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1 | Category | Service | Description | ELIXIR service | ELIXIR support | External support | Documentation | rdmkit_data-analysis_20230313 | ||||||||||||||||||||
2 | Container orchestration | Kubernetes | Automating deployment, scaling, and management of containerized applications | no | https://kubernetes.io/docs/home/ | yes | ||||||||||||||||||||||
3 | Container orchestration | Openstack | Open standard cloud computing platform | no | https://docs.openstack.org/xena/ | yes | ||||||||||||||||||||||
4 | Containerization | Docker | Build, share and run containers. | no | https://www.docker.com/support/ (not free) | https://docs.docker.com/ | yes | |||||||||||||||||||||
5 | Containerization | Singularity/Apptainer | no | https://apptainer.org/help | https://sylabs.io/guid es/latest/user-guide/ https://apptainer.org/docs/user/main/ | yes | ||||||||||||||||||||||
6 | Containerization | rkt | Application container engine developed for modern production cloud-native environments. | no | no | |||||||||||||||||||||||
7 | ELIXIR Cloud and AAI framework | LS Login | Authentication and authorization | yes | https://lifescience-ri.eu/ls-login/relying-parties/how-to-register-and-integrate-a-relying-party-to-ls-login.html | no | ||||||||||||||||||||||
8 | ELIXIR Cloud and AAI framework | cwl-WES | Microservice implementing the Global Alliance for Genomics and Health (GA4GH) Workflow Execution Service (WES) API specification for the execution of workflows written in the Common Workflow Language (CWL). | no | https://github.com/elixir-cloud-aai/cwl-WES | no | ||||||||||||||||||||||
9 | ELIXIR Cloud and AAI framework | TESK | no | no | ||||||||||||||||||||||||
10 | ELIXIR Cloud and AAI framework | SCHeMa | no | no | ||||||||||||||||||||||||
11 | ELIXIR Cloud and AAI framework | WESkit | Implementation of the Workflow Execution Service API of the Global Alliance for Genomic Health (GA4GH) | no | https://gitlab.com/one-touch-pipeline/weskit/documentation/-/blob/master/deployment/getting_started.md | no | ||||||||||||||||||||||
12 | ELIXIR Cloud and AAI framework | workflUX | An open-source, cloud-ready web application for simplified deployment of big data workflows. | no | https://github.com/CompEpigen/workflUX/tree/master/tutorials | no | ||||||||||||||||||||||
13 | ELIXIR Cloud and AAI framework | WfExS | Workflow Execution Service backend | no | https://github.com/inab/WfExS-backend#relevant-docs | no | ||||||||||||||||||||||
14 | ELIXIR Cloud and AAI framework | Pulsar | The Pulsar Network is wide job execution system distributed across several European datacenters, allowing to scale Galaxy instances computing power over heterogeneous resources. | no | https://help.galaxyproject.org https://matrix.to/#/#galaxyproject_admins:gitter.im | https://pulsar.readthedocs.io https://pulsar-network.readthedocs.io/ | no | |||||||||||||||||||||
15 | Packaging | BioConda | Channel for the conda package manager specializing in bioinformatics software | yes | https://gitter.im/bioconda/Lobby | https://bioconda.github.io | yes | |||||||||||||||||||||
16 | Packaging | Conda | Open source package management system and environment management system that runs on Windows, macOS and Linux | no | Google group | https://docs.conda.io/ | yes | |||||||||||||||||||||
17 | Packaging | RO-Crate | A standard for packaging together research data with semantic metadata using schema.org in JSON-LD. | no | https://www.researchobject.org/ro-crate/community.html#mailing-list | https://www.researchobject.org/ro-crate/ | no | |||||||||||||||||||||
18 | Registries / Repositories | WorkflowHub | Registry for workflows | yes | WorkflowHub Club https://about.workflowhub.eu/project/community/ | https://about.workflowhub.eu | no | |||||||||||||||||||||
