A | B | C | D | E | F | G | H | I | J | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | X | Y | Z | AA | AB | AC | AD | AE | AF | AG | AH | AI | AJ | AK | AL | AM | AN | AO | AP | AQ | AR | AS | AT | AU | AV | AW | AX | AY | AZ | BA | BB | BC | BD | BE | BF | BG | BH | BI | BJ | BK | BL | BM | BN | BO | BP | BQ | BR | BS | BT | BU | BV | BW | BX | BY | BZ | CA | CB | CC | CD | CE | CF | CG | CH | CI | CJ | CK | CL | CM | CN | CO | CP | CQ | CR | CS | CT | CU | CV | |||||||||||||
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1 | GANTT CHART | https://goo.gl/PXLbMe | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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3 | PROJECT TITLE | Cancer classification with cell-free DNA methylation data | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 | PHASE ONE | PHASE TWO | PHASE THREE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
6 | TASK TITLE | TASK OWNER | START DATE | DUE DATE | DURATION | Jan 15 | Jan 22 | Jan 29 | Feb 5 | Feb 12 | Feb 19 | Feb 26 | Mar 4 | Mar 11 | Mar 18 | Mar 25 | Apr 1 | Apr 8 | Apr 15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
7 | M | T | W | R | F | S | U | M | T | W | R | F | S | U | M | T | W | R | F | S | U | M | T | W | R | F | S | U | M | T | W | R | F | S | U | M | T | W | R | F | S | U | M | T | W | R | F | S | U | M | T | W | R | F | S | U | M | T | W | R | F | S | U | M | T | W | R | F | S | U | M | T | W | R | F | S | U | M | T | W | R | F | S | U | M | T | W | R | F | S | U | M | T | W | ||||||||||||||||||
8 | Project Team Composition | All | 1/17/24 | 2/9/24 | 22 | Spring Break | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
9 | Project Proposal | Due 2/23/24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
10 | Introduction & Background | Anna | 2/2/24 | 2/19/24 | 17 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
11 | Problem Definition | Anna | 2/2/24 | 2/19/24 | 17 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
12 | Methods | Anna, Ling | 2/2/24 | 2/19/24 | 17 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
13 | Potential Dataset | Anna | 2/2/24 | 2/19/24 | 17 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
14 | Potential Results & Discussion | Ling | 2/2/24 | 2/19/24 | 17 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
15 | Gantt Chart | All | 2/2/24 | 2/19/24 | 17 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
16 | Video Creation & Recording | Mehak, Jayda & Meenakshi | 2/19/24 | 2/22/24 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
17 | GitHub Page/ website | Anna, Ling, Mehak | 2/19/24 | 2/22/24 | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
18 | Midterm Report | Due: 3/29/24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
19 | Data cleaning, harmonization, quality control | Meenakshi, Anna, Ling | 2/23/24 | 3/4/24 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
20 | Feature selection (Var thd + univariate selection) | Ling | 2/23/24 | 3/4/24 | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
21 | Dimension reduction and visualization(PCA) | Meenakshi | 3/4/24 | 3/17/24 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
22 | Dimension reduction and visualization(PLS) | Ling | 3/4/24 | 3/17/24 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
23 | Dimension reduction and visualization(UMAP) | Mehak | 3/4/24 | 3/17/24 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
24 | Unsupervised models (KMeans, DBSCAN) + external metrics | Jayda | 3/4/24 | 3/17/24 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
25 | Unsupervised models (Hierarchical) + external metrics | Mehak | 3/4/24 | 3/17/24 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
26 | Unsupervised models (GMM) + external metrics | Anna | 3/4/24 | 3/17/24 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
27 | Data Visualization | Mehak, Jayda, Anna | 3/4/24 | 3/17/24 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
28 | Results Evaluation | Jayda, Mehak, Anna | 3/4/24 | 3/17/24 | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
29 | Midterm github updates | Mehak, Ling, Anna | 3/25/24 | 3/29/24 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
30 | Midterm Report | All | 3/25/24 | 3/29/24 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
31 | Final Report | Due: 4/23/24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
32 | DeSeq Feature Selection | Anna | 3/30/24 | 4/21/24 | 21 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
33 | Supervised models (RF, LR) | Jayda, Ling | 3/30/24 | 4/21/24 | 21 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
34 | Sequential Model | Mehak | 3/30/24 | 4/21/24 | 21 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
35 | SMOTE Data Augmentation | Jayda | 3/30/24 | 4/21/24 | 21 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
36 | Feature Importance | Meenakshi | 3/30/24 | 4/21/24 | 21 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
37 | Video Creation & Recording | Mehak, Jayda, Meenakshi | 4/21/24 | 4/23/24 | 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
38 | Final github updates | Anna, Ling, Meenakshi | 4/21/24 | 4/23/24 | 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
39 | Final Report | All | 4/21/24 | 4/23/24 | 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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