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1 | T4CT Workshop Schedule: | Available here. | Google drive here | |||||||||||||||||||||||
2 | TEAM | Lab /Data source | People | Career Stage | Discipline | Preferred Role (from T4CT survey responses) | Dataset | Modality | Structure | Output Target | ||||||||||||||||
3 | 1 | Team 1 Project Description | Jeremy Zartman | jzartman@nd.edu | Faculty | Interdisciplinary | Vision / Problem Framing | Drosophila wing disc (3D confocal) | ||||||||||||||||||
4 | Add. Faculty: Mark Alber | malber@ucr.edu | Faculty | Primarily Computational | ||||||||||||||||||||||
5 | 1 | Ben Speybroeck (Team Lead) | Bspeybro@nd.edu | Grad Student | Primarily Experimental | Vision / Problem Framing | ||||||||||||||||||||
6 | 2 | Navaira Sherwani | Nsher012@ucr.edu | Grad Student | Primarily Computational | System Design / AI & Pipeline Strategy | ||||||||||||||||||||
7 | 3 | Kiya Geresu | dgeresu@nd.edu | Grad Student | Primarily Experimental | Hands-on Implementation / Debugging | ||||||||||||||||||||
8 | 4 | Ethan Nowaski | enowa001@ucr.edu | Grad Student | Primarily Computational | |||||||||||||||||||||
9 | 5 | Emerald Win | ewin002@ucr.edu | Grad Student | Primarily Computational | |||||||||||||||||||||
10 | ||||||||||||||||||||||||||
11 | 2 | Team 2 Project description | Jeremy Zartman | jzartman@nd.edu | Faculty | Confocal Z-stack | ||||||||||||||||||||
12 | Focus on quantifying calcium transients in cells over time | |||||||||||||||||||||||||
13 | 1 | Maria Unger (Team Lead) | munger1@nd.edu | Research Scientist Staff | Primarily Experimental | Vision / Problem Framing | ||||||||||||||||||||
14 | 2 | Senjuti Banerjee | sbanerj5@nd.edu | Research Scientist Staff | Primarily Experimental | System Design / AI & Pipeline Strategy | ||||||||||||||||||||
15 | 3 | Alex Yu | hyu4@nd.edu | Grad Student | Primary Computational | |||||||||||||||||||||
16 | 4 | Yikang Gong | ygong2@nd.edu | Grad Student | interdisciplinary | |||||||||||||||||||||
17 | ||||||||||||||||||||||||||
18 | 3 | Team 3 Project Description | Jeremy Zartman | |||||||||||||||||||||||
19 | Add. Faculty Greg Reeves | Notes: Focus on extracting concentration and colocalization data from 3D tissues | ||||||||||||||||||||||||
20 | 1 | Caitlin Frank | cfrank3@nd.edu | Grad Student | Primarily Experimental | Vision / Problem Framing | ||||||||||||||||||||
21 | 2 | David Gazzo (Team Lead) | dgazzo@nd.edu | Grad Student | Primarily Experimental | System Design / AI & Pipeline Strategy | ||||||||||||||||||||
22 | 3 | Andrew Wang | Zwang52@nd.edu | Grad Student | interdisciplinary | |||||||||||||||||||||
23 | 4 | Nissa Larson | larso124@purdue.edu | Grad Student | interdisciplinary | System Design / AI & Pipeline Strategy | ||||||||||||||||||||
24 | 5 | Ziyou Xu | <zxu33@nd.edu> | Undergraduate/ iSURE | ||||||||||||||||||||||
25 | 6 | Xinyun Le | <xle@nd.edu> | Undergraduate/ iSURE | ||||||||||||||||||||||
26 | ||||||||||||||||||||||||||
27 | 4 | Team 4 Project Description | ||||||||||||||||||||||||
28 | 1 | Weiwei Zhang (Team Lead) | zhan2190@purdue.edu | Research Scientist Staff | Interdisciplinary | Hands-on Implementation / Debugging | ||||||||||||||||||||
29 | 2 | Jeffery Coulter | jcoulte@purdue.edu | Grad Student | Primarily Computational | Hands-on Implementation / Debugging | ||||||||||||||||||||
30 | 3 | Nilay Kumar (Floating/ | fnilayku@purdue.edu | Research Scientist Staff | Interdisciplinary | Hands-on Implementation / Debugging | ||||||||||||||||||||
31 | 4 | Ijeoma Asilebo | iasilebo@nd.edu | Grad Student | Primarily Experimental | Driving Progress / Coordination | ||||||||||||||||||||
32 | 5 | Camilo Parra Guzmán | cparragu@nd.edu | Grad Student | interdisciplinary | Driving Progress / Coordination | ||||||||||||||||||||
33 | 6 | Garv Atri | gatri@purdue.edu | Undergrad Student | Primarily Computational | System Design / AI & Pipeline Strategy | ||||||||||||||||||||
