ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ
1
Таблица 11-3Информациякомментарии (if any)Пояснения к заданию
2
Выравнивание seed86 последовательностей, 159 колонокУкажите число последовательностей и число колонок в выравнивании seed, скачанном со страницы семейства в Pfam и открытом в JalView.
3
Максимальный достоверный блок, включающие ВСЕ последовательности (МДБ-all)48-52Указать номера колонок от - до. Определение блока см. в пояснениях
4
100% консервативные колонки в МДБ-all48, 52, 72, 105: CУказать консервативные колонки в формате: 23:W или 27:[ST]
Если нет абсолютно консервативных колонок, то можно указать так: 29:[FY](28 из 31й)

Color Clustal, Color above identity threshold 100%. Если нет, можно снижать порог на identity threshold.
5
Максимальный достоверный блок, включающий НЕ ВСЕ последовательности. (МДБ-notAll)
Если есть другие максимальные блоки с тем же подмножеством последовательностей, то опишите их.		43-53, 38:40Указать номера колонок от - до; указать номера последовательностей блока: от 1й до____ . В отдельном окне jalview проекта! Последовательности из блока должны располагаться сверху и идти подряд.

Сделать группы по консервативным позициям участка.
Выделить колонки, удерживая CTRL. Select => Make groups for selection
От сортировать последовательнности по группам. Calculate => Sort => by groups
6
100% консервативные колонки в МДБ-notAll(155:E)
Указать консервативные колонки в формате "номер позиции:буква" (23:W) или "номер позиции: буквы сходных по свойствам а.к.о. в [ ]" (27:[ST]). Если не абсолютно консервативная позиция - в скобках (__ из __ (число последовательностей в блоке))
7
Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков, и потому маловероятно, что выравнивание на этом участке отражает ход эволюции.29-31Указать номера колонок от - до. Обратить внимание на неконсервативные колонки, идущие подряд. Для проверки сделать группы по неконсервативным колонкам и проверить, что все группы состоят из одной последовательности. Значит, на этом участке нет сходства даже для двух последовательностей .
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100