19 | Registries / Repositories | Biocontainer | A community-driven project to create and manage bioinformatics software containers | yes | https://gitter.im/biocontainers/Lobby | https://biocontainers-edu.readthedocs.io/en/latest/ | yes | |||||||||||||||||||||
20 | Registries / Repositories | Bio.tools | Essential scientific and technical information about software tools, databases and services for bioinformatics and the life sciences. | yes | https://github.com/bio-tools/biotoolsRegistry/issues help@bio.tools | https://biotools.readthedocs.io/en/latest/ | no | |||||||||||||||||||||
21 | Registries / Repositories | Quay.io | Builds, analyzes, distributes] your container images | no | https://docs.quay.io/ | yes | ||||||||||||||||||||||
22 | Registries / Repositories | GitHub Packages | Safely publish and consume packages within your organization or with the entire world | no | https://docs.github.com/en/packages | yes | ||||||||||||||||||||||
23 | Registries / Repositories | RubyGems | Find, install, and publish RubyGems. | no | https://guides.rubygems.org/ | no | ||||||||||||||||||||||
24 | Testing / Benchmarking | OpenEBench | ELIXIR benchmarking and technical monitoring platform for bioinformatics tools, web servers and workflows. | yes | https://openebench.readthedocs.io/en/latest/ | no | ||||||||||||||||||||||
25 | Testing / Benchmarking | Lifemonitor | LifeMonitor is a service to support the sustainability and reusability of published computational workflows. | no | https://crs4.github.io/life_monitor/ | no | ||||||||||||||||||||||
26 | Testing / Benchmarking | Galaxy workflow testing | Automated tests of several workflows against various Galaxy servers | ? | https://github.com/usegalaxy-eu/workflow-testing | no | ||||||||||||||||||||||
27 | Versioning | Git | Free and open source distributed version control system | no | https://git-scm.com/doc | yes | ||||||||||||||||||||||
28 | Versioning | GitHub | Provider of Internet hosting for software development and version control using Git. | no | https://support.github.com/ | https://docs.github.com/ | yes | |||||||||||||||||||||
29 | Versioning | GitLab | DevOps software that combines the ability to develop, secure, and operate software in a single application. | no | https://about.gitlab.com/support/ | https://docs.gitlab.com/ | yes | |||||||||||||||||||||
30 | Workflow systems | Common Workflow Language | Open Standard for command line tool based workflows | yes (PoC; ELIXIR::GA4GH Cloud) | https://tess.elixir-europe.org/materials/introduction-to-workflows-with-common-workflow-language | https://cwl.discourse.group/ https://matrix.to/#/#common-workflow-language_common-workflow-language:gitter.im | https://www.commonwl.org/user_guide/ | yes | ||||||||||||||||||||
31 | Workflow systems | Galaxy | Galaxy is an open-source platform for FAIR data analysis. | multiple servers | https://matrix.to/#/#galaxyproject:matrix.org https://help.galaxyproject.org | https://galaxyproject.org https://training.galaxyproject.org | yes | |||||||||||||||||||||
32 | Workflow systems | Nextflow | Bioinformatics workflow manager that enables the development of portable and reproducible workflows. | yes (PoC; ELIXIR::GA4GH Cloud) | https://join.slack.com/t/nextflow/shared_invite/zt-11iwlxtw5-R6SNBpVksOJAx5sPOXNrZg | https://www.nextflow.io/docs/latest/ | yes | |||||||||||||||||||||
33 | Workflow systems | Snakemake | Workflow management system is a tool to create reproducible and scalable data analyses. | yes (PoC; ELIXIR::GA4GH Cloud) | https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/ | yes | ||||||||||||||||||||||
34 | Workflow systems | Jupyter | Web-based interactive computing platform. | no | https://jupyter-notebook.readthedocs.io/en/stable/ | yes | ||||||||||||||||||||||
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