34 | ||||||||||||||||||||||||||
35 | 5 | Team 5 Project Description | (Deng) Chang/Linlin | |||||||||||||||||||||||
36 | 1 | Linlin Li (Floating) | li2212@purdue.edu | Research Scientist Staff | Primarily Computational | |||||||||||||||||||||
37 | 2 | Chang Ding (Team Lead) | ding275@purdue.edu | Grad Student | Primarily Experimental | |||||||||||||||||||||
38 | 3 | Keren Chen | chen5810@purdue.edu | Grad Student | Primarily Experimental | |||||||||||||||||||||
39 | 4 | Bakary Samasa | bakary.samasa@pennmedicine.upenn.edu | Grad Student | Primarily Experimental | Driving Progress / Coordination | ||||||||||||||||||||
40 | 5 | Emma Kindwall | ekindwal@purdue.edu | Undergrad Student | Primarily Experimental | Vision / Problem Framing | ||||||||||||||||||||
41 | 6 | Aarush Agarwal | agarw574@purdue.edu | Undergrad Student | Interdisciplinary | System Design / AI & Pipeline Strategy | ||||||||||||||||||||
42 | ||||||||||||||||||||||||||
43 | 6 | Team 6 Project Description | Donny Hanjaya-Putra | dputra1@nd.edu | Faculty | interdisciplinary | Organoid (3D widefield) | Widefield z-stack | Lumen, cell boundaries | Lumen volume, aspect ratio | ||||||||||||||||
44 | 1 | Donghyun Paul Jeong (Team Lead/ contact) | donghyunjeong21@gmail.com | Postdoc | ||||||||||||||||||||||
45 | 2 | Nancy Keilany Lightsey | nlightse@nd.edu | Grad Student | interdisciplinary | |||||||||||||||||||||
46 | 3 | Daniel Macrinici | daniel.macrinici@gmail.com | Undergrad Student | Primarily Experimental | Driving Progress / Coordination | ||||||||||||||||||||
47 | 4 | Susmita Gudla | sgudla@nd.edu | Undergraduate | Primarily Experimental | Vision / Problem Framing | ||||||||||||||||||||
48 | 5 | Maria Luana Lorenzo Quintano | mlorenzo@nd.edu | |||||||||||||||||||||||
49 | ||||||||||||||||||||||||||
50 | 7 | Team 7 Project Description | Hanjaya-Putra (Organoid) | |||||||||||||||||||||||
51 | 1 | Elsje Pienaar | epienaar@purdue.edu | Faculty | Primarily Computational | |||||||||||||||||||||
52 | 2 | Emily Cronberger | ehender3@nd.edu | Research Scientist Staff | Primarily Experimental | Vision / Problem Framing | ||||||||||||||||||||
53 | 3 | Kailee Mendiola (Team lead/contact) | kmendio2@nd.edu | Grad Student | Primarily Experimental | Vision / Problem Framing | ||||||||||||||||||||
54 | 4 | Rananjaya Subash Gamage (Team lead/contact) | rgamage@nd.edu | Postdoc | Primarily Experimental | Driving Progress / Coordination | ||||||||||||||||||||
55 | 5 | Zachary Toth | ztoth@nd.edu | Grad Student | Primarily Computational | Hands-on Implementation / Debugging | ||||||||||||||||||||
56 | 6 | Dominique Gramm | Dgramm@nd.edu | Grad Student | Primarily Experimental | |||||||||||||||||||||
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58 | 8 | Team 8 Project Description | (Jayant) Shulan | Neuron Ca imaging videos | 2 photon microscopy | Neuron cell bodies, dendrites | Denoise, ROI segmentation & intensity traces across time | |||||||||||||||||||
59 | 1 | Shulan Xiao (Team Lead) | xiao208@purdue.edu | Postdoc | interdisciplinary | |||||||||||||||||||||
60 | 2 | Andrey Kuehlkamp | akuehlka@nd.edu | Faculty | Primarily Computational | Hands-on Implementation / Debugging | ||||||||||||||||||||
61 | 3 | Jazzmin Owens | Jazzmin.owens@morehouse.edu | Grad Student | Primarily Experimental | Driving Progress / Coordination | ||||||||||||||||||||
62 | 4 | Hailey Lynch | hlynch@nd.edu | Grad Student | Primarily Computational | Vision / Problem Framing | ||||||||||||||||||||
63 | 5 | Giada Brandes | brandesg@purdue.edu | Grad Student | Primarily Experimental | Hands-on Implementation / Debugging | ||||||||||||||||||||
64 | 6 | Pablo Cisternas | pcistern@nd.edu | Research Scientist Staff | Primarily Experimental | |||||||||||||||||||||
65 | 7 | Leonor Sinogas | leonor.sinogas@gmail.com | Undergrad Student | Primarily Computational | System Design / AI & Pipeline Strategy | ||||||||||||||||||||
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