petersburg Academic University of the Russian Academy of Sciences | なし | 全部 | |||||||||||||||||||||||
65 | RepBase | http://www.girinst.org/repbase/ | DB | B? | 既知リピート配列のデータベース。大概はrepeatfinderとセットで利用する | GIRI | 必須 | 全部 | ダウンロード可能 | ||||||||||||||||||||||
66 | RepeatFinder | http://www.cbcb.umd.edu/software/RepeatFinder/ | ツール | B? | リピート配列の検索。リピート配列のデータベースの作成も可能。 | なし | 全部 | あり | |||||||||||||||||||||||
67 | RepeatMasker | http://www.repeatmasker.org/ | ツール | B? | リピート配列のマスク(RepBase使用) | Institute for Systems Biology | なし | 全部 | |||||||||||||||||||||||
68 | RepeatModeler | http://www.repeatmasker.org/RepeatModeler/ | ツール | B? | リピート配列のマスク(de novo) | Institute for Systems Biology | なし | 全部 | |||||||||||||||||||||||
69 | RNAmmer | http://www.cbs.dtu.dk/services/RNAmmer/ | ツール・webサービス | C | rRNA予測 | なし(ローカル版はアカデミックユーザーのみ） | 全部 | ||||||||||||||||||||||||
70 | RPSBLAST+rpsbproc | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/docs/cdd_news.html | ツール | C | NCBI CDD検索 | NCBI | なし | 全部 | |||||||||||||||||||||||
71 | SignalP | ツール | C, D | ||||||||||||||||||||||||||||
72 | SNAP | https://github.com/KorfLab/SNAP | ツール | C | 遺伝子領域予測（教師あり） | UCDavis | なし | 全部 | |||||||||||||||||||||||
73 | SOAPdenovo | http://soap.genomics.org.cn/soapdenovo.html | ツール | A | Short readアセンブル（現在はMEGAHIT由来contigのScaffolding用として推奨） | Beijing Genomics Institute | なし | 全部 | |||||||||||||||||||||||
74 | SPAdes | http://cab.spbu.ru/software/spades/ | ツール | A | バクテリア・真核ゲノムアセンブル | St. Petersburg State University | なし | 全部 | |||||||||||||||||||||||
75 | SSPACE | https://www.baseclear.com/genomics/bioinformatics/basetools/SSPACE | ツール | A | Scaffolding tool ロングリードにも対応 | BaseClear | あり | 全部 | |||||||||||||||||||||||
76 | TargetP | http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/ | ツール | D | 輸送シグナル配列予測 | Technical university of denmark | なし | 全部 | |||||||||||||||||||||||
77 | TMHMM | ツール | C, D | ||||||||||||||||||||||||||||
78 | tRNAScan-SE | http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/ | ツール | C | tRNA予測 | UCSC | なし | 全部 | |||||||||||||||||||||||
79 | Velvet | https://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/ | ツール | A | 今使う人いないでしょ。 | 昔よくつかわれてたアセンブラ | やたらメモリ食う | ||||||||||||||||||||||||
80 | WebApollo | https://github.com/GMOD/Apollo | ツール | C | ゲノムブラウザ 遺伝子モデルの可視化と編集 | GMOD | なし | 全部 | |||||||||||||||||||||||
81 | wtdbg2 | https://github.com/ruanjue/wtdbg2 | ツール | A | 高速アッセンブラー | 全部 | |||||||||||||||||||||||||
82 | https://web.hypothes.is | webサービス | O | ||||||||||||||||||||||||||||
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