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1 | #Each row is dedicated to a fully functional hamPCR primer set. | |||||||||||||||||||||||
2 | #Each primer set is annotated by keywords including, but not limited to, the primary organism(s), primer names (if meaningful), and the names of the genes you are targeting. | |||||||||||||||||||||||
3 | #Searching by ctrl + F and keywords can help you find appropriate primer sets. | |||||||||||||||||||||||
4 | #Please include any comments about functionality or special considerations, quirks, etc. | |||||||||||||||||||||||
5 | #Submit any new primer combinations and related information as comments in an empty row. Do not forget your ID as the contributor. | |||||||||||||||||||||||
6 | #We will check commented submissions for completeness and then paste them in the document. | |||||||||||||||||||||||
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8 | Primer Set | Keywords | Comments | Reference | Contributor | Paired_Forward_HM-tagging_FASTA | Paired_Reverse_HM-tagging_FASTA | Forward_PCR_primer (barcodes as N) | Reverse_PCR_primer (barcodes as N) | |||||||||||||||
9 | 1 | Arabidopsis thaliana, bacteria, V4, 16S, 515F, 799R, Gigantea | Primers for 16S rDNA microbial load on A. thaliana hosts | Lundberg et al. hamPCR | Derek Lundberg | >515_F1_G-46603 TCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTGAGTGYCAGCMGCCGCGGTAA >At.GI_F1_G-46602 TCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTGTAAAGATAAATGGGTCATCTAA | >799_R1_G-46601 GGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCTTGCMGGGTATCTAATCCKGTT >At.GI_R502bp_G-46614 GGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCTTCCTTCTGAACCGGTGTATTC | >PCR_F_G-40610 AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTC | >PCR_hamPCR_R CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATNNNNNNNNNGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTC | |||||||||||||||
10 | 2 | Arabidopsis thaliana, bacteria, V4, 16S, 515F, 806R, Gigantea | Primers for 16S rDNA microbial load on A. thaliana hosts | Lundberg et al. hamPCR | Derek Lundberg | >515_F1_G-46603 TCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTGAGTGYCAGCMGCCGCGGTAA >At.GI_F1_G-46602 TCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTGTAAAGATAAATGGGTCATCTAA | >806_R1_G-46631 GGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCTACGGACTACNVGGGTWTCTAAT >At.GI_R502bp_G-46614 GGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCTTCCTTCTGAACCGGTGTATTC | >PCR_F_G-40610 AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTC | >PCR_hamPCR_R CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATNNNNNNNNNGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTC | |||||||||||||||
11 | 3 | Arabidopsis thaliana, bacteria, V3, V4, 16S, 341F, 799R, Gigantea | Primers for 16S rDNA microbial load on A. thaliana hosts | Lundberg et al. hamPCR | Derek Lundberg | >341_F1_G-46605 TCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTGACCTACGGGAGGCAGCAG >At.GI_F1_G-46602 TCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTGTAAAGATAAATGGGTCATCTAA | >799_R1_G-46601 GGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCTTGCMGGGTATCTAATCCKGTT >At.GI_R502bp_G-46614 GGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCTTCCTTCTGAACCGGTGTATTC | >PCR_F_G-40610 AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTC | >PCR_hamPCR_R CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATNNNNNNNNNGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTC | |||||||||||||||
12 | 4 | Arabidopsis thaliana, bacteria, V5, V6, V7, 16S, 799F, 1192R, Gigantea | Primers for 16S rDNA microbial load on A. thaliana hosts | Lundberg et al. hamPCR | Derek Lundberg | >799_F1_G-46628 TCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTGTAACMGGATTAGATACCCKG >At.GI_F1_G-46602 TCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTGTAAAGATAAATGGGTCATCTAA | >1192_R1_G-46629 GGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCTGTACGTCATCCCCACCTTCC >At.GI_R466bp_G-46652 GGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCTAAGGGTTCAGCTTTGTCAACAA | >PCR_F_G-40610 AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTC | >PCR_hamPCR_R CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATNNNNNNNNNGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTC | |||||||||||||||
