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1 | Cohort Name (yellow=started, green=completed) | Instrument Requested | Open to running on weekend? y/n | Responsible (lab member) | Stained yet? y/n | # of slides | TMA or tissue | FOV size and image mode | preraster? | Appx run time or total fovs | Date acquisition started (if applicable) | Assigned instrument | Done? | Comments (is this for a paper deadline?) | |||||||||||||||||||||
112 | Antonio (Nolan Lab) | Drago | Marc/Antonio | ||||||||||||||||||||||||||||||||
113 | Organoids | any | no | Angie | y | 2 | tissue | 800 course | no | Thursday Oct 30 start | drago | ||||||||||||||||||||||||
114 | Disease BM-TMA | any | no | Patricia | yes | 2 | TMA | 400 coarse | no | 60 fov | 11/3 and 11/4 | drago | |||||||||||||||||||||||
115 | AD res, remainder of cohort | Kausi, Angie | yes | 10 | TMA | 800 chunky | yes | resume 12/11/25 | rocky | ||||||||||||||||||||||||||
116 | Potchara LN cohort | any | y | Potchara | yes | 7 | 1 TMA slide + 7 tissue slides | 400 coarse | no | 20 FOVs per tissue core | 11/17 | ||||||||||||||||||||||||
117 | Humza | drago | n | Humza | y | 2 | tissue | 400 coarse | no | 24 fovs | |||||||||||||||||||||||||
118 | Chunky test | Drago | n | Angie | Yes | 1 | tissue | no | 4 FOV course 4 FOV chunky | 11/24/25 | Drago | Chunky mode test compared to course | |||||||||||||||||||||||
119 | Humza NRF3 | any | n | Humza | y | 2 | tissue | 400 coarse | no | 48 fovs | |||||||||||||||||||||||||
120 | CHIP | balboa | angie/kausi | yes | 800 Chunky | balboa | |||||||||||||||||||||||||||||
121 | GBM Lim Trial | Drago | hadeesha | no | tissue | ||||||||||||||||||||||||||||||
122 | Lim BrainAQC titer test | Drago | no | Angie | yes | 1 | TMA | 400 | no | 88 FOV's (max) | 1/9/2026 | Drago | Course - 2x2 tiles x 22 cores (maybe less depending on which are exhausted) | ||||||||||||||||||||||
123 | Limb Transplant titer test | Drago | no | Angie | yes | 1 | tissue | 800 Chunky | no | Martinez Lab collaboration | |||||||||||||||||||||||||
124 | CIMAC Longitudinal Study | any | no | Christine | no | 1 | both | 400 fast | no | couple hrs, ~60 fovs for the tma | 4/6-4/7 | rocky | |||||||||||||||||||||||
125 | Farag remaining cohort samples | any | no | Christine | no | 4 | tissue | 400 coarse | no | 40-50fovs max | 3/13/26 | Balboa | Christine/Angie sharing Balboa | ||||||||||||||||||||||
126 | Abdalla | any | no | Abdalla/Marc | yes | 3 | tissue | 400 | no | 1 day | Marc - Snyder lab collaboration | ||||||||||||||||||||||||
127 | Angie-organoid projects | any | Angie | yes | 5 | tissue - TMA | 400 | no | Balboa | Christine/Angie sharing Balboa | |||||||||||||||||||||||||
128 | hubmap - Bone marrow | any | no | Patricia favaro | no | 3 | both | 400 | no | 2-3days | 03/27/2026 | ||||||||||||||||||||||||
129 | Abdalla | any | no | Abdalla/Marc | yes | 3 | tissue | 400 | no | ~200 FOVs | Marc - Snyder lab collaboration | ||||||||||||||||||||||||
130 | hbumap - test of slides for the new cohort | Patricia Favaro | no | 3 | both | 400 | no | 2-3days | |||||||||||||||||||||||||||
131 | Humza - NFR Test | any (not bettyTM) | Humza | y | 4 | both | 400 | no | 1-2 days | rocky | share rocky with Christine | ||||||||||||||||||||||||
132 | marc | rocky | marc | 4/9 | rocky | testing 800 fast | |||||||||||||||||||||||||||||
133 | CIMAC 10221 | any | no | Christine | no | 101 | tissue | 400 fast | no | rocky | |||||||||||||||||||||||||
134 | patricia-apparently one slide? not sure | rocky | patricia | she ran these on 4/10 | |||||||||||||||||||||||||||||||
135 | CIMAC Longitudinal Study- blue | rocky | yes | christine | yes | 1 | tma | 400s fast | no | few hrs- ~60 fovs | rocky | ||||||||||||||||||||||||
136 | frankie test slides | rocky | yes | frankie | yes | 1 | 4/24 | rocky | |||||||||||||||||||||||||||
137 | angie/kausie iron slides | rocky | Kausi Angie | yes | rocky | ||||||||||||||||||||||||||||||
138 | patricia favaro | drago | yes | 1 | core +tma | 400 | no | ||||||||||||||||||||||||||||
139 | Patricia favaro | DRAGO | 15 | core+TMA | 400 | 15 days | prospective hubmap | ||||||||||||||||||||||||||||
140 | Abdalla | any | yes | Abdalla/Marc | yes | 1 | tissue | 400 | no | 0.5 day | 5/8 | drago | Christine told him his runs must be completed by the end of the weekend | ||||||||||||||||||||||
141 | Iron SN+LIVER | Balboa | no | Angie | yes | 1 | tissue | 400 | no | 1 day | |||||||||||||||||||||||||
142 | Abdalla | any | yes | Abdalla/Marc | yes | 1 | tissue | 400 | no | 1 day | |||||||||||||||||||||||||
143 | ARPA mouse | Drago or Rocky | yes | Angie/Kausi | yes | 4 | tissue (multiple) | 400 | no | rocky | |||||||||||||||||||||||||
144 | Humza | Drago | no | Humza/Frankie | yes | 1 | tissue | 400 | no | 1 hr | |||||||||||||||||||||||||
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155 | Cohort Assignments | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
156 | Angie Organoids | M15 Balboa | |||||||||||||||||||||||||||||||||
157 | Christine CIMAC | M23 Rocky | |||||||||||||||||||||||||||||||||
158 | Patricia Hubmap | M13 Drago | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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