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1 | Topic | Announcements / Handouts | References | |||||||||||||||||
2 | CSE / BMMB 566, Spring 2019, Algorithms and Data Structures in Bioinformatics | |||||||||||||||||||
3 | Instructor: Paul Medvedev (pzm11) | |||||||||||||||||||
4 | Link to Syllabus | 0 | ||||||||||||||||||
5 | Link to Canvas page | |||||||||||||||||||
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7 | Completed Lectures | |||||||||||||||||||
8 | 1/7/19 | Class intro and bio background | ||||||||||||||||||
9 | 1/11/19 | Knuth-Morris-Pratt algorithm | http://jakeboxer.com/blog/2009/12/13/the-knuth-morris-pratt-algorithm-in-my-own-words/ | |||||||||||||||||
10 | 1/14/19 | KMP continued, Suffix tries | Programming Assignment 1 due | Gusfield Ch 2.2, Haubold and Wiehe, Chapter 3 | ||||||||||||||||
11 | 1/16/19 | Suffix trees | ||||||||||||||||||
12 | 1/21/19 | MLK day, no classes | ||||||||||||||||||
13 | 1/23/19 | suffix trees, suffix arrays | ||||||||||||||||||
14 | 1/25/19 | suffix array construction | ||||||||||||||||||
15 | 1/28/19 | Suffix array construction and BWT | https://www.youtube.com/watch?v=4n7NPk5lwbI | |||||||||||||||||
16 | 1/30/19 | BWT | Homework 2 is due | |||||||||||||||||
17 | 2/1/19 | BWT & Needleman-Wunsch | Haubold and Wiehe, subset of Chapter 2. | |||||||||||||||||
18 | http://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93Wunsch_algorithm | |||||||||||||||||||
19 | 2/8/19 | Smith Waterman, Gotoh's algorithm | ||||||||||||||||||
20 | 2/11/19 | Linear-space alignment | Hirschberg's original paper (see canvas) | |||||||||||||||||
21 | 2/13/19 | Four Russians Speed-up | Gusfield, Ch 12.7 (see canvas) | |||||||||||||||||
22 | 2/15/19 | Heuristic Pairwise alinment / Mutliple Sequence Alignment | Haubold and Wiehe, Chapter 4, http://mummer.sourceforge.net/MUMmer.pdf | |||||||||||||||||
23 | 2/18/19 | Modeling Biological Problems | https://arxiv.org/pdf/1706.05429 | |||||||||||||||||
24 | 2/20/19 | PSU Classes cancelled | ||||||||||||||||||
25 | 2/22/19 | Modeling Biological Problems | Homework 3 due | |||||||||||||||||
26 | 2/25/19 | Genome assembly | ||||||||||||||||||
27 | 2/27/19 | Genome assembly | ||||||||||||||||||
28 | 3/11/19 | Hidden Markov Models | Homework 4 due | Chapter 3 in Durbin et al | ||||||||||||||||
29 | 3/13/19 | Hidden Markov Models | ||||||||||||||||||
30 | 3/15/19 | Hidden Markov Models | Paper choices due | |||||||||||||||||
31 | 3/18/19 | (tent) Profile HMMs | Chapter 7 in Durbin et al | |||||||||||||||||
32 | 3/25/19 | paper prior meetings | ||||||||||||||||||
33 | 3/29/19 | Paper presentations | Michael, Praneet, Soodabeh, Mengran, Mahdi | |||||||||||||||||
34 | 4/1/19 | Paper presentations | Amatur, Geesun, Sen, Yuchen, Yunju | |||||||||||||||||
35 | 4/3/19 | Paper presentations | Qi, Alejandro, Qian, Ashirbad | |||||||||||||||||
36 | ||||||||||||||||||||
37 | ||||||||||||||||||||
38 | Scheduled Lectures | |||||||||||||||||||
39 | 4/8/19 | no class but project plan due | project plan due | |||||||||||||||||
40 | 4/24/19 | (tent) final project presentations | Geesun, Sen, Qi/Yuchen, Ashirbad, Qian, Alejandro | |||||||||||||||||
41 | 4/26/19 | (tent) final project presentations | Yunju, Amatur, Michael, Praneet, Soodabeh, Mengran, Mahdi | |||||||||||||||||
42 | 5/1/19 | no class | project report due | |||||||||||||||||
43 | ||||||||||||||||||||
44 | ||||||||||||||||||||
45 | Remaining topics (tenative) | |||||||||||||||||||
46 | Structural Variation Detection | |||||||||||||||||||
47 | Structural Variation Detection | |||||||||||||||||||
48 | Phylogeny introduction, UPGMA | Chapter 7 of Durbin et al. book | ||||||||||||||||||
49 | Phylogeny (neighbor joining) | |||||||||||||||||||
50 | Phylogeny (Fitch's algorithm, Sankoff's) | |||||||||||||||||||
51 | ||||||||||||||||||||
52 | ||||||||||||||||||||
53 | ||||||||||||||||||||
54 | Paper Presentation assignments (http://www.citeulike.org/user/pashadag/tag/cse566) | |||||||||||||||||||
55 | Yunju Lee | A space and time-efficient index for the compacted colored de Bruijn graph | ||||||||||||||||||
56 | Mengran Fan | Rapid Flexible Docking Using a Stochastic Rotamer Library of Ligands | ||||||||||||||||||
57 | Geesun Jang | Compacting de Bruijn graphs from sequencing data quickly and in low memory | ||||||||||||||||||
58 | Amatur Rahman | Fast and Scalable Minimal Perfect Hashing for Massive Key Sets | ||||||||||||||||||
59 | Sen Lu | Minimap2: pairwise alignment for nucleotide sequences | ||||||||||||||||||
60 | Soodabeh | Automatic Prediction of Protein 3D Structures by Probabilistic Multi-template Homology Modeling. | ||||||||||||||||||
61 | Yuchen Sun | LoRDEC: accurate and efficient long read error correction | ||||||||||||||||||
62 | Michael Meehan | A General-Purpose Counting Filter: Making Every Bit Count | ||||||||||||||||||
63 | Qi Chang | U-Net: Convolutional Network for Biomedical Image Segmentation. | ||||||||||||||||||
64 | Alejandro | Informed and automated k-mer size selection for genome assembly | ||||||||||||||||||
65 | Qian Shi | OLego: fast and sensitive mapping of spliced mRNA-Seq reads using small seeds. | ||||||||||||||||||
66 | Praneet | SeqOthello: querying RNA-seq experiments at scale | ||||||||||||||||||
67 | Ashirbad | Parallel de Bruijn graph construction and traversal for de novo genome assembly | ||||||||||||||||||
68 | Mahdi | Rapid construction of metabolic models for a family of Cyanobacteria using a multiple source annotation workflow | ||||||||||||||||||
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