13 | 5 | Arabidopsis thaliana, oomycete, ITS1-o, Gigantea (502bp piece) | Primers for oomycete load on A. thaliana hosts. | Lundberg et al. hamPCR | Derek Lundberg | >ITS1-O_F1_G-46636 TCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTcggaaggatcattaccac >At.GI_F1_G-46602 TCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTGTAAAGATAAATGGGTCATCTAA | >5.8s-O_R1_G-46637 GGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCTagcctagacatccactgctg >At.GI_R502bp_G-46614 GGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCTTCCTTCTGAACCGGTGTATTC | >PCR_F_G-40610 AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTC | >PCR_hamPCR_R CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATNNNNNNNNNGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTC | |||||||||||||||
14 | 6 | Arabidopsis thaliana, oomycete, ITS1-o, Gigantea (466bp piece) | Primers for oomycete load on A. thaliana hosts | Lundberg et al. hamPCR | Derek Lundberg | >ITS1-O_F1_G-46636 TCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTcggaaggatcattaccac >At.GI_F1_G-46602 TCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTGTAAAGATAAATGGGTCATCTAA | >5.8s-O_R1_G-46637 GGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCTagcctagacatccactgctg >At.GI_R466bp_G-46652 GGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCTAAGGGTTCAGCTTTGTCAACAA | >PCR_F_G-40610 AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTC | >PCR_hamPCR_R CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATNNNNNNNNNGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTC | |||||||||||||||
15 | 7 | Arabidopsis thaliana, oomycete, Hyaloperonospora, actin, Gigantea (502bp piece), V4, 16S | Primers for HPA load on A. thaliana host, with V4 16S rDNA at the same time. | Lundberg et al. hamPCR | Derek Lundberg | >515_F1_G-46603 TCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTGAGTGYCAGCMGCCGCGGTAA >Ha.Actin_F1_G-46716 TCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT cgcgctgccgcacgcgattgt >At.GI_F1_G-46602 TCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTGTAAAGATAAATGGGTCATCTAA | >799_R1_G-46601 GGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCTTGCMGGGTATCTAATCCKGTT >Ha.Actin_R1_G-46717 GGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCTcgccaaagccgtcagttccttc >At.GI_R502bp_G-46614 GGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCTTCCTTCTGAACCGGTGTATTC | >PCR_F_G-40610 AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTC | >PCR_hamPCR_R CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATNNNNNNNNNGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTC | |||||||||||||||
16 | 8 | Triticum aestivum, fungus, ITS1F - ITS2, RNA polymerase I gene (PolA1) | Primers for fungal load on wheat plants | Lundberg et al. hamPCR | Derek Lundberg | >Ta.PolA1_F1_G-46750 TCCCTACACGACGCTCTTCCGATctgatgttgtggaaggaattgaa >ITS1_F1_G-46622 TCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTGGcttggtcatttagaggaagtaa | >Ta.PolA1_R1_G-46751 GGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGAtctgcatcagctcccaagtc >ITS2_R1_G-46623 GGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCTCGgctgcgttcttcatcgatgc | >PCR_F_G-40610 AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTC | >PCR_hamPCR_R CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATNNNNNNNNNGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTC | |||||||||||||||
17 | 9 | Pristionchus pacificus, Calsequestrin gene (csq-1), bacteria, V5, V6, V7, 16S, 799F, 1192R | Primers for bacterial load in Pristionchus pacificus | Lundberg et al. hamPCR | Derek Lundberg | >Pp.csq-1_F1_G-46691 TCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTcatcgagaatatatggccgat >799_F1_G-46628 TCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTGTAACMGGATTAGATACCCKG | >Pp.csq-1_R1_G-46692 GGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCTtgagttatgccccactattcaa >1192_R1_G-46629 GGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCTGTACGTCATCCCCACCTTCC | >PCR_F_G-40610 AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTC | >PCR_hamPCR_R CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATNNNNNNNNNGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTC | |||||||||||||||
18 | 10 | Capsicum annuum, bacteria, V4, 16S, 515F, 799R, Gigantea | Primers for 16S rDNA microbial load on C. annuum hosts | Lundberg et al. hamPCR | Derek Lundberg | >515_F1_G-46603 TCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTGAGTGYCAGCMGCCGCGGTAA >Ca.GI_F1_G-46626 TCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTcaaatgattcatctattgagcta | >799_R1_G-46601 GGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCTTGCMGGGTATCTAATCCKGTT >Ca.GI_R1_G-46627 GGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCTctcctttagaactggtgcatg | >PCR_F_G-40610 AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTC | >PCR_hamPCR_R CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATNNNNNNNNNGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTC | |||||||||||||||
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