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1 | cube | All compressions performed on a dual quad-core 2.5GHz Xeon machine running Debian wheezy. | ||||||||||||||||||||||||||||
2 | Size | All three programs (gzip, bzip2, and h5cube) were run in serial (1 CPU only) | ||||||||||||||||||||||||||||
3 | ORCA Win original | 224,000,887 | Timings performed with bash 'time' | |||||||||||||||||||||||||||
4 | After lossless comp/decomp | -m thresh on min/max | 205,771,704 | CUBE is of the electron density of benzene, 250x250x250 voxels (15,625,000 data points) | ||||||||||||||||||||||||||
5 | -i thresh on isovalue/ratio | Values in bold italics are non-default values (default is no thresholding) | ||||||||||||||||||||||||||||
6 | -a ABS threshold | Python 3.5.1, h5py 2.6.0, numpy 1.11.2, six 1.10.0, hdf5 1.8.8-9+b1, Cython 0.25.2 | ||||||||||||||||||||||||||||
7 | -s signed threshold | |||||||||||||||||||||||||||||
8 | -n no threshold | |||||||||||||||||||||||||||||
9 | zlib compression | |||||||||||||||||||||||||||||
10 | minval or isoval | |||||||||||||||||||||||||||||
11 | # decimals to keep | -v trunc to value | maxval or ratio | |||||||||||||||||||||||||||
12 | h5cube v0.3 | -z replace w/zero | model.spindens 150^3 | 4.62962963 | 1.4 | |||||||||||||||||||||||||
13 | -c | -t | -a / -s / -n | -v or -z | -m? -i? | -m/-i [0] | -m/-i [1] | Time (s) | Size | Comp. Factor | Lossiness | Time(s) | Ratio 250^3 vs 150^3 | Factor CUBE size | Factor CPU | |||||||||||||||
14 | Defaults | 9 | 5 | -n | - | - | - | - | 52.5 | 37,019,273 | 5.56x | Lossless | 7.675 | 6.8404 | 1.47752443 | 1.055374593 | ||||||||||||||
15 | Low-compression | 5 | 5 | -n | - | - | - | - | 51.6 | 37,040,210 | 5.56x | " | 7.554 | 6.8308 | 1.475456712 | 1.053897651 | ||||||||||||||
16 | Tight trunc | 9 | 2 | -n | - | - | - | - | 49.2 | 13,149,572 | 15.65x | Lossy | 7.329 | 6.7131 | 1.450020467 | 1.035728905 | ||||||||||||||
17 | Drop small vals to zero | 9 | 5 | -a | -z | -m | 1.00E-08 | 100 | 52.7 | 24,455,088 | 8.41x | Lossless >= 1e-8 | 7.865 | 6.7006 | 1.447323586 | 1.033802561 | ||||||||||||||
18 | 5 OOM isovalues coverage | 9 | 5 | -a | -v | -i | 0.001 | 250 | 53.5 | 13,246,373 | 15.53x | Lossless isovalues from ~ 1e-5 to 1e-1 | 7.995 | 6.6917 | 1.445403377 | 1.032430984 | ||||||||||||||
19 | Broad single isovalue | 9 | 5 | -a | -v | -i | 0.002 | 30 | 52.8 | 7,428,056 | 27.70x | Lossless w/in range | 7.716 | 6.8429 | 1.47807154 | 1.055765385 | ||||||||||||||
20 | Tight single isovalue | 9 | 5 | -a | -v | -i | 0.002 | 6 | 52.6 | 4,134,626 | 49.77x | Lossless w/in range | 7.693 | 6.8374 | 1.476875081 | 1.054910772 | ||||||||||||||
21 | Tight iso, tightish trunc | 9 | 4 | -a | -v | -i | 0.002 | 6 | 51.8 | 3,374,446 | 60.98x | Lossy w/in range | 7.639 | 6.7810 | 1.464694332 | 1.046210237 | ||||||||||||||
22 | Tight iso, tight trunc | 9 | 3 | -a | -v | -i | 0.002 | 6 | 51.8 | 2,635,018 | 78.09x | Lossy w/in range | 7.448 | 6.9549 | 1.502255639 | 1.073039742 | ||||||||||||||
23 | Tightish iso, tighter trunc | 9 | 2 | -a | -v | -i | 0.002 | 12 | 49.5 | 1,840,849 | 111.78x | Lossy w/in range | 7.117 | 6.9552 | 1.502318393 | 1.073084566 | ||||||||||||||
24 | Tight iso, tighter trunc | 9 | 2 | -a | -v | -i | 0.002 | 6 | 48.1 | 1,445,896 | 142.31x | Lossy w/in range | 7.28 | 6.6071 | 1.427142857 | 1.019387755 | ||||||||||||||
25 | Tighter iso, tighter trunc | 9 | 2 | -a | -v | -i | 0.002 | 3 | 47.5 | 1,141,514 | 180.26x | Lossy w/in range | 7.103 | 6.6873 | 1.444460087 | 1.031757205 | ||||||||||||||
26 | Tight iso, tighest trunc | 9 | 1 | -a | -v | -i | 0.002 | 6 | 44.1 | 601,221 | 342.26x | V Lossy w/in range | 6.863 | 6.4258 | 1.387964447 | 0.9914031765 | ||||||||||||||
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29 | ||||||||||||||||||||||||||||||
30 | gzip | |||||||||||||||||||||||||||||
31 | -# | Time (s) | Size | Comp. Factor | ||||||||||||||||||||||||||
32 | Max compression | 9 | 88.1 | 66,989,153 | 3.07x | |||||||||||||||||||||||||
33 | 5 | 15.7 | 71,464,906 | 2.88x | ||||||||||||||||||||||||||
34 | 1 | 6.6 | 84,811,795 | 2.43x | ||||||||||||||||||||||||||
35 | ||||||||||||||||||||||||||||||
36 | bzip | |||||||||||||||||||||||||||||
37 | -# | Time (s) | Size | Comp. Factor | ||||||||||||||||||||||||||
38 | 9 | 24.6 | 52,770,124 | 3.90x | ||||||||||||||||||||||||||
39 | 5 | 23.2 | 53,643,732 | 3.84x | ||||||||||||||||||||||||||
40 | 1 | 23.3 | 53,784,199 | 3.83x | ||||||||||||||||||||||||||
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