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1 | The MIxS checklist Column A - structured comment name: name of a checklist item as it will appear in GenBank structured comments Column B - item: full name of item as it appears in the publication Column C - definition: a description of the item, including links to ontologies and other resources that can be used to fill in values for the item Column D - expected value: short description and/or expected value of an item Column E - value syntax: the proper syntax for writing the value for a given item Column F - example: examples of values for an item Column G - section: the section of an item Columns H through R - migs_eu,migs_ba,migs_pl,migs_vi,migs_org,mims,mimarks_s,mimarks_c,misag,mimag,miuvig: information about whether an item is mandatory (M), conditional mandatory (C), optional (X), environment-dependent (E) or not applicable (-) for a given checklist type Column S - preferred units: a unit suggestion if a measurement value is given Column T - occurrence: indicates whether a given item can be used only once (1), multiple times (m), or none (0) Column U - MIXS ID: the unique identifier of an item as a CURIE (compact URI). 'MIXS:' expands to https://w3id.org/gensc/mixs/ | |||||||||||||||||||||||||
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5 | Environmental packages Subtables for environmental packages; i.e items (parameters/measurements/observations) included in each package Column A - environmental package: name of package Column B - structured comment name: name of a package item as it will appear in GenBank structured comments Column C - package item: full name of an item Column D - definition: definition of the item Column E - expected value: short description and/or expected value of an item Column F - value syntax: the proper syntax for writing the value for a given item Column G - example: examples of values for an item Column H - requirement: certain package items are mandatory for some packages, for example 'depth' is mandatory when using packages water, sediment or soil Column I - preferred units: a unit suggestion if a measurement value is given Column J - occurrence: indicates whether a given item can be used only once (1), multiple times (m), or none (0) Column K - MIXS ID: the unique identifier of an item as a CURIE (compact URI). 'MIXS:' expands to https://w3id.org/gensc/mixs/ | |||||||||||||||||||||||||
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9 | Values and Units All dates, times, durations and intervals should be written in ISO 8601 formats: Dates - [YYYY]-[MM]-[DD] > 1981-04-05 Times - [hh]:[mm]:[ss] > 13:47:30 Time zones - [hh]:[mm]:[ss]Z if in UTC (coordinated universal time) > 14:45:15Z - [hh]:[mm]:[ss]+-[hh]:[mm] if has offset from UTC > 22:30+04 Date and time - [YYYY]-[MM]-[DD]T[hh]:[mm] > 2007-04-05T14:30 Durations - P[n]Y[n]M[n]DT[n]H[n]M[n]S > P3Y6M4DT12H30M5S o P is the duration designator (historically called ""period"") placed at the start of the duration representation. o Y is the year designator that follows the value for the number of years. o M is the month designator that follows the value for the number of months. o W is the week designator that follows the value for the number of weeks. o D is the day designator that follows the value for the number of days. o T is the time designator that precedes the time components of the representation. o H is the hour designator that follows the value for the number of hours. o M is the minute designator that follows the value for the number of minutes. o S is the second designator that follows the value for the number of seconds. Time intervals - [YYYY]-[MM]-[DD]T[hh]:[mm]:[ss]TZD/[YYYY]-[MM]-[DD]T[hh]:[mm]:[ss]TZD > 2007-03-01T13:00:00Z/2008-05-11T15:30:00Z Units - Except a few cases, strict units are not defined for items in the MIGS/MIMS/MIENS checklists, wherever applicable the unit of choice should accompany the value of an item. The units should be in accordance with the The International System of Units (SI). - For SI base and derived units, please see http://physics.nist.gov/cuu/Units/units.html - For SI prefixes, please see http://physics.nist.gov/cuu/Units/prefixes.html - For units outside SI, please see http://physics.nist.gov/cuu/Units/outside.html - For SI unit rules and syle conventions, please see http://physics.nist.gov/cuu/Units/checklist.html | |||||||||||||||||||||||||
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